Таким образом, функциональная система в отличие от рефлекторной дуги имеет замкнутую циклическую и динамическую организацию и базируется на совокупности рефлексов. Результат действия функциональной системы выступает как системообразующий ее фактор. Полезным, адаптивным для организма результатом является, в первую очередь, наиболее эффективное обеспечение различных сторон его жизнедеятельности при сохранении гомеостаза, максимально возможное удовлетворение различных его биологических и социальных потребностей. Если рефлекторная теория позволяла изучать отраженные (рефлекторные) реакции организма в процессе его жизнедеятельности, то теория функциональных систем позволяет уже изучать механизмы саморегуляции и самоорганизации его физиологических функций. Теория функциональных систем по существу явилась творческим продолжением и развитием рефлекторной теории. Она позволила обосновать в медико-биологических науках и, в первую очередь, в физиологии новый методологический подход — системный функционально-структурный (функционально-морфологический) подход, который позволил перейти от традиционного описательного изучения физиологических реакций живого организма на разнообразные стимулы к изучению их внутренней сущности: механизмов формирования и их реализации, к пониманию фундаментальных биологических явлений. Он позволял по-иному взглянуть на уже известные, но не всегда понятные до конца феномены, а также открывал не только новые горизонты научных исследований, но и позволял изменить принципы практического использования полученных знаний. Сегодня теория функциональных систем является приоритетной в области физиологической кибернетики. Теория функциональных систем позволяет универсально описать все многообразие самоорганизующихся и саморегулирующихся физиологических механизмов организма в постоянном и динамическом его взаимодействии с внешней средой. Теория функциональных систем позволяет понять, каким образом организм с помощью одних и тех же механизмов саморегуляции обеспечивает протекание в оптимальных рамках всех процессов его жизнедеятельности в меняющихся условиях внешней среды. Не менее значим системный, функциональный подход для понимания принципов социального и профессионального взаимодействия индивида и общества.
Исходя из всего вышесказанного совершенно понятно, что в основу методологии медицинской реабилитологии следует также положить системный подход реализуемый через теорию функциональных систем П. К. Анохина. Именно эта методология позволяет по-иному взглянуть на уже известные, но не всегда понятные до конца биологические феномены, а также дает возможность изменить принципы практического использования полученных знаний.
Итак, функциональная система — динамическое, центрально-периферическое интегративное построение, избирательно включающее в свою деятельность на основе саморегуляции различные по своей природе центральные и периферические структуры (ЦНС, органы и ткани), которые взаимосодействуют» друг другу для достижения полезных для организма результатов.
В функциональных системах различного назначения и уровня просматривается однотипный принцип организации, получивший название «изоморфизм» — функциональная система любого уровня организации имеет принципиально однотипную структуру и включает в себя следующие общие и универсальные для разных систем периферические и центральные механизмы.