В 1947 году в Богоявленский собор передали мощи святителя Алексия Московского, для которых на одном из оборонных предприятий Москвы изготовили раку из бронзового сплава по эскизу М.Е. Губонина. По проекту академика А.В. Щусева в 1949 году в Никольском приделе кафедрального собора было устроено беломраморное надгробие над могилой Патриарха Сергия.
Для гонимой Русской Православной Церкви наступило время некоторой благоприятной передышки. Слишком явно было действие Божественного Промысла в событиях Великой Отечественной войны, народ потянулся в храмы.