Советская историография утверждала, что эвакуация корпуса была одним из элементов тщательно разработанного Антантой плана свержения советской власти в России, возвращения её в лоно капитализма и возобновления её участия в войне с Германией. На самом деле намерения её свержения с помощью корпуса у союзников в этот период не было, а конфликт корпуса с большевиками был для них неожиданным. Наоборот, ещё в начале марта 1918 года союзники добивались от советского правительства эвакуации корпуса через Архангельск, считая, что вывоз его через Владивосток — пустая трата времени, денег и тоннажа. Однако большевики, видимо выполняя настойчивую просьбу Германии, которая старалась затянуть время прибытия корпуса в Европу и вступления его в войну против неё, пустили корпус через всю Сибирь.
Никакой интервенции в Сибири первоначально союзники также не планировали. Сначала они ввели свои войсковые подразделения в Сибирь для защиты корпуса от наседавших красногвардейских и германо-австрийских отрядов, и лишь потом, когда обстановка в Сибири накалилась и переросла в крупномасштабные боевые действия между красногвардейскими и германо-австрийскими отрядами, с одной стороны, и с чехословаками и русскими антибольшевистскими силами — с другой, союзники приняли решение об интервенции с целью оказания помощи антибольшевистским силам в восстановлении той власти, которую выберет большинство народа.
Но вернёмся к Анненкову.
В мае большевики узнали, что Анненков в Мельничной, и повели на неё наступление силами до 2–3 тысяч человек. Однако Анненков о замысле большевиков знал и вывел отряд из-под удара. После ухода большевиков отряд разрушил Ишимскую железную дорогу, на разъезде № 55 захватил двух комиссаров и снял телеграфный аппарат. Снять телефонный аппарат Анненков хотел и на станции Лузино, но начальник станции предложил ему прослушать сначала разговор омских комиссаров с Петропавловском. Комиссар Омского Совдепа передавал, что чешский эшелон, следовавший на восток, отказался сдать оружие и ушёл к Петропавловску.
— Не выпускайте больше эшелонов, а мы вышлем два больших отряда и заставим их сдать оружие! — кричал он в трубку.
Получив известие, что чехи рядом, Анненков без колебаний решил нанести урон большевистским эшелонам и установить связь с чехами. Вблизи железнодорожной станции Марьяновка, в 160 километрах западнее Омска, был выбран удобный для засады лог, заросший кустарником. Анненковцы навалили на рельсы шпалы и затаились. Вскоре показался эшелон с огромным красным флагом и с красногвардейцами на паровозе. Подойдя к завалу, эшелон остановился, а красноармейцы начали выскакивать из вагонов. Внезапно они попали под ружейно-пулемётный огонь анненковцев, а в вагоны полетели гранаты. Застигнутые врасплох, красноармейцы вскакивали в вагоны, а поезд задним ходом под огнём двух пулемётов тронулся обратно. Другой эшелон тоже стал быстро уходить на Омск. По данным Анненкова, вагоны первого эшелона были превращены в щепки, от 940 красных бойцов осталось в живых 64 человека.
Разгром эшелонов красные приписали чехам.
Оставив пехоту под Марьяновкой, Анненков с конницей пошёл на Исилькуль. Здесь он встретился с чехами и их командиром майором Чанушей. Тот сообщил, что чехи получили распоряжение занять сибирскую железнодорожную магистраль, объявить мобилизацию по всей Сибири для борьбы с большевиками.
В чешском отряде насчитывалось до 650 бойцов. Но этого было недостаточно, и Анненков объявил мобилизацию казаков, на что те охотно откликнулись. Два отряда подошли из Петропавловска. Решено было совместно с чехами начать наступление на Марьяновку.
Объединённый отряд чехов и Анненкова двинулся на Марьяновку и занял её в ожидании подхода Челябинской группировки белых, в задачу которой входило вместе с Ново-Николаевской группировкой взять Омск.
В это же время для воспрепятствования продвижению чехов и белых на восток из Омска на эту же станцию были направлены два больших отряда Красной гвардии.
Первый отряд под командованием Н.С. Успенского прибыл в Марьяновку утром. На перроне вокзала духовой оркестр исполнял сентиментальные вальсы. Никаких признаков наличия на станции чехов и анненковцев не было. Но как только началась высадка красногвардейцев, по ним был открыт кинжальный пулемётный огонь. За считанные минуты была потеряна почти половина отряда. Погиб и сам Успенский. Однако другая часть отряда сумела закрепиться и вступить в бой. Тем временем из Омска пришёл второй, более сильный, отряд, насчитывавший более тысячи бойцов под командованием Андрея Звездова.