В период образования Восточно-Африканского рифта, около 2 миллионов лет назад, гранитный массив Рувензори, сложенный очень древними горными породами, оказался приподнят на высоту в 4 тысяч километров. Крутые западные склоны Рувензори обработаны ледником. Там располагаются третья, четвертая и пятая по высоте точки Африки. Высшая точка массива — покрыта вечными снегами пик Маргерита — лежит на высоте 5109 м (в англоязычной литературе эту вершину иногда также называют по имени ее первооткрывателя — Г. М. Стэнли).Растительность парка Рувензори. В горах Рувензори видно, как меняются с высотой условия жизни растений и животных, а следовательно, и высотные пояса. В предгорьях и долинах господствуют саванны. В условиях влажного и теплого климата травы на них, например пеннисетум, могут достигать высоты 3 м. Травы — отличный корм для слонов и буйволов, которых много на территории парка. На высоте 1800 — 2 300 м место саванн занимают горные постоянно влажные леса, выше, до 3 тысяч метров преобладают заросли бамбука. Эта трава может достигать высоты 30 м и цветет раз в 30 лет. На высоте более 3 тысяч метров почти всегда прохладно и туманно; здесь преобладают верещатники — древесные формы вереска с редкими розовыми цветками. В отличие от известного многим кустарничка высотой до 20 см (его много в Северной Европе и Шотландии) древесные формы вереска похожи на гигантские колючие кустарники со свисающими бородами лишайников. В болотистых долинах множество видов осоки и мхов. Выше распространены альпийские луга и также есть гигантские формы растений. Хвощи достигают двухметровой высоты, в изобилии представлены манжетка, фиалка, звездчатка, бессмертники и лилейные. После 4250 м альпийские луга сменяют голые скалы. Ледники лежат и на других вершинах.Фауна Рувензори. Центральная часть национального парка Вирунга преимущественно равнинная, поэтому получает меньше осадков. Дожди выпадают в течение всего года, но наиболее интенсивно с марта по май и с середины сентября до середины декабря, с кратковременным сухим периодом между ними. Ежегодное количество осадков составляет около 500 мм на озере Эдуард и 900 — 1500 мм на равнинах к югу от него в центральном секторе парка представлено множество видов саванной и степной растительности. В степных сообществах встречаются различные виды каперсов и молочаев, произрастает карисса съедобная — один из компонентов известного лекарства вука-вука. В низкотравных саваннах главную роль играют трава рой (отличный корм для копытных) и цилиндрическая императа. Кустарниковые саванны и редколесья состоят из различных акаций и комбретумов — их особенно много у подножия холмов Митумба, к западу от озера Эдуард. Берега многочисленных рек, впадающих в озеро, покрыты зарослями тростника и папируса.
Главный представитель животного мира горная горилла, ради охраны которой и создавался национальный парк, живет в основном на склонах горного массива Вирунга. Из 630 особей, насчитывающихся в мире, около половины обитает в настоящее время на территории парка. Их количество существенно возросло в начале XXI века в результате эффективных охранных мер.
Другие редкие виды животных образуют изолированные популяции 30 — 40 особей шимпанзе обосновались в лесах южного лавового плато Тонго, восточные равнинные гориллы, которым угрожают нелегальные фермеры и лесозаготовители, живут к северо-западу от озера Эдуард и в лесах долины Семлики, существует и небольшая реликтовая популяция окапи. На территории национального парка есть также топи, лесные свиньи, антилопы бонго, панголины и трубкозубы.
В первой трети XX века, когда национальный парк только создавался, население на его территории было малочисленно, исключение составляли племена пигмеев-охотников батва. Однако уже в конце 50-х годах население, проживающее на территории парка или вдоль его границ, существенно увеличилось. Благодаря плодородным почвам и прохладному климату, из-за чего здесь нет малярии, область Киву, на территории которой и располагается национальный парк Вирунга, занимает площадь 257 тысяч квадратных километров, является наиболее плотно заселенной в Демократической Республике Конго (в настоящее время на 1 квадратный километр приходится около 300 человек). Местные племена, например бананде, живут вдоль границ парка, у подножия гор Рувензори. Более 60 % всех границ национального парка примыкает к густозаселенным территориям.