Интригами его родственников Сеймуров на престол была обманным путем возведена леди Джейн Грей – правнучка короля Генриха Седьмого. Но скоро англичане воспротивились столь явному нарушению закона: леди Джейн, оставшаяся в истории как «королева на девять дней», была низложена, и на английский престол, при полной поддержке народа, взошла Мария Тюдор. Елизавета была рядом с сестрой. Ярая католичка, Мария Первая стала железной рукой уничтожать любые побеги протестантизма, в том числе притесняя и сторонников основанной ее отцом англиканской церкви. Репрессии и казни еретиков были столь многочисленны, что в историю Мария вошла с прозвищем Кровавая. Постепенно в стране росло недовольство ее религиозной политикой, а когда стало известно, что Мария собирается выйти замуж за испанского инфанта Филиппа, ревностного католика, от былой любви народа не осталось и следа. Елизавета, воспитанная в протестантском духе и верная англиканской церкви, естественно рассматривалась как единственная надежда на восстановление протестантского учения.
Поначалу отношения между сестрами были вполне ровными; однако Елизавета не хотела переходить в католицизм, как на том настаивала Мария. Это можно понять: по мнению католической церкви, брак Генриха с ее матерью был незаконным, и следовательно, Елизавета была незаконнорожденной. Юная принцесса старалась, как могла, ладить со своей венценосной сестрой – однако той слишком многие говорили, что Елизавета очень опасна. Мария долго не верила: Елизавета казалась ей легкомысленной, не способной вмешаться в большую политику. Но разгоревшееся в начале 1554 года антипапистское восстание под предводительством Томаса Уайатта настолько напугало Марию, что она повелела заключить Елизавету в Тауэр. Несколько недель принцесса провела там, гадая о своей дальнейшей судьбе. Там же, в Тауэре, находился тогда и Роберт Дадли, друг детства Елизаветы: некоторые считают, что молодые люди виделись во время нечастых прогулок, и общая судьба стала началом их любви.
После недолгого разбирательства Томаса Уайатта казнили: перед смертью он поклялся, что Елизавета ничего не знала о заговоре. Хотя многие придворные настаивали на том, что Елизавету следует оставить в Тауэре, ее все же освободили: скоро предстояло бракосочетание Марии с Филиппом Испанским, будущим королем Испании, и королева перед этим событием решила проявить великодушие. Однако Елизавете не было дозволено остаться при дворе: ее сослали в Вудсток под строгий надзор и лишь через год разрешили вернуться в столь любимый ею Хэтфилд.
В апреле 1555 года Елизавету снова призвали ко двору: Мария была на последнем сроке беременности, и присутствие ее сестры было необходимо: если Мария умрет при родах, Елизавета унаследует престол. Однако беременность оказалась ложной: с тех пор положение Елизаветы стало относительно устойчивым – на ее праве наследования настаивал даже Филипп Испанский. Рассказывают, что он весьма благоволил к свояченице: девушка была молода, красива, обаятельна и здорова, в то время как Мария, на одиннадцать лет старше Филиппа, не отличалась ни красотой, ни здоровьем. Филипп строил планы замужества Елизаветы, а едва овдовев, и сам предложил ей руку и сердце.
Мария скончалась 17 ноября 1558 года. Хронисты сообщают, что Елизавета, узнав о смерти сестры, сказала: «Так решил Господь. Чудны дела его в наших глазах».
Елизавета стала королевой в двадцать пять лет – впрочем, выглядела она гораздо моложе: в то время как многие ее сверстницы, изнуренные постоянными беременностями, преждевременно старели, незамужняя Елизавета, чьими любимыми развлечениями были танцы и охота, заметно выделялась свежестью и здоровьем. Она короновалась 15 января 1559 года в Вестминстерском аббатстве – собор окружали восторженные толпы, видевшие в Елизавете спасительницу страны.
Елизавета наградила всех, кто был рядом с нею в последние годы: в частности, Роберт Дадли получил место конюшего, а Томас Пэрри, много лет заведовавший казной Елизаветы, стал казначеем двора. Государственным секретарем Елизавета назначила Уильяма Сесила, который начинал свою карьеру еще при Эдуарде: выбор был на удивление удачен: Сесил, обладавший бесспорным талантом дипломата и государственного деятеля, верой и правдой служил королеве до самой своей смерти – почти сорок лет. Именно его мудрости, прозорливости и преданности обязана Елизавета многими своими достижениями.