Активно включившись в работы по лесоразведению в степной зоне в 50‑е годы, Фаня Юрьевна разработала методику микоризации семян древесных пород и желудей дуба, а также приемы, способствующие выделению чистых культур микоризных грибов. За успешные работы по организации микотрофных питомников, сыгравших важную роль в лесоразведении лесных полос в степной зоне, Ф. Ю. Гельцер в 1954 г. была удостоена ордена Ленина.
Признание практических результатов, однако, не означало признания выдвигаемых Ф. Ю. Гельцер научных положений. В острой борьбе биологического и агрохимического направлений в сельскохозяйственной науке защита ее диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук «Перегной, его образование и свойства» не увенчалась положительным результатом.
Успешно продолжая изучение симбионтных грибов и их роли в развитии растений, Фаня Юрьевна впервые в мировой практике в 1964-1965 гг. выделила чистую культуру эндофитов из разных растений. Разработка способа выделения чистых культур открыла большие возможности для изучения их свойств, продуктов жизнедеятельности, роли в симбиозе с растениями и в воспитании иммунитета. Изготовленный на основе чистых культур эндофитов ростовой стимулирующий препарат Симбионт при многолетних испытаниях дал положительные результаты, что выразились в увеличении урожайности и усилении иммунитета растений. Еще в 1979 г. Техсовет Минсельхоза СССР (протокол № 28, от 15 марта 1979 г.) одобрил результаты, доложенные Ф. Ю. Гельцер, и принял решение о расширенной производственной проверке препарата.
Научным основам симбиотрофного развития растений и результатам использования препарата посвящена монография, завершенная Фаней Юрьевной в 1985 г. и изданная посмертно. Ее работы нашли отражение еще в двух монографиях, свыше ста статьях и многочисленных докладах на совещаниях и конференциях. Работы о роли микроорганизмов в сельском хозяйстве были переведены в Болгарии, Венгрии, Румынии, Югославии и Чехословакии. Ниже приводится список основных работ Ф. Ю. Гельцер.
Список основных работ Ф. Ю. Гельцер
История и современное состояние почвоведения // Почвоведение. № 2. С. 260—264.
(Совместно с В. Полторацким). Как мы получили 240 пудов хлопка с гектара // Борьба за хлопок. № 4.
О зеленых удобрениях для хлопковых районов Средней Азии // 3еленые удобрения / Под ред. Ф. Ю. Гельцер. М. — Ташкент: САОГИЗ. С, 1—22.
(Совместно с Г. И. Павловым). Химизация в борьбе за урожай хлопка // Химизация соц. земледелия. № 1. С. 42—49.
(Совместно с Т. П. Ласуковой), Влияние культур на плодородие почв в условиях орошаемого земледелия Средней Азии / Средаз. гос. план, комит. и СредазНИХИ. Ташкент. 50 с.
Зеленые удобрения в хлопковых районах Средней Азии // Современные вопросы сидерации. М.: ВАСХНИЛ. С. 172—188.
(Совместно с Е. Беляковой, 3. Чернышевой). Роль органического вещества в структурообразовании почв // Химизация соц. земледелия. № 7. С. 45-60. № 8. С. 53-63.
(Совместно с Г. И. Павловым). За травопольные севообороты // Химизация соц. земледелия. № 10. С. 19—25,
Современное состояние вопроса о перегнойных веществах почвы. Сообщение 1 // Советская агрономия. № 8. С. 30—37. Сообщение 2. № 12. С. 38-45.
Что такое перегной? // Почвоведение, № 4. С. 52—61.
Современное состояние вопроса о перегнойных веществах почвы. Сообщение 3 // Советская агрономия. № 11—12. С. 22—29.
Значение микроорганизмов в образовании перегноя и прочности структуры почвы. М.: Сельхозгиз. 202 с.
Известь и перегной // Вестник с. — х. науки. Вып. 2. С. 46—69.
Процесс образования деятельного перегноя дернового типа // Почвоведение. № 9—10. С. 62—74.
Образование прочной структуры почвы // Докл. ВЛСХНИЛ. Вып. 3. С. 38—40.