Детские годы Фридриха вплоть до его совершеннолетия были беспокойными и несчастливыми как для королевства, так и для короля. Иннокентий, будучи сюзереном королевства и опекуном юного короля, тщетно пытался контролировать правительство. Плелись бесконечные интриги и шли мелкие войны между Вальтером Палеарским (канцлером и главой Государственного совета), бывшим сенешалем Марквардом и еще одним германем, Дипольдом фон Фобургом, которому Генрих даровал власть над Салерно. Одна из дочерей Танкреда сбежала из плена, и ее муж Готье де Бриенн получил от Папы обширные владения в Апулии и стал военачальником понтифика Папы в королевстве, не оставив, правда, при этом претензий своей супруги на престол. Пизанцы и генуэзцы бились друг с другом на побережьях, в особенности — в районе Сиракуз, каковые и были заняты последними. К счастью для королевства, Марквард умер в 1201 г. в результате неудачной операции по удалению камня, а Готье де Бриенн — от ран в 1205 г. Вальтер Палеарский и Дипольд подчинились Папе, который прислал своего племянника, Герарда, кардинала церкви Св. Адриана, в качестве папского легата для надзора за сицилийским правительством. Следующие два года протекли более спокойно, не считая кровавого бунта мусульман и постоянных грабежей, учиняемых германскими авантюристами.11
В декабре 1208 г. Фридриху исполнилось четырнадцать и его несовершеннолетие закончилось. Он принял власть в разоренном королевстве. Коронных земель почти не осталось — Папа роздал большую часть поместий; различные сеньоры заняли земли, с которых их нельзя было согнать. Только благодаря подношениям от крупных городов Фридрих получил достаточно денег, чтобы начать править. Папа, получавший по завещанию Констанции ежегодно более тысячи унций золота в награду за опекунство над королем, а также возмещение всех расходов на защиту королевства, заявил, что потратил еще 12 800 унций золота на поддержание порядка на острове. Фридрих начал царствовать с этим долгом на шее.
При Фридрихе остров возвратил себе часть былого величия. Фридрих любил Сицилию больше, чем все остальные свои владения. Он вырос во дворце в Палермо, окруженном прекрасными садами, и всю жизнь повторял, что только там чувствовал себя дома. Там располагался его двор, там родились его дети, но сам Фридрих редко там появлялся. У него было слишком много дел. Со временем он навещал остров все реже и реже, предпочитая свободное время проводить на отдыхе в одном из своих замков или охотничьих домиков на материке в Апулии. Фридрих обеспечил Сицилии справедливое и упорядоченное правление: он реформировал законы таким образом, чтобы искоренить коррупцию как в общественных, так и в частных делах, выгнал генуэзцев, которые эксплуатировали остров из своей колонии в Сиракузах. Но Фридриху пришлось применять силу, чтобы добиться желаемого. Он был непопулярным правителем. Сицилийцы помнили, что он сын жестокого германца — Генриха VI. Они видели, что его честолюбивые планы простираются на Северную Италию и дальше за Альпы. И императорская коронация Фридриха в 1220 г. не вызвала у них энтузиазма. Хоть Фридрих и оставил свою жену Констанцию Арагонскую регентшей на Сицилии, она не снискала преданности своих подданных. В 1212 г. начался страшный голод. Сарацины на острове под предводительством разбойника Морабита подняли восстание, и прошло десять лет, прежде чем оно было подавлено, а Морабит повешен в Палермо. Тогда всех мусульман выслали на материк, в северную Апулию. Только после этих кампаний, проведенных в 1222 и 1223 гг., знать, поднимавшая локальные бунты, была сломлена, а ее земли конфискованы в пользу короны.
Фридрих был деятельным, но жестоким королем. Реформа законодательства, которую он провел, была справедливой, но он насаждал новые законы силой. Кроме того, для успешного ведения войн людей призывали в армию, и чтобы содержать армию, были подняты налоги. После наведения порядка деспотизм Фридриха был направлен в мирное русло: он поддерживал торговлю и производство, так же как и его нормандские предки, основывал новые города и привлекал иммигрантов, которые могли оказаться полезными, установил твердую монету и снизил пошлины на ввоз товаров. Убедившись, что все его подданные обеспечены справедливым судопроизводством, Фридрих дал им возможность получать образование в новом университете, который основал в Неаполе. Правление Фридриха принесло на остров мир и процветание, несмотря на высокие налоги и утечку мужского населения. Но сицилийцы понимали, что все уже иначе, чем во времена нормандских государей, при которых Сицилия находилась в сердце независимого королевства. Тогда провинции на материке управлялись из Палермо, и нормандские короли, несмотря на все свои амбиции, остались по существу королями Сицилии. Теперь же король Сицилии был также и императором и правителем Северной Италии. Даже в самом Сицилийском королевстве Фридрих не оказывал предпочтения острову перед материком. Он пытался привнести равенство в отношения двух этих территорий, и к тому же военные нужды действительно заставили его сосредоточить внимание больше на материке, чем на острове. Непрерывные распри Фридриха с Папой смущали набожных жителей острова, особенно если учесть, что он, в отличие от нормандских королей, так и не добился от папства статуса легата и официального контроля над сицилийской Церковью. Население острова так и осталось преимущественно греческим, хотя число католиков резко увеличивалось, и выкресты из ислама, которые остались на Сицилии, когда всех мусульман выслали, похоже, ассоциировали себя с ними. Но, несмотря на разношерстность сицилийцев, их национальное самосознание становилось все сильней, основываясь на затаенном негодовании. Сицилия после короткого периода независимости оказалась затянутой в трясину европейской политики. Пока был жив блистательный император, все могло быть хорошо, поскольку он был добрым правителем и все знали, что сердце его принадлежит Сицилии (даже если некоторые его действия говорят об обратном). Однако невозможно было предсказать, как обернутся дела при менее могущественном государе, если горделивые сицилийцы не получат должного уважения и внимания, которые считали своим несомненным правом.12