На северном направлении возле Тильзита Неман пересек 10-й корпус маршала Макдональда. На южном направлении со стороны Варшавы через Буг начал вторжение отдельный Австрийский корпус генерала Шварценберга (30—34 тысячи солдат).
К 4 августа Наполеон подошел к Смоленску со 180 тысячами. Багратион поручил генералу Раевскому (15 тысяч солдат) оборонять Смоленск. В 6 часов утра 4 августа Наполеон начал штурм города с марша. Упорное сражение за Смоленск продолжалось до утра 6 августа.
После отступления из Смоленска отношения между командующими двух русских армий, Багратионом и Барклаем-де-Толли, с каждым днем становились все напряженнее. Отсутствие единоначалия могло привести к катастрофическим последствиям. Для решения вопроса был учреждён Чрезвычайный комитет, на его заседании единогласно главнокомандующим был утвержден генерал от инфантерии М. Кутузов. 17 августа Кутузов в Царево-Займище принял армию и приступил к формированию своего штаба.
Кутузов не мог избежать генерального сражения по политическим и моральным соображениям. К 23 августа русская армия отступила к деревне Бородино. Дальнейшее отступление означало сдачу Москвы. Кутузов решился дать генеральное сражение. Чтобы выиграть время для подготовки укреплений на Бородинском поле, Кутузов приказал генералу Горчакову задержать противника у деревни Шевардино, где был воздвигнут пятиугольный редут. Бой за Шевардинский редут продолжался весь день 23 августа, только к полуночи дивизия Компана ворвалась на его валы.
26 августа у деревни Бородино (в 125 км. западнее Москвы) произошло крупнейшее сражение Отечественной войны 1812 г. между русской и французской армиями. Численности армий были сравнимы – 130—135 тысяч у Наполеона против 110—130 тысяч у Кутузова. После кровопролитнейшей 12-часовой битвы, французы ценой 30 – 34 тысяч убитыми и ранеными потеснили левый фланг и центр русских позиций, но развить наступление не смогли. Русская армия также понесла тяжелые потери (40 – 45 тысяч убитыми иранеными). Пленных почти не было ни с той, ни с другой стороны. 27 августа Кутузов приказал отступить на Можайск с твердым намерением сохранить армию.
1 сентября русская армия расположилась лагерем перед Москвой: правый фланг армии был у деревни Фили, центр между селениями Троицким и Волынским, левый фланг перед селом Воробьевым. Арьергард армии располагался на реке Сетунь. В 5 часов того же дня в доме филевского крестьянина А. Фролова собрался Военный совет. Обсуждался один вопрос – дать сражение под Москвой, или оставить Москву.
Окончательное решение принял М. Кутузов: «Доколе будет существовать армия и находиться в состоянии противиться неприятелю, до тех пор сохраним надежду благополучно довершить войну, но когда уничтожится армия, погибнут Москва и Россия. Приказываю отступать». Кутузов прервал заседание и приказал отступать через Москву по Рязанской дороге.
Наполеон занял Москву без боя. Но уже в ночь с 2 на 3 сентября город был охвачен пожаром, который к ночи с 3 на 4 сентября усилился настолько, что Наполеон был вынужден покинуть Кремль. До 400 горожан из низших сословий были расстреляны французским военно-полевым судом по подозрению в поджогах.
В Москве Наполеон оказался в западне, зимовать в разоренном пожаром городе не представлялось возможным: фуражировки за пределами города плохо удавались, растянутые коммуникации французов были очень уязвимы, армия начинала разлагаться. Наполеон стал готовиться к отступлению на зимние квартиры где-то между Днепром и Двиной.
6 сентября русские войска атаковали под Тарутино французский заслон под командованием маршала Мюрата, следивший за русской армией. Потеряв до 4 тысяч солдат и 38 пушек, Мюрат отступил. Тарутинский бой стал знаковым событием, ознаменовавшим переход инициативы в войне к русской армии.
12 октября французская армия (110 тысяч) с огромным обозом стала покидать Москву по Старой Калужской дороге. Наполеон планировал добраться до ближайшей крупной продовольственной базы в Смоленске по не разоренной войной местности – через Калугу.
12 октября состоялось сражение под Малоярославцем. Город восемь раз переходил из рук в руки. В конце концов, французам удалось захватить Малоярославец, но Кутузов занял укрепленную позицию за городом, которую Наполеон не рискнул штурмовать. Армия Кутузова насчитывала 97 тысяч регулярных войск, 20 тысяч казаков, 622 орудия и более 10 тысяч ратников ополчения. Наполеон имел под рукой до 70 тысяч боеспособных солдат, кавалерия практически исчезла, артиллерия была значительно слабее русской. Ход войны теперь диктовала русская армия.