Узкие перешейки между лиманами с расположенными на них высотами облегчали врагу организацию обороны и позволяли ему сдерживать наши войска небольшими силами. Противник вел чрезвычайно интенсивный огонь из всех видов артиллерии, минометов и пехотного оружия, сплошь минировал все дороги и дефиле. Все это усложняло наступление советских войск, которым приходилось брать укрепленные противником высоты фронтальными ударами.
Войска 9-й армии в это время вели бои за город Темрюк, которым и овладели 27 сентября 1943 года.
Уже с 9 сентября началась эвакуация основных сил 17-й армии в Крым. К 26 сентября там находились управление 5-го армейского и 44-го егерского корпусов, 125-я и 9-я пехотные дивизии, 101-я егерская дивизия, румынские 1-я горнопехотная и 10-я пехотная дивизии, 73-я и 79-я пехотные дивизии вермахта и 9-я румынская кавалерийская дивизия. Теперь оставшийся фронт обороняли (с севера на юг): 50-я и 370-я пехотные дивизии, 98-я пехотная и 97-я егерская дивизия (на центральном участке), 4-я горнопехотная немецкая и 19-я пехотная румынская дивизии. Общее руководство обороной осуществляло командование 49-го горнопехотного корпуса.
Сама же перевозка войск осуществлялась на морских (суда морского командования «Кавказ») и инженерно-десантных паромах (770-й инженерно-десантный полк) грузоподъемностью 60 тонн, инженерно-десантных катерах грузоподъемностью 30 тонн, паромах Зибеля (с силовой установки из двух авиационных двигателей) грузоподъемностью 10 тонн и лихтерах.
Конвой проходил по следующим маршрутам: Керчь — Темрюк (конвои «Тони», «Теодор»), Керчь — Тамань (конвой «Банзин» внутреннего сообщения) и, первое время, Керчь — Анапа (конвой «Хаген»).
Охрану конвоев осуществляли германские торпедные и сторожевые катера, которым крепко доставалось от советской авиации и Черноморского флота. Немцы также не оставались в долгу.
Так, еще 11 сентября в 04.30, когда происходила высадка советских войск под Новороссийском несколько наших штурмовиков ИЛ-2 расстреляли германские торпедные катера и один из них (S-46) потопили. 17, 20, 24 сентября немецкие силы флота имели целый ряд боестолкновений с кораблями Азовской флотилии. Чтобы затруднить высадку новых советских десантов в районе Голубицкой, Крымская группа 3-й флотилии тральщиков обер-лейтенанта Шнайдера в ночь на 27 сентября поставила минные заграждения перед азовским портом Приморско-Ахтарская. В этот же день корабли из 1-й флотилии немецких торпедных катеров в 23.00 торпедами атаковали порт Анапы, потопив, по их данным, 4 судна.
В операционном районе Геленджик — Туапсе 17–20 сентября действовала подводная лодка U-18 обер-лейтенанта Фляйге. По окончании похода он заявил об одном уничтоженном советском судне. Утром 26 сентября целых 9 советских кораблей вошли в Темрюкскую бухту. Немецкая оборона была здесь довольно слабой, но поскольку здесь наш десант был уже рассеян, корабельной огневой поддержки не потребовалось и эскадра ушла ни с чем.
В это же время у южного берега Таманского полуострова 26 сентября напротив Веселовки в 02.22 произошел короткий огневой бой между нашими канонерскими лодками и немецкими патрульными катерами. После этого советские корабли высадили южнее Веселовки десант численностью 1600 человек с задачей взять этот населенный пункт. Несмотря на первоначальную неудачу, наши плавсредства подвозили новый л/с, и через три дня численность десантной группы составила уже около 8 тыс. человек. Продвигаясь по грудь в воде, они атаковали германскую оборону и достигли своей цели.
Между тем германское командование очень боялось привлечения к операции основных сил Черноморского флота, находившегося в Поти. 20 сентября подводная лодка типа U-20 под командованием обер-лейтенанта Шелера уже находилась у берегов Грузии с задачей сделать минную постановку у входа во временную главную базу ЧФ. На известном немцам фарватере в 1,5 мили от берега на глубине 17–24 метра были установлены мины. На подлодке было 9 мин «ТВМ», по три в каждом торпедном аппарате. Подобная мина имела массу 800 кг и длину 2,31 метра. Посчитав, что вход в порт заминирован, U-20 возвратилась в Севастополь, а 30 сентября была под Анапой, где потопила лихтер.
30 сентября эсминцы Черноморского флота «Способный», «Бойкий» и «Беспощадный» без особого успеха пытались атаковать германские эвакуационные конвои у южного берега Крыма. Судьба этой операции все же решалась на земле.