Изменилась и организационная структура академии. Все преподаватели и студенты теперь были распределены по отделениям[132]. Даже преподаватели общеобязательных предметов были отнесены к тому или иному отделению: «по сродству предметов»: преподаватели Священного Писания, основного богословия и философских предметов – к богословскому отделению, преподаватели древних и новых языков – к церковно-практическому отделению[133]. Внешнее правление, отвечающее за управление средними и низшими школами академических округов, упразднялось вместе с самими округами. Внутреннее правление сохранялось под именем Правления, но теперь оно занималось не учебным процессом, а лишь хозяйственными, финансовыми и некоторыми организационными вопросами[134]. Учебные задачи Внутреннего правления и часть задач Конференции переходило в ведение нового внутреннего органа духовной академии – Совета. Следует отметить, что при разработке реформы 1869 г. духовными академиями высказывались предложения об изменении состава и круга дел научного органа академии – Конференции. Основных предложений было два: по примеру Советов российских университетов ограничить состав Конференции внутренними членами – профессорами академии, и – по примеру тех же университетов – соединить в одном органе решение учебных и научных вопросов, как и подобает высшему учебному заведению[135]. Так что прове денное преобразование органов управления академий в целом отвечало запросам практиков-преподавателей.
Совет возглавлялся ректором и ведал всеми научными, учебными и воспитательными делами академии, однако наиболее значимые из них представлялись на утверждение епархиального преосвященного или Святейшего Синода. Этот орган в трактовке Устава 1869 г. был довольно сложным учреждением. Было выделено пять видов заседаний Совета – обыкновенные, общие, открытые, чрезвычайные и торжественные, и для каждого вида заседаний полагался свой особый состав. Для обыкновенных заседаний, решавших текущие вопросы учебно-воспитательного процесса и организации жизни академии, в Совет собирались кроме ректора инспектор, помощники ректора по отделениям и выборные представители отделений (по два от каждого) из ординарных и экстраординарных профессоров. Для решения особо важных дел устраивались общие собрания Совета, в составе всех профессоров академии, ординарных и экстраординарных, с правом решающего голоса, а при надобности и всех остальных преподавателей с правом совещательного голоса. Часть вопросов, связанных с научной аттестацией, принадлежали как раз к этому разряду дел. Однако публичная защита магистерских и докторских диссертаций, введенная Уставом 1869 г., выходила за пределы этих дел и совершалась на открытых заседаниях Совета (диспутах), куда, кроме всех преподавателей академии, приглашались и все желающие, то есть студенты академии и внешние лица. Чрезвычайные заседания Совета собирались каждый раз по особым поводам, не предусмотренным стабильным ходом учебных, воспитательных, научных, организационных дел, а также, если возникала необходимость, в вакационное время. Некоторые проблемы научной аттестации, неожиданно возникавшие коллизии также решались на таких заседаниях, хотя это зависело от академии и ректора. Раз в год, обычно в актовый день академии, устраивались торжественные собрания Совета в присутствии студентов и особо приглашенных лиц, на которых читался отчет о состоянии академии за год, в том числе отчет обо всех ученых диссертациях, рассмотренных Советом, диссертационных диспутах и присужденных ученых степенях[136]. Через Совет вся корпорация могла участвовать в организации научного и учебного процесса.
Немалую роль в научной аттестации при действии Устава 1869 г. играли отделения академий. Именно на заседаниях отделений, в которых участвовали все преподаватели данного отделения, происходило первое рассмотрение и первая оценка диссертаций, представляемых на соискание кандидатских, магистерских и докторских ученых степеней, обсуждение тем, которые давались студентам для кандидатских сочинений, производство магистерских, выпускных и переводных экзаменов и обсуждение мероприятий по подготовке к этим экзаменам[137]. Это доверие к отделениям подчеркивало, что научная аттестация на «рабочем» этапе теперь становится более специальной. И ученые сочинения, представляемые в качестве диссертаций, и экзаменационные ответы на ученые степени, по мнению авторов Устава 1869 г., могли по достоинству оценить только профессионалы в этой области богословия.