Возникает новая религия и поклонение Тьме, со своим храмом, выстроенным по наущению Саурона. Верных преследуют и приносят в жертву. Нуменорцы приходят со злом и в Средиземье и становятся там жестокими и злыми владыками-некромантами, убивая и мучая людей; древние легенды заслоняются новыми преданиями, мрачными и ужасными. Однако на северо-западе ничего подобного не происходит; ибо туда, где живут эльфы, приплывают только Верные, оставшиеся эльфам друзьями. Главная гавань неиспорченных нуменорцев находится близ устья великой реки Андуин. Оттуда влияние Нуменора, все еще благое, распространяется вверх по Реке и вдоль побережья на север вплоть до самого королевства Гильгалада, по мере того, как складывается Всеобщее наречие.
Но наконец замысел Саурона осуществляется. Тар-Калион чувствует, как к нему подступают старость и смерть, прислушивается к последнему наущению Саурона и, построив величайшую из флотилий, отплывает на Запад, нарушая Запрет, и идет на богов войной, дабы силой вырвать у них «жизнь вечную в пределах кругов мира». Перед лицом подобного бунта, этого вопиющего безумства и кощунства, а также и перед лицом вполне реальной опасности (ибо нуменорцы, направляемые Сауроном, вполне могли учинить разор в самом Валиноре) Валар слагают с себя доверенную им власть, взывают к Богу и получают силу и дозволение действовать; старый мир разрушен и изменен. Разверзшаяся в море пропасть поглощает Тар-Калиона и его флотилию. Сам Нуменор, оказавшись на краю разлома, обрушивается и навечно исчезает в бездне вместе со всем своим величием. После этого на земле не остается зримых обиталищ существ божественной и бессмертной природы. Валинор (или Рай) и даже Эрессеа изъяты и сохранились лишь в памяти земли. Теперь люди могут плыть на Запад, если захотят, и так далеко, как только могут, но к Валинору и к Благословенному Королевству они не приблизятся, а вновь окажутся на востоке и так возвратятся обратно; ибо мир стал круглым, и ограниченным, и из сферы его не вырваться иначе, как через смерть. Лишь «бессмертные», задержавшиеся на земле эльфы, до сих пор могут, ежели пожелают, устав от кругов мира, взойти на корабль и отыскать «прямой путь», достичь древнего или Истинного Запада и обрести там покой.
Итак, ближе к концу Второй эпохи происходит великая катастрофа; однако эпоха еще не окончена. Остались те, кто выжил в катаклизме: Элендиль Прекрасный, предводитель Верных (имя его означает «Друг эльфов») и его сыновья Исильдур и Анарион. Элендиль, персонаж, уподобленный Ною, не принимал участия в бунте; на восточном побережье Нуменора стояли его корабли, подготовленные к отплытию и с людьми на борту. Он бежит прочь перед всесокрушающей бурей гнева Запада и подхвачен и высоко вознесен вздымающимися волнами, разрушившими запад Средиземья. Он и его люди выброшены на берег; отныне они – изгнанники. Там они основывают нуменорские королевства: Арнор на севере, близ владений Гильгалада, и Гондор близ устьев Андуина дальше к югу. Саурон, будучи бессмертным, едва спасается при гибели Нуменора и возвращается в Мордор, где спустя некоторое время набирает достаточную силу, чтобы бросить вызов изгнанникам Нуменора.
Вторая эпоха завершается созданием Последнего Союза (людей и эльфов) и великой осадой Мордора. Она заканчивается низвержением Саурона и уничтожением второго зримого воплощения зла. Однако победа досталась дорогой ценой, и при одной пагубной ошибке. Гильгалад и Элендиль пали в битве с Сауроном. Исильдур, сын Элендиля, срубил кольцо с руки Саурона, – и сила покинула Саурона, а дух его бежал во тьму. Однако зло начинает действовать. Исильдур объявляет Кольцо своим как «виру за отца» и отказывается бросить его в Огонь тут же, рядом. Он уводит войско, но тонет в Великой Реке; Кольцо утрачено и исчезает бесследно неведомо куда. Однако оно не уничтожено, и Темная Башня, отстроенная с его помощью, все еще стоит, пустая – но и не разрушенная. Так заканчивается Вторая эпоха – с утверждением нуменорских владений и гибелью последнего короля Высоких эльфов.