Проект сибирского университета при таких условиях не встречал, по-видимому, особых препятствий к своему осуществлению. Можно было ожидать, что открытие университета после долгих ожиданий наконец осуществится, и надежды Сибири сбудутся, но и на этот раз ожиданиям сибирского края суждено было исполниться не столь скоро, как ожидалось. Славянское движение и война с Турцией, как и финансовые обстоятельства России еще раз отодвинули этот вопрос, почти решенный, на второй план и приостановили практическое осуществление начатого дела. Самый проект учреждения университета, к сожалению, далеко не привлек должного внимания столичной печати и общества и не вызвал всестороннего обсуждения, может быть, благодаря тому, что самый проект не был опубликован. Один только пункт этого проекта вызвал внимание общества и печати, напомнив, что проект этот рассматривается. Пункт этот касался избрания города для сибирского университета и, играя, по-видимому, второстепенную роль, получил тем не менее первостепенное значение для края. При этом нужно иметь в виду обстоятельства, которыми избрание места для университета сопровождалось.
Когда-то по мысли жертвователя Демидова предполагался местом для основания университета Тобольск, но город этот давно потерял свое значение центра и митрополии Сибири. В 60-х годах предполагалось основание университета в Иркутске как пункте, получившем особенное развитие в крае, но впоследствии не раз высказывались преимущества Томска, как центрального пункта для обеих частей Сибири. При поднятии вопроса об университете в 1875 году большинство полагало, что выбор падет на Томск, как на самый видный город Западной Сибири, обладающий всеми необходимыми для университетского города условиями. Таково же было ожидание жертвователя, давшего в числе первых 100000 рублей на основание Томского университета. Но административные соображения заставляли проект высказаться за Омск — город, находящийся на окраине, а не в центре Сибири. Несмотря на все аргументы в пользу Омска как города будущего и его административные преимущества, мысль избрания его резиденцией университета, противоречащая вообще интересам сибирского края и общества, явилась вдобавок неожиданностью для сибиряков и, понятно, вызвала самые горячие протесты. Омск представляет в Западной Сибири довольно большой, но преимущественно чиновничий город, имевший когда-то военное и административное значение при завоевании киргизской степи; но и это значение с покорением степей в значительной степени утратилось. Находясь в стороне от главного Сибирского тракта и центра населения, он угрожал сделать университет пустым. Наконец, город Омск переполнен исключительно элементом наезжим, временным и никакой связи с страною не имеющим; для самих приезжающих он играет роль только временной станции[159]. Вот почему общественное мнение Сибири весьма решительно выступило против Омска, а местная и столичная печать решительно отдавали преимущество городу Томску.