В 1959 году вышел в свет его роман «Дом Кёко», на создание которого ушло около двух лет и который, по замыслу автора, был своеобразной антитезой «Золотому храму»: если «Золотой храм» представлял собой глубокий анализ внутреннего мира отдельного человека, то в «Доме Кёко» центральное место заняло отображение современной эпохи в целом. Мнения литературных критиков разделились: Такэо Окуно назвал роман шедевром, в то время как Кэн Хирано и Дзюн Это единодушно оценили «Дом Кёко» как полный провал. Реакцию читательской аудитории, склонявшейся, в целом, к мнению Хирано и Это, также нельзя было назвать положительной. В результате Юкио Мисима, дотоле избалованный успехом, впервые в своей литературной деятельности испытал действительно сильное разочарование, что сказалось на всей его дальнейшей карьере.
Тем не менее, последовавший за публикацией «Дома Кёко» период оказался весьма плодотворным для не утратившего своей популярности Мисимы. В эти годы он написал романы и повести «После банкета» (1960), «Красивая звезда»(1962), «Шёлк и проницательность» (1964) и новеллу «Сэмбэй (вид японского рисового крекера – В.А.) за десять тысяч иен» (1960)».
За «Сэмбеем за десять тысяч иен» последовали новеллы «Патриотизм» (1961), «Меч» (1963), пьесы «Розы и пираты» (1958), «Тропические деревья» (1960), «Кото (японская цитра – В.А.), приносящее радость» (1963) и другие сочинения.
В личной жизни Юкио Мисимы также произошли немаловажные изменения. В 1958 году он женился на Ёко Сугияме, дочери известного мастера классической японской живописи Ясуси Сугиямы. Вместе с молодой женой Мисима поселился в новом особняке, построенном в викторианском стиле (проектирование и строительство особняка было осуществлено известной японской строительной компанией «Симидзу кэнсэцу»). Однако вслед за долгожданным завершением строительных работ начался период разного рода неприятностей и неурядиц. В их числе были скандал и судебный процесс, затеянный дипломатом Хатиро Аритой, обвинившим Мисиму в 1961 году в том, что писатель в своем произведении «После банкета» нарушил право Ариты на неприкосновенность частной жизни (процесс был прекращён лишь со смертью Ариты в 1965 году). Кроме того, в том же 1961 году Мисима начал получать послания, содержащие угрозы физической расправы, от правых радикалов. Недовольство японских правых Юкио Мисимой было вызвано широко известной поддержкой, оказанной Мисимой молодому писателю Ситиро Фукадзаве, включившему в свой роман «Необыкновенный сон» шокирующую, антипатриотическую и кощунственную, с точки зрения приверженцев традиционных японских ценностей и представлений, воображаемую сцену. Убийство коммунистами наследного принца Акихито и принцессы Митико (будущих Императора и Императрицы Страны Восходящего Солнца), приводящее в восторг японцев. Это оскорбило японских патриотов-традиционалистов и побудило их к совершению террористического акта, получившего в прессе известность как «Скандал с Накадзимой» (по имени директора издательства «Тюокорон», выпустившего кощунственный по отношению к Императорской Семье и оскорбительный для японского народа роман; дом и семья Накадзимы подверглись нападению правых радикалов). В результате всех этих событий резиденция особняк Мисимы в течение нескольких месяцев находилась под охраной полиции. Младший брат писателя – дипломат Тиюки Хираока – впоследствии утверждал, что характер взглядов и поступков "зрелого" Мисимы изменился именно под воздействием шока и страха перед правыми экстремистами, впервые испытанного им в период «скандала с Накадзимой». Однако это объяснение, данное дипломатом «задним числом», скорее всего, было продиктовано соображениями пресловутой «политкорректности».
К 1962 году у Юкио Мисимы созрел замысел написать тетралогию «Море изобилия». В 1963 году разразился новый скандал, на этот раз вокруг его пьесы «Кото, приносящее радость».
Руководство театра «Бунгакудза» категорически отказалось ставить пьесу «Кото, приносящее радость» ввиду её излишней «политизированности». В результате скандала Мисима и четырнадцать ведущих актёров театра демонстративно покинули «Бунгакудза». Однако, несмотря на то, что «Кото, приносящее радость» и некоторые другие сочинения Мисимы во многом соответствовали духу того времени, когда на волне беспрецедентного по своему масштабу гражданского протеста против японско-американского договора безопасности вторжение политики в искусство стало повсеместным, «излишняя (по меркам 1963 года) политизированность» Мисимы была ещё весьма и весьма далека от той, которая стала характерной для него во второй половине 1960-х годов. В этот период Мисима, наряду с бодибилдингом, превратившим его из довольно щуплого, слабосильного и худосочного, каким он был в начале своего литературного и жизненного пути, в человека с необычайно красивой мускулатурой, начал усердно заниматься «кэндо» (самурайским искусством владения мечом, известным в древности под названием «кэндзюцу»). Снявшись в главной роли в художественном фильме Ясудзо Масумуры «Караккадзэ яро» (продюсер Масаити Нагата, киностудия «Дайэй», 1960), позируя известному мастеру художественной фотографии Эйко Хосоэ для фотоальбома, озаглавленного «Форма розы» (1963), Мисима стал целенаправленно создавать и пропагандировать в средствах массовой информации культ своего тела, сильного и преображённого в ходе изнурительных тренировок, желая дать пример для подражания японской молодежи, да и вообще всем японцам.