Ситуація, однак, була дуже складною. Війська совєтської Росії невпинно наближаються до центру і Києва. У кінці січня бунтують київські більшовики (близько 8 тисяч солдатів). Спочатку український уряд спроможний виставити проти них лише близько 1 000 вояків. Він кличе на допомогу С. Петлюру і його гайдамацькі частини, а також війська під командою Коновальця. Після кількох днів надзвичайно важких боїв 4 лютого 1918 року київський Арсенал захоплено, а повстання ліквідоване. Перемогою слід завдячувати частинам Петлюри, а також вправності їхнього командира. Совєтська Росія ніколи не вибачить йому тієї поразки.
У цей час до воріт столиці підступила армія Муравйова. 9 лютого українці змушені покинути місто. У відчаї український уряд того ж дня укладає мир із Німеччиною та її союзниками і відразу ж просить військової допомоги для боротьби з загарбником та його поплічниками. Симон Петлюра залишається на чолі своїх військ аж до відвоювання Києва 1 березня 1918 року українськими з’єднаннями, за якими просувалися німецькі частини.
Війна з совєтською Росією буде продовжуватись аж до повного звільнення української території, але Симон Петлюра залишає військо і політику. Він засуджує присутність німецького “союзника”, який поводиться радше як завойовник. А втім, німці незадовго скинули Центральну раду і арештували кількох українських міністрів, а також допомогли поставити при владі монархічний режим на чолі з гетьманом П. Скоропадським.
Обраний на посаду голови Всеукраїнського союзу земств (місцевих рад), Симон Петлюра присвячує себе регіональним справам, не втрачаючи контактів з опозицією. Запідозрений у протиурядовій змові, він був заарештований 12 липня 1918 року. Незадовго перед тим С. Петлюра підписав меморандум з вимогою припинити свавільні арешти в Україні.
У тюрмі Симон Петлюра перебуває два місяці. Звільнений 12 вересня 1918 року, приєднується до опозиційних сил, які гуртувалися навколо Українського національного союзу. Опозиція готує повстання, щоб скинути гетьманський уряд, який втратив популярність своїми рішеннями на користь великих землевласників (переважно російських або польських) і, спираючись на росіян, дійшов навіть до того, що оголосив федерацію України з майбутньою некомуністичною Росією. Проголошення такої федерації прискорило повстання 15 листопада 1918 року. С. Петлюра видав універсал про початок повстання під проводом Директорії проти гетьмана “за утворені ним злочинства проти самостійності Української республіки”.
Керівництво повстанням було доручене Директорії, що складалася з п’яти осіб — В. Винниченка, С. Петлюри, Ф. ІІІвеця, П. Андрієвського, А. Мака-ренка. Симона Петлюру призначають Головним отаманом, себто головнокомандувачем республіканського війська. Бої тривають цілий місяць. 14 грудня 1918 року гетьман Скоропадський зрікається влади і виїжджає до Німеччини; його уряд передає владу Директорії. Того ж дня Симон Петлюра на чолі республіканського війська переможно вступає в Київ.
Бажаючи встановити гармонійну злагоду між українським населенням та національними меншинами, Директорія проголошує впровадження закону про автономію окремих національних меншин. Декрет скріплений підписами всіх членів Директорії. Уряд створює Міністерство у справах жидів, керівництво яким покладається на депутата національної жидівської ради С. Гольдельмана.
Симон Петлюра, як головнокомандувач українського війська, береться за організацію армії, що, за винятком кількох регулярних і дисциплінованих полків, насправді складається з різноманітних військових частин, сформованих з окремих партизанських груп, повсталих селян або з більш-менш незалежних об єднань, що слухали наказів лише своїх безпосередніх ватажків, як, скажімо, частини отамана Болбочана на Лівобережжі Дніпра, отамана Самосенка на правому березі, не кажучи вже про бунтівні загони “отаманів” Зеленого, Струка, Ангела та ін.
Організація війська практично ніколи не завершилася, бо для того, щоб поширити дисципліну і об’єднати всі військові частини на території України, потрібно було б декілька мирних місяців. А вже через два тижні після того, як Директорія прийшла до влади, совєтська Росія розпочинає друге вторгнення в Україну. Упродовж наступних місяців будуть відкриті два фронти. У країні починається жорстока війна.
Поле маневрування для українського уряду було вельми обмеженим. Уряд знав, що будь-який винятковий стан або непримиренність з його боку будуть використані більшовицькою пропагандою. Він волів радше дотримуватися демократії, навіть якщо тим ризикував виявити свою слабкість. Тому український уряд відновлює право на страйки, багатолюдні зібрання, восьмигодинний робочий день, що існувало у часи Центральної ради.
РІК 1919-й
На початку 1919 року в Україні налічувалося близько 70 тисяч військовиків, за іншими підрахунками — 130 тисяч. Але це була не регулярна армія, а лише військові формування озброєних людей, що перебували на українській території. Оскільки вони складалися з українців, існувала тенденція вважати їх частиною української армії. Отже, регулярне національне військо, дисциплінована армія, якою командував С. Петлюра, налічувала лише приблизно 40 тисяч осіб7. Симон Петлюра намагається поширити владу уряду на якомога більшу кількість військових частин, але це завдання виявляється надлюдським через відсутність адміністративного апарату і потрібних кадрів. До цього незадовго додалась і мобільність фронтів. Спочатку їх було два, далі — три.
З кінця грудня 1918 року війська совєтської Росії, замасковані інколи під “українських повстанців”, часто з допомогою місцевих комуністів наступають на східні міста і Київ. На цьому фронті противник має близько 84 тисяч солдатів. Окрім того, в самій Україні він користується підтримкою груп саботажу, терору та агітаційної пропаганди.
Петроград не перестає надсилати в Україну нові регулярні частини. Моральний дух населення постійно підривається; нерегулярні частини провокують заворушення і погроми. Більшовицька пропаганда подає українську владу як “буржуазну” на службі в капіталістів, владу, що опозиційно настроєна до українського народу.
На заході з початку листопада 1918 року українці, а радше західноукраїнські війська, перебувають у стані війни з поляками, котрі хочуть відвоювати собі Західну Україну. Аби дістати підтримку союзників у війні з українцями, поляки показують їх “більшовиками”: “Зненацька захоплена несподіваним нападом української більшовицької армії, Польща не годна сама себе захищати5,1, — пише Падеревський представнику Вільсона. У січні 1919 року Антанта дає дозвіл на відправлення до Польщі спорядженої нею польської армії генерала Галл ера, що проходила вишкіл у Франції. На цьому фронті противник має декілька десятків тисяч людей, тоді як Українська галицька армія щойно формувалася.
На півдні і південному сході готуються вступити до бойових дій антибільшовицькі загони білогвардійців. Насправді південь (Одеса, Миколаїв, Херсон, Севастополь) з грудня 1918 року окупований військами Антанти (6 тисячами французьких, 2 тисячами грецьких та 5 тисячами польських з’єднань). З допомогою союзників швидко формується російська біла армія. Англійці і французи гарантують фінансову підтримку для 250 тисяч осіб8.
Висадження союзників на півдні є складовою частиною плану, що передбачав боротьбу проти більшовизму з метою реставрації колишньої Росії, “єдиної і неподільної”. Отже, війська, які висадилися на берег, мали служити підмогою для анти-радянської боротьби. Але висадження військ не викликало захоплення серед населення, радше навпаки. Партизанські загони отамана Григор’єва, які перейшли на бік більшовиків, розпочали боротьбу з союзницькими військами та армією Денікіна.