Борис Годунов покровительствовал талантливым строителям и архитекторам. С размахом осуществлялось церковное и городское строительство. По инициативе Годунова началось строительство крепостей в Диком поле – степной окраине Руси. В 1585 г. была построена крепость Воронеж, в 1586 —Ливны. В 1592 г. был восстановлен город Елец. На Донце в 1596 г. был построен город Белгород, южнее в 1600 г. был выстроен Царев-Борисов. Началось заселение и освоение опустевших во время ига земель к югу от Рязани (территория нынешней Липецкой области). В Сибири в 1604 г. был заложен город Томск.
В период 1596-1602 гг. было построено одно из самых грандиозных архитектурных сооружений допетровской Руси – Смоленская крепостная стена, которую впоследствии стали называть «каменным ожерельем Земли русской». Крепость была построена по инициативе Годунова для защиты западных рубежей России от Польши.
В жизнь Москвы вошли необычные новшества, например, в Кремле был сооружен водопровод, по которому вода поднималась мощными насосами из Москвы-реки по подземелью на Конюшенный двор. Строились и новые крепостные укрепления.
Летом 1591 г. крымский хан Казы-Гирей со 150 тысячным войском подошел к Москве, однако, оказавшись у стен мощной Белой крепости под прицелом многочисленных пушек, штурмовать ее не решился. В мелких стычках с русскими отряды хана постоянно терпели поражения; это вынудило его отступить, бросив обоз.
7 января 1598 г. Федор Иванович умер, и мужская линия Московской ветви династии Рюриковичей пресеклась. Федор завещал Московский престол своей супруге Ирине, но она ушла в монастырь, отказавшись от престола в пользу брата Бориса. 17 февраля 1598 г. Земский собор избрал Бориса Годунова царем и принес ему присягу на верность. 1 сентября 1598 г. Борис венчался на царство. Годунов уже давно фактически правил страной от имени Федора и такое назначение никого не удивило.
Первый русский царь не из Рюриковичей, Годунов не мог не чувствовать шаткость своего положения. По своей подозрительности он немногим уступал Грозному. Взойдя на престол, он принялся сводить личные счеты с боярами. Князьям И. Мстиславскому и В. Шуйскому, которые по знатности рода могли иметь притязания на престол, Борис не позволял жениться. Богдан Бельский был сослан в один из отдаленных городов.
В 1601 г. по ложному доносу пострадали Романовы и их родственники. Старший из братьев Романовых, Федор Никитич, был сослан в Сийский монастырь и пострижен под именем Филарета; жену его, постригши под именем Марфы, сослали в Толвужский Заонежский погост, а малолетнего сына их Михаила (будущего царя) – на Белоозеро.
Царствование Бориса начиналось успешно, однако череда репрессий породила уныние, а вскоре разразилась и настоящая катастрофа. В 1601 г. шли долгие дожди, а затем грянули ранние морозы, побившие урожай. В следующем году неурожай повторился. В стране начался голод, продолжавшийся три года. Люди начинали думать, что это – кара Божья, что царствование Бориса Годунова незаконно и не благословляется Богом.
Массовый голод и недовольство царем стали причиной крупного восстания под руководством Хлопка (1602—1603 г.г.), в котором участвовали крестьяне, холопы и казаки. Повстанческое движение охватило около 20 уездов центральной России и юга страны. Восставшие объединялись в крупные отряды, которые продвигались к Москве. Против них Борис Годунов направил войско под командованием И. Басманова. В сентябре 1603 года в ожесточенном сражении под Москвой повстанческая армия Хлопка была разбита. Басманов погиб в бою, а Хлопок был тяжело ранен, взят в плен и казнен.
По стране стали ходить слухи, что «прирожденный государь», царевич Дмитрий, жив. 16 октября 1604 г. Лжедмитрий, т. е. человек, выдававший себя за царевича Дмитрия, с горсткой поляков и казаков двинулся на Москву. Даже проклятия московского патриарха не остудили народного воодушевления на пути «царевича Дмитрия». Однако в январе 1605 г. отправленные Годуновым правительственные войска в битве при Добрыничах разбили самозванца, который с немногочисленными остатками своей армии был вынужден уйти в Путивль.
У Годунова резко ухудшилось здоровье. 13 апреля 1605 г. у него из ушей, из носа пошла кровь. Царь лишился чувств и вскоре умер в возрасте 53 лет. Похоронили его в Кремлевском Архангельском соборе. Царем стал сын Бориса – Федор, юноша образованный и чрезвычайно умный. Он не смог усмирить бунт и вскоре был свергнут самозванцем Лжедмитрием.