Кто виновен в его смерти — осталось загадкой. Считается, что до него добрались убийцы его брата. По другой версии, турецкого принца отравил римский папа — развратный и сребролюбивый отравитель Александр Шестой Борджиа, опять же, подвигнутый на это огромной взяткой из Стамбула (есть сведения, что за убийство Зизима Баязид вроде бы обещал папе 300 000 дукатов). Вряд ли, впрочем, верно последнее: папа, хоть и отъявленный злодей, был мужем умным и государственным, а не безумцем, чтоб развязать руки злейшему врагу христианства. Дело в том, что в это время папа воевал с французским королем, и неудачно: одним из пунктов мирного соглашения стал возврат папой Зизима французам. Попав к ним в руки, Зизим вскоре и умер, что дало французам повод обвинить понтифика Александра в том, что он выдал Зизима уже отравленным. Факт в том, что в 1495 году по дороге из Рима в Неаполь (а вовсе не в папском узилище) Зизим внезапно заболел и умер "в страшных мучениях" (кстати, позднее в руках иоаннитов оставался еще сын Зизима, использовать которого в 1514 году как претендента на турецкий престол предлагал рыцарям разбитый султаном Селимом Первым Грозным иранский шах Исмаил Первый).
Смерть османского принца стала настоящим ударом для д’Обюссона, и дело не только в том, что магистр искренне оплакал своего знакомца, но и в том, что он предчувствовал, что теперь опять над Родосом нависла турецкая угроза — и действительно, незамедлительно после смерти Зизима Баязид напал на Родос, в то время как египетский флот разорил Кос и окрестные острова. Довольно скоро — по историческим меркам — внук Баязида, Сулейман Великолепный, после пятимесячной осады победил родосских рыцарей в 1522 году, но это уже финал нашей истории.
За обретение руки Крестителя и тонкую политику с сыновьями Мехмеда римский папа удостоил д’Обюссона звания кардинала римской церкви. Германский император обещал не воевать с турками без его согласия, а английский король послал ему пушки и ирландских коней, написав: "Пушки — для защиты Родоса, а кони — тому, кого я люблю и почитаю, как родного отца".
Д’Обюссон планировал организовать и лично возглавить крестовый поход против турок, но его миссия в Англию оказалась бесплодной из-за узколобого эгоизма христианских государей, и смерть, последовавшая 3 июля 1503 года, прервала его беспримерные труды. Августа Феодосия Дрэйн так описывает его кончину и похороны: "Его последний час был достоин его имени. Собрав своих рыцарей вокруг своего ложа, он призвал их оставаться верными правлению; и после многих святых слов, сказанных со спокойной и приятной безмятежностью, он закрыл свои глаза и без усилий испустил дух. Никакой князь или великий магистр не был еще так оплакиваем. В похоронной процессии… сначала шествовали все религиозные общины Родоса; затем шел греческий патриарх со своим духовенством, затем латинское духовенство ордена. Чуть впереди похоронных носилок стояли 200 знатных родосцев, облаченных в черное и несущих зажженные факелы в руках. За ними следовали рыцари с опущенными знаменами, так что они мели по земле. Носилки с телом несли на плечах приоры и столпы ордена. За ними следовали 250 плакальщиц. Громкий плач раздавался из окон, на улицах, террасах, с крыш — выло и причитало все население. Над его могилой сломали его командный жезл и шпоры — так были соблюдены все скорбные формальности".
Каурсэн называл д’Обюссона отцом страны, защитником несчастных и непобедимым защитником Родоса, и сами иоанниты, как было написано уже в 1679 году, поставили его превыше всех прочих магистров, сравняв с героями Античности… Много ныне стоит на Родосе памятников. Красивых и не очень, уместных и несуразных. А вот памятника герою Пьеру д’Обюссону нет, хотя он прекрасно смотрелся бы у стен крепости, даруя легкомысленному потомству назидание о подвигах, чести и славе.