Попытки выделения чистых культур эндофитов из растений на протяжении около 100 лет не были результативными. Сложность их выделения была связана с неизвестной ранее потребностью симбионтных грибов в гормональных веществах (2-3 капли) в процессе их прорастания из растительной ткани в питательную среду, так как в этот короткий период времени сами грибы не синтезируют гормонов роста. Обогащение питательных сред гормонами роста микробного или растительного происхождения обеспечивает получение чистых культур эндофитов не только из корней, но и из листьев, хвои, завязей, пыльцы, семян и одноклеточных тканевых культур, выращенных в стерильных условиях вне организма. Общими морфологическими показателями для более чем 100 выделенных чистых культур эндофитов при многократном повторении опытов были следующие: 1. Отсутствие спороносящих органов размножения. 2. Многоклеточный мицелий с везикулярными расширениями, принимающими при старении септированную форму. 3. Гранулированная плазма, рассыпающаяся при разрыве оболочки клетки. 4. Погруженный рост мицелия в жидкой среде при отсутствии воздушного мицелия. 5. Синтез цветных пигментов различных цветов — от белого до черного. Эндофиты из ржи, пшеницы, томатов, клевера, мака и некоторых других растений синтезируют красный пигмент, который многие ученые ошибочно принимают за леггемоглобин. Черный пигмент синтезируют эндофиты таких сильно микотрофных растений, как мексиканская аралия; женьшень, мать–и–мачеха, брусника, черника и др.
Впервые нами была установлена способность к азотфиксации чистых культур эндофитов, что объясняет давно установленный, но не понятый наукой факт — накопление большого количества азота в целинных карбонатных почвах, заросших многолетней злаковой и разнотравной растительностью при незначительном участии в травостое бобовых растений (5%). В лабораторных условиях чистые культуры эндофитов в нейтральных питательных средах фиксируют больше азота, чем в кислых. В бетонных лизиметрах на глинистой материнской породе за 10 лет накопилось значительно больше азота при росте сильно микотрофных многолетних растений, чем при росте слабо микотрофных однолетних культур. Что касается многолетних бобовых культур, то их сильная азотфиксация выявляется только при наличии симбиоза с эндофитами в крупных клубеньках, розовый пигмент которых синтезируют симбионтные грибы. Предварительные полевые опыты подтвердили, что обработка семян клевера ростовым препаратом, повышающим микотрофность растений, эффективнее, чем предлагаемая ранее обработка их нитрагином.
До сих пор дискуссионным остается вопрос о происхождении эндофитов, что значительно задерживает развитие науки о симбиотрофном существовании растительного мира. Наряду с доказательством их циклической наследственности от семени к семени и от клубня к клубню существует иная точка зрения на происхождение эндофитов — заражаемость ими корней в почве. Последний тезис лишает симбиоз генетического значения, тем более, что была доказана невозможность существования симбионтных грибов в почве на твердом субстрате при отсутствии у них спор. Было установлено, что в природных условиях эндофиты находятся в семенах в состоянии анабиоза и возможность их перехода в молодые корни осуществляется при содействии гормональных веществ, которыми их снабжают эпифитные и ризосферные бактерии, обильно развивающиеся на прорастающем семени. В стерильных опытах эти бактерии отсутствуют, и тогда эндофиты в корень не проходят, откуда и возникла идея о необходимости их заражения в почве. Применение ростовых препаратов после стерилизации семян восстанавливает способность эндофитов переходить из прорастающего семени в корень без заражения их грибами.
На основе синтезированных эндофитами активных гормональных веществ были изготовлены ростовые препараты, названные нами «симбионтами». При практическом использовании препаратов их следует разводить в 10000-100000 раз. Симбионт 1 (автор Ф. Гельцер) изготовляется из чистых культур эндофитов, выделенных из корней женьшеня, а Симбионт 2 (авторы Ф. Гельцер и Н. Игнатьев) — из корней облепихи. Их действие при обработке семян выражается при благоприятных для роста растений условиях в заметном увеличении корневой системы и усилении ее микотрофности, повышении продуктивности культур и их устойчивости к болезням. Чем выше урожай в контроле, характеризующий общие условия развития растений, тем выше эффективность применения препарата, особенно при орошении.