В январе 1252 г. Конрад пересек Адриатическое море и высадился в Сипонто в северной Апулии, возле Фоджи, где были сосредоточены сарацинские войска во главе с Иоанном Мавританским. Манфред подчинился Конраду, но был лишен части своего удела, а передача им земель в дар своим дядьям Ланца была признана недействительной. Пьетро Руффо был утвержден в должности наместника на Сицилии и в Калабрии. Конрад до конца года разбирался с восстанием в Терра ди Лаворо, вспыхнувшем снова, и вполне успешно, хотя Капуа и Неаполь наконец покорились только к следующему году. Одновременно он начал переговоры с Папой. Теперь у него было устойчивое положение, в то время как Папу Иннокентия все еще сдерживали в Северной Италии. Рим, недавно оставшись без правителя из-за вражды между партиями аристократов, превратился в народную коммуну по северо-итальянскому образцу и избрал в качестве своего подеста (Podesta), или сенатора, болонского юриста сочувствующего Гогенштауфенам, Бранкалеоне ди Андало, который получил почти самодержавные полномочия и правил справедливо, но строго. В ломбардских городах гибеллины брали верх над гвельфами, и хотя в Тоскане гвельфы смогли добиться успехов, у них не было никакой возможности оказать Папе реальную помощь.22
Иннокентий был непреклонен. Он не надеялся, что сможет вытеснить Конрада из Южной Италии, но был решительно против объединения Сицилийского королевства и Германии. Конрад, нуждавшийся в папской поддержке, или, по крайней мере, в папском нейтралитете на тот случай, если ему удастся установить контроль над Германией, был готов на любые уступки, кроме этой. Переговоры были обречены на провал. Какое-то время Папа думал решить проблему, передав Сицилийскую корону сводному брату Конрада, Генриху, женив его на одной из своих племянниц, и Генрих, похоже, с интересом отнесся к этому предложению. Но из этого плана ничего не вышло. Конрад и его сторонники никогда бы не допустили такой интриги. Когда Генрих умер в возрасте восемнадцати лет в декабре 1253 г., распространился слух, поддерживаемый Папой, о том, что он отравлен своим братом. Сенатор Бранкалеоне пытался помешать окончательному разрыву между Иннокентием и Конрадом, но в январе 1254 г. Конрад публично обвинил Папу в узурпации и ереси, а в феврале Иннокентий ответил Конраду анафемой.23
Война была неизбежна, и Конрад занимал на более выгодную позицию. Попытка Папы призвать к новому крестовому походу против Гогенштауфенов была воспринята резко отрицательно. Во Франции королева-регентша Бланка пригрозила конфисковать земли у любого, кто откликнется на воззвание Папы. В Германии над папскими агентами открыто смеялись.24 Армия Конрада была в хорошем состоянии. Его казна была полна, благодаря налогам, которые он собирал в своих итальянских владениях. Казалось, что Конрад добьется большего успеха, чем отец, в деле искоренения влияния Папы в Италии, и он уже планировал двинуться в северном направлении, чтобы восстановить порядок в Германии. Сейчас мы можем сомневаться, действительно ли он мог повернуть время вспять и восстановить империю Гогенштауфенов. Ему так и не представилась такая возможность. В апреле 1254г. у Конрада, находившегося в своем лагере в Лавелло на границе Апулии, началась лихорадка. Ему было всего двадцать шесть лет, но здоровье его было совершенно подорвано. Он мужественно, но тщетно боролся за жизнь. 21 мая Конрад умер в окружении своих сарацинских воинов.25