Основные задачи Дальневосточного фронта также были наступательными. Фронт, сосредоточив войска, переходил «в решительное наступление с целью разгрома основной группировки противника против Приморья, имея в виду дальнейшее наступление в общем направлении на Харбин. Обеспечивать побережье Тихого океана, Охотского моря, Сахалина, Камчатки от возможных попыток японских войск высадить десант…» Армии фронта также имели наступательные задачи: 2-я Краснознаменная армия должна была, опираясь на наши Уры, разгромить японские силы и форсировать с кораблями Амурской флотилии Амур. 15-я армия также должна была, опираясь на наши Уры, совместно с кораблями Амурской флотилии форсировать Амур и Уссури и разбить японские части. 1-я Краснознаменная армия, временно активно обороняясь на Иманском направлении и на фронте Полтавка — устье реки Тумень-Ула должна была нанести главный удар к северу от Гродеково. Тихоокеанский флот имел оборонительные задачи. Это понятно — при его слабости и малочисленности требовать от него активности было невозможно. Зато от военно-воздушных сил фронта требовалась активность с первого же дня войны: уничтожить авиацию противника и с первых дней войны обеспечить господство в воздухе, мощными ударами авиации по железнодорожным узлам Харбина, Мукдена, Чаньчуня нарушить и задержать сосредоточение японских войск, разрушить железнодорожные мосты через Сунгари у Харбина, разрушить корейские порты Юки, Расин, Сейсин. И по особому указанию Главного Командования производить налеты на японские острова. Так что не было оборонительных задач, да и не могло их быть при таком превосходстве в силах. Не сидела Красная Армия на своей территории за бетонными сооружениями УРов, а готовилась к наступательным боям на территории Маньчжурии.
Но обстановка в мире, в Европе и на Востоке, по сравнению с началом года, когда составлялся первый вариант плана, изменилась кардинально. Капитулировали и исчезли с карты Европы Франция и ее соседи. Та же участь постигла и скандинавские страны. После катастрофы под Дюнкерком была сброшена со счетов как сухопутная держава Англия, и вермахт хозяйничал во всей Европе. На Востоке тоже не было ясности. Вопрос о том, куда повернет Япония, на Север или на Юг, был еще не ясен даже военно-политическому руководству империи. Поэтому срочно требовался новый план стратегического развертывания, отвечающий реалиям осени 1940 года.
В сентябре 1940 года в Генштабе была завершена разработка второго варианта плана стратегического развертывания. Доклад «Об основах стратегического развертывания вооруженных сил Советского Союза на Западе и Востоке на 1940 и 1941 годы» подписали новый нарком обороны Тимошенко и новый начальник Генштаба Мерецков. Сам документ был написан в одном экземпляре лично заместителем начальника Оперативного управления Генштаба Василевским. В таком виде он был представлен 18 сентября 1940 года на рассмотрение Сталина и Молотова. В докладе рассматривались наши вероятные противники, которые оценивались так же, как и в первом варианте плана 1940 года. Так же, как и в первом варианте, в докладе подчеркивалось, что документальными данными об оперативных планах вероятных противников как на Западе, так и на Востоке Генштаб не располагает.
В качестве выводов из оценки вероятных противников в докладе указывалось: «Советскому Союзу необходимо быть готовым к борьбе на два фронта: на Западе — против Германии, поддержанной Италией, Венгрией, Румынией и Финляндией, и на Востоке — против Японии как открытого противника, занимающего позицию вооруженного нейтралитета, всегда могущего перейти в открытое столкновение». Считалось, что на Дальнем Востоке ближайшей целью японских войск будет овладение Приморьем. Это подтверждалось наличием против Приморья четырех японских армейских управлений, 7 пехотных дивизий и интенсивными работами по подготовке театра военных действий. Надо учитывать, отмечалось в плане, «действия против наших восточных берегов и портов сильного морского флота Японии». При определении основ нашего стратегического развертывания указывалось, что в условиях «развертывания вооруженных сил на два фронта необходимо считать основным театром — Западный, здесь и должны быть сосредоточены наши главные силы». На Востоке предполагалось назначить такие силы, которые полностью гарантировали бы устойчивость положения.
Основная формулировка «устойчивость положения» была такой же, как и в первом варианте плана, и чтобы добиться этой «устойчивости», предлагалось для действий на Востоке против Японии выделить 24 стрелковые, четыре моторизованные, две танковые и четыре кавалерийские дивизии, три стрелковых, три авиадесантных и восемь танковых бригад — всего 5740 танков. Численность авиации определялась в 44 авиаполка. Это составляло 3347 самолета, в том числе 692 самолета Тихоокеанского флота.
Основы стратегического развертывания на Востоке предусматривали при всех обстоятельствах не допустить вторжение японских войск в Приморье и обеспечить побережье от возможных попыток высадки десанта. Пользуясь в начале войны превосходством сил и возможностью разгромить японцев по частям, намечалось немедленно по окончании отмобилизования и сосредоточения войск перейти в общее наступление и разгромить первый эшелон японских войск. Предполагалось в дальнейшем иметь в виду действия по разгрому главных сил японской армии и по захвату Северной Маньчжурии. В случае военного конфликта на Востоке должны были действовать два фронта — Забайкальский и Дальневосточный.
Не изменились в этом варианте плана и задачи обоих фронтов. Основная задача Забайкальского фронта — решительными действиями на направлениях Солунь, Таонань и Хайлар-Цицикар уничтожить солуньскую и хайларскую группировки японских войск, выйти в район Таонань-Цицикар (на Маньчжурскую равнину), а также надежно прикрыть южные границы МНР. Для Дальневосточного фронта основной задачей было разбить японские части на сунгарийском и приморском направлениях и обеспечить в дальнейшем успешные действия в Северной Маньчжурии, а также удержать Приморье и обезопасить побережье от возможных попыток высадить десанты.