Суд приговорил Веру Фигнер к смертной казни через повешение. На восьмой день после суда в камеру к Фигнер вошли комендант крепости, старый генерал, смотритель и офицеры. Генерал прочитал указ: «Государь император всемилостивейше повелел смертную казнь заменить вам каторгой без срока». Началась вторая жизнь Веры Фигнер.
12 октября 1884 года Вере Фигнер надели наручники и отвезли в Шлиссельбургскую крепость, эту русскую Бастилию. «Вы узнаете о своей дочери, когда она будет в гробу»,— ответил матери Веры Екатерине Христофоровне петербургский сановник, когда она попыталась что-нибудь узнать о Вере.
Долгие годы провела Фигнер в камере № 26. Как-то за перестукивание с товарищами Веру наказали и повели в карцер. Тут она впервые увидела внутренность тюрьмы при вечернем освещении: небольшие лампочки, повешенные по стенам, освещали два этажа здания, разделенные лишь узким балконом и сеткой, которая была протянута вместо пола второго этажа. «Эти лампы горели, как неугасимые лампады в маленьких часовнях на кладбищах, и сорок наглухо замкнутых дверей, за которыми томились узники, походили на ряд гробов, поставленных стоймя. За каждой дверью — товарищ, узник, каждый страдающий по-своему: умирающий, больной и ожидающий своей очереди».
Первые годы были самыми страшными: даже смерть казалась желанной, ведь смерть оправдывалась идеей мученичества, которое сопровождает всякую борьбу.
Остановил страх безумия, этой деградации человека, унижения его духа и плоти. «Но остановиться значило — стремиться к норме, к душевному выздоровлению. И этому помогли друзья. Засветились маленькие огоньки, как огни восковых свечей на вербное воскресенье. Заговорили немые стены Шлиссельбурга — завязались сношения с товарищами. Они дали ласку, давали любовь, и таяла от них ледяная кора Шлиссельбурга». Товарищи Фигнер по крепости Ипполит Мышкин и Михаил Грачевский умерли как герои: они решили выйти на суд, чтобы разоблачить страшные тайны Шлиссельбурга — голод, холод, побои заключенных. Мышкин дал пощечину смотрителю тюрьмы и был расстрелян, без суда. Грачевский ударил тюремного врача, был заперт бессрочно в карцер, но суда над собой, как он хотел, не дождался и сжег себя, облившись керосином из лампы.
После самосожжения Грачевского за недосмотр был уволен смотритель Соколов. «Его бессердечие, злость и садизм были удивительны даже для тюремщика — он любил свое дело — гнусное ремесло бездушного палача».
Сохранить себя в этих условиях — значило вести борьбу. Борьбу за прогулки, за книги...
В 1889 году, по предложению Фигнер, после того как были отняты книги, привезенные заключенными, узники Шлиссельбурга объявили голодовку. Однако никто не мог довести голодовку до конца, кроме Фигнер. «Мартынов, человек здоровый и сильный, не выдержал с самого начала и уже на третий день стал есть. Я в своей строгости прекратила с ним всякие отношения»,— писала Фигнер в своих мемуарах. Наконец, Фигнер осталась одна и была бесконечно разочарована тем, что у ее товарищей-революционеров не хватило сил и воли довести протест до конца: сильные люди и должны быть сильными. И, однако, они говорили — и не сделали. Это было жгучее разочарование и переполняло ее необузданным гневом: «Казалось, я ненавижу всех. У меня оставались в жизни только они, эти товарищи, и эти товарищи, изменившие себе, теперь являлись для меня чужими. Я верила в их стойкость, в их непреклонную волю и теперь видела перед собой не сплоченный коллектив, который я себе представляла, а распыленных личностей, слабых, не стойких, могущих отступать, как отступают обыкновенные люди». Фигнер перестала голодать только после того, как двое товарищей заявили, что покончат с собой, если она умрет от голода. Но и в стенах чудовищной тюрьмы были человеческие отношения.
Навсегда прощаясь перед заключением в крепость с матерью, Вера получила от нее образок «Нечаянные радости». «Нечаянной радостью» Шлиссельбурга стала для Веры Фигнер дружба с Людмилой Волкенштейн: они были в крепости единственными женщинами. Когда узникам впервые разрешили дать бумагу, Вера стала писать стихи. Спустя много лет она описала эту радость иметь перед собой белый бумажный листик: «Обыкновенно люди не ценят ни здоровья, ни света, пока не лишаются их; не ценят и бумагу, которая в обыкновенной жизни всегда под рукой».
В свои именины Вера получила однажды стихотворное послание от Германа Лопатина: