Пока австралийские войска двигались к берегу, крейсера и эсминцы патрулировали в море, прикрывая подходы к Брунею от возможной атаки японских кораблей. Однако они караулили миражи. 8 июня британская подводная лодка перехватила и торпедировала тяжелый крейсер «Асигара». Когда он затонул, флаг Восходящего Солнца исчез с океанских просторов к югу от Японии. В индонезийских водах остались несколько подводных лодок, которые еще могли действовать на морских путях, ведущих к Брунею.
27 июня у входа в бухту Бруней подорвался на мине эсминец «Колдуэлл» (капитан-лейтенант Д.Р. Робинсон). Взрывом были повреждены руль и винты эсминца. Небольшое ранение получил только один матрос. «Колдуэлл» стал последним эсминцем 7-го Флота, пострадавшим в ходе боевых действий.
В Баликпапане, богатейшем источнике нефти на острове Борнео, японцы подготовились к серьезному сопротивлению. Однако отсутствие воздушного прикрытия и слабая береговая оборона, которая свелась к минным заграждениям, сделали их сопротивление недолгим. Свой вклад в это внесли крупные силы 7-го Флота, поддерживавшие высадку.
Крейсерская группа прикрытия контр-адмирала Р.С. Риггза состояла из 9 крейсеров и 10 эсминцев под американским, британским и голландским флагами. В нее вошли эсминцы «Конвей» (флагман командира ДЭМ-44 капитана 1 ранга С.Г. Хупера), «Итон», «Стивенс», «Кони», «Арунта», «Харт», «Меткаф», «Киллен», «А.У. Грант», «Белл», «Шаретт», «Коннер», «Барнс». Эсминцы обстреляли побережье и завязали дуэль с японскими батареями, которые потопили на прибрежном мелководье 3 тральщика. Сначала корабли были вынуждены держаться на расстоянии от 12000 до 14000 ярдов. К 24 июня были расчищены безопасные проходы в минных полях, и корабли Группы прикрытия смогли подойти вплотную к берегу. Их точный огонь заставил замолчать большинство батарей. Когда 1 июля «Осси» высадились на берег Баликпапана, ни один солдат не пострадал от огня японских орудий.
Поддерживая высадку, оперативная группа контр-адмирала Э.Г. Нобла тоже начала обстреливать берег. В Отряд ближней поддержки из состава Десантной группы Нобла вошли 24 десантных судна под прикрытием 10 эсминцев, 5 эскортных миноносцев и фрегата. Это были «Флассер» (флагман командира ЭЭМ-5 капитана 1 ранга Ф.Д. МакКоркла), «Дрейтон», «Конингхэм», «Смит», «Фрезьер» (флагман командира ЭЭМ-14 капитана 1 ранга Г.Л. Симса), «Бейли», «Робинсон» (флагман командира ЭЭМ-22 капитана 1 ранга Р.Х. Смита), «Софли», «Уоллер», «Филип» и эскортные миноносцы «Чаффи», «Эдвин А. Говард», «Ки», «Лейланд Э. Томас», «Ратфорд».
30 июня к силам вторжения присоединились 3 эскортных авианосца. Их охраняли эсминец «Хелм» и эскортные миноносцы «Клоуз», «Митчелл», «Кайн», «Лэмонс» и «Дональдсон». Авианосцы обеспечили воздушное прикрытие десанта и вели противолодочное патрулирование. На берег были высажены 25304 австралийца. На суше они встретили упорное сопротивление, но к концу июля оно ослабело. Ни один плацдарм на юго-западе Тихого океана не подвергался такому мощному обстрелу, как в Баликпапане. В дни, предшествующие высадке, одни только эсминцы израсходовали 18820 снарядов калибром 127 мм.
К августу нефтяные богатства Борнео были в руках союзников. Их захват произошел так быстро и легко, что 6 месяцев назад в это никто не поверил бы. Мины, которые представляли главную угрозу для союзников, мало помогли японцам. Это были ядовитые насекомые, способы борьбы с которыми были отработаны. Только около Брунея были вытралены 462 штуки. Это был рекордный улов для Юго-Западной части Тихого океана. Последняя десантная операция в этом районе завершилась.
Конец империи
Атомная бомба брошена. 6 августа Хиросима была стерта с лица земли. 9 августа был превращен в пепел Нагасаки. Советская Россия объявила войну Японии согласно Ялтинским договоренностям. Япония оказалась на краю могилы.
Атомные взрывы в Японии и продвижение русских в Манчжурии должны были убедить самых упрямых японских милитаристов, что ни о каком спасении лица уже не идет и речи, да и личные судьбы уже предрешены. Тем не менее, когда Императорский совет собрался на чрезвычайное совещание 13 августа, не удалось добиться единогласного решения о капитуляции. Однако император положил конец бессмысленному упорству и, не обращая внимания на протесты горячих голов, опубликовал рескрипт, который прекратил войну.