Войска Северо-Кавказского фронта, преодолев сопротивление противника на рубеже рек Кубань и Старая Кубань, продолжали наступление во взаимодействии с морскими десантами, высаженными в районах Темрюка (азовское побережье) и озера Соленое (черноморское побережье).
Войска 56-й армии вместе с действовавшей по северному берегу Кизилташского лимана 414-й дивизией 18-й армии форсировали реку Старая Кубань, преодолели плавни, 2 октября обошли сильно укрепленную высоту 117,0 и прорвались к Старотитаровской. Преодолев промежуточный оборонительный рубеж врага между лиманами Ахтанизовский и Кизилташский, войска армии 4 октября ворвались в станицу Вышестеблиевская, откуда повернули на север в тыл вражеским частям, еще продолжавшим обороняться на северном берегу Таманского полуострова против 9-й армии. Этот маневр разъединил части противника, вынудил врага поспешно оставить станицы Голубицкая и Ахтанизовская и позволил частям 9-й армии выдвинуться в район н/п Кучугуры.
Одновременно с прорывом войск 56-й армии у станицы Старотитаровская части 18-й армии во взаимодействии с высаженным в районе Веселовки морским десантом, наступая по южному берегу полуострова, преодолели сопротивление противника в районе укрепленных гор Макотра и Поливадина и стремительно продвигались вперед, очищая Таманский полуостров от противника.
Для прикрытия последнего этапа эвакуации германское командование сосредоточило на берегу Керченского полуострова мощный артиллерийский кулак. Это были преимущественно дальнобойные пушки германского, французского и советского производства. Всего для обороны Керченского пролива применялось 101 орудие. Железнодорожные артсистемы калибра 280 мм вели огонь на дальность 30 км и могли обстреливать три четверти обороняемого плацдарма. Пушки калибра 170 мм вели огонь на расстояние 25 км. За ними шли орудия калибра 150 мм. Позиции у поселка Ильич и на косе Чушка находились под огнем 210-мм гаубиц. Такая огневая поддержка здорово цементировала германскую оборону на Таманском полуострове.
С 1 октября немецкое командование начало осуществлять второй этап эвакуации Кубанского плацдарма. Под давлением советских войск, которые с разной степенью успеха высаживали десанты и «молотили» оборону врага, германские войска «отпрыгивали» с рубежа на рубеж. Соединения, выведенные из сражения, эвакуировали в Крым. Именно в этот период произошел широко известный случай гибели лидера «Харьков» и эсминцев «Беспощадный» и «Способный» от ударов германских пикирующих бомбардировщиков из 77-й эскадры. 6 октября 1943 года наши корабли, осуществляющие операции по борьбе с немецким судоходством в акватории Керченского пролива и северной части Черного моря, были потоплены в результате многократных воздушных атак противника. После такого афронта Сталин вообще запретил применять крупные корабли без его разрешения, а активность Черноморского флота значительно снизилась.
Между тем на суше немцы отступали. В ночь на 6 октября, как уже упоминалось, была оставлена позиция под Голубицкой, на косе Тузла высадился наш десант. 8 октября командные пункты германской группировки в поселке Ильич были свернуты. Перед этим поселком для прикрытия отхода последних групп захватчиков находились 13-й горнопехотный полк, 560-й батальон специального назначения и 97-й артдивизион с 10 горными орудиями. После загрузки последней части оккупантов — 13 гпп — в полночь причалы (было всего построено 18 причалов общей длиной 1742 метра) были взорваны. 9 октября в 01.00 от берега Таманского полуострова отошла последняя лодка, которая в 02.00 прибыла в Керчь.
К 07.00 9 октября войска 56-й и 18-й армий Северо-Кавказского фронта, выйдя к Керченскому проливу, завершили освобождение Таманского полуострова, полностью очистив его от противника.
С 8 по 10 октября 1943 года четырьмя большими конвоями 240 судов противника, участвовавших в эвакуации Кубанского плацдарма, прошли из Керчи в Севастополь. Советскими самолетами была потоплена инженерно-штурмовая лодка № 299, а атакой подводной лодки — паром F-474.
Поскольку расстояние между Керченским полуостровом и Таманью было невелико, а германское командование аж с 3 сентября 1943 года начало осуществлять эвакуацию своей группировки, спасти противнику удалось многое. В боевом донесении управления 17 А по оперативному отделу № 14674/43 от 9 октября 1943 года в ходе эвакуации Кубанского плацдарма через Керченский пролив было вывезено: 177 355 немецких военнослужащих, а также 50 139 военнослужащих союзников, 28 486 «хиви» и рабочих колонн, 27 456 эвакуированных из числа гражданского населения (не считая 60 тыс. гражданских лиц, перевезенных с февраля по август), 72 899 лошадей, 27 491 гужевая повозка, 21 230 автомобилей, 1815 орудий, 115 477 тонн грузов (из них 27 670 тонн боеприпасов), 29 500 тонн продовольствия, 13 940 тонн фуража, 74 танка и штурмовых орудия. Воздушным транспортом с 7 сентября по 9 октября эвакуированы 15 661 военнослужащий и 1153,8 тонн вооружения и грузов. 109 паровозами и 1150 вагонами был вывезен весь вагонный парк полевой железной дороги, а вместе с ним — большое количество строительных материалов для ж/д.