Выбрать главу

91. Falkow, S. What is a pathogen? / S. Falkow // ASM News. – 1997. – № 63. – P. 359–65.

92. Stecher, B. The role of microbiota in infectious disease / B. Stecher, W. D. Hardt // Trends Microbiol. – 2008. – № 16. – P. 107–14.

93. Coombes, B. K. Evasive maneuvers by secreted bacterial proteins to avoid innate immune responses / B. K. Coombes, Y. Valdez, B. B. Finlay. – Curr. Biol. – 2004. – № 14. – P. R856–67.

94. Lupp, C. Host-mediated inflammation disrupts the intestinal microbiota and promotes the overgrowth of Enterobacteriaceae / C. Lupp, M. L. Robertson, M. E. Wickham et al. // Cell Host Microbe. – 2007. – № 2. – P. 119–29.

95. Stecher, B. Salmonella enterica serovar typhimurium exploits inflammation to compete with the intestinal microbiota / B. Stecher, R. Robbiani, A. W. Walker et al. // PLoS Biol. – 2007. – № 5. – P. 2177–89.

96. Endt, K. The microbiota mediates pathogen clearance from the gut lumen after non-typhoidal Salmonelladiarrhea / K. Endt, B. Stecher, S. Chaffron et al. // PLoS Pathog. – 2010. – № 6. – P. e1001097.

97. Lawley, T. D. Antibiotic treatment ofClostridium difficilecarrier mice triggers a supershedder state, spore-mediated transmission, and severe disease in immunocompromised hosts / T. D. Lawley, S. Clare, A. W. Walker et al. // Infect Immun. – 2009. – № 77. – P. 3661–9.

98. Palmer, C. Development of the human infant intestinal microbiota / C. Palmer, E. M. Bik, D. V. DiGiulio // PLoS Biol. – 2007. – № 5. – P. 177.

99. Koenig, J. E. Succession of microbial consortia in the developing infant gut microbiome / J. E. Koenig, A. Spor, N. Scalfone et al. // Proc Natl. Acad. Sci USA. – 2011. – № 108 (Suppl. 1). – P. 4578–85.

100. Park, H. K. Molecular analysis of colonized bacteria in a human newborn infant gut / H. K. Park, S. S. Shim, S. Y. Kim // Microbiol. – 2005. – № 43. – P. 345–53.

101. Dominguez-Bello, M. G. Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial microbiota across multiple body habitats in newborns / M. G. Dominguez-Bello, E. K. Costello, M. Contreras et a. // Proc. Nat. Acad. Sci USA. – 2010. – № 107. – Р. 119–127.

102. Jangi, S. Asymptomatic colonization by Clostridium ifficilein infants: implications for disease in later life // S. Jangi, J. T. Lamont // J. Pediatr. Gastroenterol. – Nutr. – 2010. – № 51ю – P. 2–7.

103. Harmsen, H. J. Analysis of intestinal flora development in breast-fed and formula-fedinfants by using molecular identification and detection methods / H. J. Harmsen, A. C. Wildeboer-Veloo, G. C. Raangs et al. J. Pediat.r Gastroenterol. // Nutr. – 2000. – № 30. – P. 61–73.

104. Zivkovic, A. M. Human milk glycobiome and its impact on the infant gastrointestinal microbiota / A. M. Zivkovic, J. B. German, C. B. Lebrilla et al. // Proc. Natl. Acad. Sci USA – 2011. – № 108 (Suppl. 1). – P. 46–53.

105. Hascoet, J. M. Effect of formula composition on the development of infant gut microbiota / J. M. Hascoet, C. Hubert, F. Rochat et al. // J. Pediatr. Gastroenterol. // Nutr. – 2011. – № 52. – P. 756–762.

106. Walker, A. W. Dominant and diet-responsive groups of bacteria within the human colonic microbiota / A. W. Walker, J. Ince, S. H. Duncan et al. // ISME. – J. – 2011. – № 5. – P. 220–230.

107. Wu, G. D. Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes / G. D. Wu, J. Chen, C. Hoffmann et al. // Science. – 2011. № 334. – P. 105–108.

108. Dethlefsen, L. Incomplete recovery and individualized responses of the human distal gut microbiota to repeated antibiotic perturbation / L. Dethlefsen, D. A. Relman // Proc. Natl. Acad. Sci USA. – 2011. – № 108 (Suppl. 1). – P. 4554–4561.

109. Jernberg, C. Long-term ecological impacts of antibiotic administration on the human intestinal microbiota / C. Jernberg, S. Lofmark, C. Edlund et al. // ISME J. – 2007. – № 1. – P. 56–66.

110. Hayashi, H. Molecular analysis of jejunal, ileal, caecal and recto-sigmoidal human colonic microbiota using 16S rRNA gene libraries and terminal restriction fragment length polymorphism \ H. Hayashi, R. Takahashi, T. Nishi et al. //.J Med. Microbiol. – 2005. – № 11. – P. 1093–10101.

111. Wilson, M. Microbial Inhabitants of Humans: Their Ecology and Role in Health and Disease, 1st edn. New York: Cambridge University Press, 2005.

112. Macfarlane, S. Regulation of short-chain fatty acid production / S. Macfarlane, G. T. Macfarlane // Proc. Nutr. Soc. – 2003. – № 62. – P. 67–72.

113. Rajilic-Stojanovic, M. Diversity of the human gastrointestinal tract microbiota revisited / M. Rajilic-Stojanovic, H. Smidt, W. M. de Vos // Environ Microbiol. – 2007. – № 9. – P. 2125–3216.

114. Dethlefsen, L. An ecological and evolutionary perspective on human – microbe mutualism and disease / L. Dethlefsen, M. McFallNgai, D. A. Relman // Nature. – 2007. – № 449. – P. 811–819.

115. Lapierre, P. Estimating the size of the bacterial pan-genome / P. Lapierre, J. P. Gogarten // Trends Genet. – 2009. – № 25. – P. 107–110.

116. Gill, N. The gut microbiota: challenging immunology / N. Gill, B. B. Finlay // Nat. Rev. Immunol. – 2011. – № 11. – P. 636–637.

117. Norin, E. Intestinal microflora functions in laboratory mice claimed to harbor a «normal» intestinal microflora. Is the SPF concept running out of date? / E. Norin, T. Midtvedt // Anaerobe. – 2010. – № 16. – P. 311–320.

118. Hooper, L. V. How host – microbial interactions shape the nutrient environment of the mammalian intestine / L. V. Hooper, T. Midtvedt, J. I. Gordon // Annu. Rev. Nutr. – 2002. – № 22. – P. 283–307.

119. Turnbaugh, P. J. A core gut microbiome in obese and lean twins / P. J. Turnbaugh, M. Hamady, T. Yatsunenko et al. // Nature. – 2009. – № 457. – P. 480–484.

120. Mortensen, P. B. Short-chain fatty acids in the human colon: relation to gastrointestinal health and disease / P. B. Mortensen, M. R. Clausen // Scand. J. Gastroenterol. Suppl. – 1996. – № 216. – P. 132–148.

121. Tap, J. Towards the human intestinal microbiota phylogenetic core / J. Tap, S. Mondot, F. Levenez et al. // Environ Microbiol. – 2009. – № 11. – P. 2574–2584.

122. Eckburg, P. B. Diversity of the human intestinal microbial flora / P. B. Eckburg, E. M. Bik, C. N. Bernstein et al. // Science. – 2005. – № 308. – P. 1635–1648.

123. Zoetendal, E. G. Mucosa-associated bacteria in the human gastrointestinal tract are uniformly distributed along the colon and differ from the community recovered from feces / E. G. Zoetendal, A. von Wright, T. Vilpponen-Salmela et al. // Appl. Environ Microbiol. – 2002. – № 68. – P. 3401–3407.

124. Macfarlane, S. Regulation of short-chain fatty acid production / S. Macfarlane, G. T. Macfarlane // Proc. Nutr. Soc. – 2003. – № 62. – P. 67–72.

125. Johansson, M. E. Microbiology. Keeping bacteria at a distance / M. E. Johansson, G. C. Hansson // Science. – 2011. – № 334. – P. 182–183.

126. Juge, N. Microbial adhesins to gastrointestinal mucus / N. Juge // Trends Microbiol. – 2012. – № 20. – P. 30–39.

127. Johansson, M. E. The two mucus layers of colon are organized by the MUC2 mucin, whereas the outer layer is a legislator of host – microbial interactions / M. E. Johansson, J. M. Larsson, G. C. Hansson // Proc. Natl. Acad. Sci USA. – 2011. – № 108 (Suppl. 1). – P. 4659–4665.

128. Macpherson, A. J. The immune geography of IgA induction and function / A. J. Macpherson, K. D. McCoy, F. E. Johansen // Mucosal Immunol. – 2008. – № 1. – P. 11–22.

129. McGuckin, M. A. Mucin dynamics and enteric pathogens / M. A. Guckin, S. K. Linden, P. Sutton et al. // Nat. Rev. Microbiol. – 2011. – № 9. – P. 265–278.