До 1939 года основным объектом деятельности японской разведки против СССР являлись районы Дальнего Востока. В эти районы выбрасывалась массовая агентура, состоявшая из русских эмигрантов, китайцев и корейцев. Они осваивали пограничные районы за Амуром, то есть тактическую прибрежную полосу, где были сосредоточены части прикрытия войск ОКДВА и Забайкальского военного округа. С 1939 года положение изменилось. Этому способствовало и установление более тесного контакта с германской разведкой, и изменившаяся обстановка в Европе и мире. Японская разведка, используя уже другие каналы, стала засылать свою агентуру на Урал, в Сибирь, Среднюю Азию, а также в крупные города центральной части СССР. Конечно, китайцев и корейцев для этого не использовали. Здесь нужны были другие люди с другой подготовкой. Вот только один пример такой активной разведывательной деятельности. 20 июля 1940 года заместитель наркома внутренних дел Украины отправил указания во все управления погранвойск республики. В документе сообщалось, что «по совершенно секретным данным, японская разведка из Риги направила в СССР агентов: одного в район Минска и трех агентов в районы западных областей УССР и БССР. Один из агентов является военным специалистом, бывшим кадровым офицером польской армии…» Для того чтобы разыскать переброшенную агентуру, предлагалось начальникам разведывательных отделений погранотрядов собрать «осторожным путем» тщательные справки о поляках, переброшенных на советскую сторону, обратить внимание агентуры на лиц, которые были до переброски в Латвии и Литве, профильтровать задержанных перебежчиков. В общем, сделать все, чтобы найти агентов японской разведки. Удалось ли найти? Ответа на этот вопрос пока нет.
В одной из докладных записок, отправленной из Хабаровска в Москву в феврале 1941 года, анализировалась деятельность Хабаровского пограничного округа. За 1940 год было задержано 600 перебежчиков, в основном китайцев. Русских задержали только 10 человек. Трудно поверить, что у японской разведки иссякли кадры русских эмигрантов. Очевидно, русских перебежчиков ловить было труднее, чем китайцев. Они после переправы через Амур сразу же могли двинуться в глубь страны или раствориться среди местного населения. Из задержанных перебежчиков 245 человек разоблачили как агентов японской разведки. Анализ разоблаченной агентуры показал, что она делится, в основном, на две категории: квалифицированную, хорошо подготовленную и массовую, направляемую с простыми военно-разведывательными заданиями без серьезного прикрытия. К контингенту квалифицированной агентуры относились китайцы, служившие в армии Маньчжоу-Го, и служащие полиции (43 человека). Японская разведка перебрасывала такую агентуру после серьезной подготовки с продуманными и сложными легендами. Основной целью агентуры из чинов полиции являлось оседание на жительство на советской территории, вербовка советских граждан для работы на японскую разведку, в первую очередь китайцев, проживавших в пограничной полосе, и создание новых шпионских резидентур. Перед агентурой из числа военнослужащих японская разведка ставила задачи по ведению глубокой военно-разведывательной деятельности на советской территории, вхождения в доверие и внедрения в центры по руководству партизанским движением в Маньчжурии. В заключении записки отмечалось: «Из числа разоблаченной японской агентуры, переброшенной в Советский Союз во второй половине 1940 года, заслуживают серьезного внимания лица, ранее проживавшие в СССР и имеющие родственные или иные связи, владеющие в совершенстве русским языком и хорошо знающие отдельные районы нашей территории…»
Такая агентура предназначалась не только для ведения разведки на Дальнем Востоке и в Забайкалье, но и на территории Западной Сибири. В отчетном докладе Управления НКВД по Новосибирской области за 1940 год отмечалось, что на основании анализа агентурных дел сотрудники Управления пришли к выводу, что японская разведка делает все возможное, чтобы насадить свои кадры диверсантов в промышленности области и на Транссибирской магистрали. По некоторой части дел разоблаченные агенты намечали активное проведение диверсий или летом 1942 года, или приурочивали их «к моменту проявления военной активности со стороны Японии на наших дальневосточных границах». В докладе также отмечалось: «Японская разведка развивает большую активность по созданию разветвленных повстанческо-диверсионных формирований из кулацкого, белогвардейского и прочего антисоветского элемента для активной вооруженной борьбы с Советской властью в момент военной интервенции…» Очевидно, у руководителей японской разведки были свежи в памяти антисоветские восстания в Западной Сибири в 1921 году, и по аналогии с прошлым решили еще раз организовать восстания в этом же районе в случае войны. Изменившуюся обстановку, когда подобное восстание было бы подавлено в зародыше, в Токио, наверное, не учитывали.
В заключение следует отметить, что положение на нашей стороне было аналогичным. Вся Маньчжурия, а не только ее пограничная зона, была набита нашей агентурой. Тут работали военные: разведывательные отделы ОКДВА и Забайкальского военного округа, управления НКВД и пограничники. Все вербовали, перевербовывали и засылали через Амур и Уссури русских, китайцев и корейцев. О Квантунской армии знали практически все: численность, дислокацию, вооружение, фамилии и воинские звания командиров частей. О японских военных миссиях в различных городах Маньчжурии, а их было около 30, также имелась подробная информация.
В японских разведывательных центрах знали об активности советской разведки и старались принять соответствующие меры, чтобы обезопасить себя от проникновения советской агентуры. В качестве примера можно привести «План мероприятий Харбинской ЯВМ по усилению разведывательно-подрывной деятельности против СССР». Датирован этот документ 16 февраля 1940 года, то есть после ликвидации конфликта на Халхин-Голе, когда намечалось улучшение советско-японских отношений. В нем отмечается «… что теперь в связи с улучшением отношений активная разведывательная и подрывная деятельность Советского Союза, особенно в области подпольной работы, также резко возрастет. Поэтому мы в качестве контрмер должны усилить свою активность в области разведывательной и подрывной работы…» Для ведения более активной разведки аналитики из военной миссии предлагали направить разведчиков во вновь организуемые японские и маньчжурские консульства на территории СССР, включить разведчиков в число дипломатических и торговых служащих, перевербовывать советских разведчиков, активность которых, вероятно, возрастет, установить тайную сеть аппаратуры подслушивания в советских учреждениях, которые будут расширяться. Главное внимание контрразведки по-прежнему должно быть направлено на перевербовку. В документе также отмечалось: «Поэтому теперь, в связи с урегулированием отношений между двумя странами, можно думать, что сеть разведчиков и диверсантов противника будет расширяться».