Невероятно разочарованный таким поворотом судьбы Генрих охладел к Анне, которую прежде страстно любил. Он стал заглядываться на ее фрейлину Джейн Сеймур, которая была полной противоположностью Анне: королева была страстной брюнеткой, любящей развлечения и наряды, ревнивой и капризной, а Джейн – неизменно доброжелательной, тихой, спокойной, скромной и белокурой. Когда Елизавете было три года, после весьма предвзятого судебного следствия Анна Болейн была казнена по обвинению в государственной измене. Ее брак с королем был аннулирован, и Елизавета – как и ее сестра – тоже оказалась незаконнорожденной.
На ее положение это мало повлияло: она по-прежнему жила в отведенном для нее дворце Хэтфилд-хаус в компании немногочисленных слуг. Хотя она и не имела официального статуса принцессы, ее образованием занимались лучшие учителя, приглашенные из Кембриджа: английская принцесса, хоть и не признанная официально, все же была завидным товаром на европейском брачном рынке, и ей полагалось достойное образование. С детства Елизавета проявляла большие способности и еще большее усердие в изучении различных наук. К десяти годам она прекрасно говорила на французском, итальянском, греческом и латыни, знала философию, историю и литературу. Книги оставались ее верными спутниками на протяжении всей жизни. Кроме этого, принцесса прекрасно умела танцевать, музицировать, ездить верхом и рукодельничать.
Между тем в королевском дворце происходила одна драма за другой. Джейн Сеймур, ставшая третьей женой Генриха, родила ему долгожданного сына, названного Эдуардом, но сама скончалась через несколько дней. После ее смерти Генрих женился еще трижды: сначала на Анне Клевской, с которой развелся через несколько месяцев, а затем на кузине Анны Болейн Кэтрин Говард, которая разделила судьбу своей родственницы – она была казнена за измену. Историки считают, что казнь Кэтрин – молодой, жизнерадостной, доброй и очень красивой женщины – стала настоящим ударом для юной Елизаветы, успевшей привязаться к молодой мачехе.
Последней супругой Генриха стала в 1543 году Катерина Парр, успевшая к этому времени уже дважды овдоветь. Рассказывали, что она была влюблена в лорда-адмирала Томаса Сеймура – брата Джейн Сеймур, получившего благодаря родству весьма неплохое положение при дворе. Однако когда король стал проявлять недвусмысленный интерес к Катерине, она не посмела ему отказать. Леди Екатерина стала прекрасной супругой для Генриха, заботливой, нежной, понимающей, и любящей мачехой для всех троих королевских детей: она настояла на том, чтобы принцесс принимали при дворе, и сама заботилась об их воспитании и образовании.
Король Генрих Восьмой скончался 28 января 1547 года. Согласно его завещанию, дочери были признаны наследницами престола вслед за своим братом Эдуардом, отныне королем Эдуардом Шестым. Таким образом, они были официально признаны отцом. Через несколько месяцев Катерина Парр вышла замуж за Томаса Сеймура и переехала в его поместье в Челси. Вместе с любимой мачехой поселилась и Елизавета.
Многие историки пишут, что Сеймур, авантюрист и честолюбец, имел виды на юную принцессу: одни считают, что Елизавета была влюблена в него, другие полагают, что он, наоборот, домогался ее, да так грубо, что у девушки навсегда остался ужас перед сексуальными отношениями. Недаром она и в письмах к мачехе, и в беседах с другом детства Робертом Дадли еще тогда утверждала, что не собирается ни выходить замуж, ни иметь детей. Но даже если Сеймур был и ни при чем, причин для такого решения у Елизаветы было предостаточно: ее мать и мачеха вышли замуж – и были казнены, еще одна мачеха умерла при родах. От родов скончалась и Катерина Парр – все это совершенно не вселяло в Елизавету надежду на счастливую жизнь под супружеским кровом.
Всего через несколько месяцев после смерти жены Томас Сеймур был арестован по обвинению в подготовке государственного переворота и вскоре казнен. В частности, ему инкриминировали намерение жениться на Елизавете и свергнуть с престола Эдуарда. На Елизавету, которая уже давно не жила в доме Сеймура, тоже пало подозрение в причастности, но она смогла доказать свою невиновность.
В 1551 году юный король Эдуард пригласил Елизавету ко двору: брат и сестра всегда с любовью относились друг к другу, и она была рада составить ему компанию, хотя и тосковала по вольной жизни вдали от двора с его интригами. Однако царствование Эдуарда было недолгим: в июле 1553 года он скончался от туберкулеза.