Насильственную реформу власти Иван Третий начал еще до того, как добился полной независимости от Золотой Орды. С огнем и мечем прошел он по многим удельным княжествам, превращая их в наместничества великого Московского князя. В 1463 г. Московским наместничеством стало Ярославское княжество, а в 1472 – такая же участь постигла обширные северные земли под общим названием Пермь. Это та самая страна Биармия, первый, известный нашим историкам, очаг государственности на Севере Восточной Европы. Затем, в 1474 г. наместничеством стало Ростовское княжество. Ростов Великий, первая столица Северо-Восточной Руси, стал одним из многочисленных городов Московского княжества. В 1478 г. под напором Москвы сдался гордый республиканский Новгород. Поводом к разгрому Новгорода была попытка новгородцев выйти из-под контроля великого князя Руси.
В 1470 г. Новгород призвал на княжение киевского княжича Михаила Олельковича. Это означало разрыв Новгорода с Русью и переподчинение его Литве. И это при живом московском князе на Новгородском престоле, Иване Третьем! Гнев московского князя был безмерным. Он долго готовил и лично возглавил карательный поход на Новгород. После этого похода Новгородская республика перестала существовать. Тысячи людей были выселены из нее вглубь России, все органы самоуправления ликвидированы, Новгородская земля была включена в состав Московского княжества на унитарных началах.
В 1481 г., после смерти бездетного брата Ивана III, удельного вологодского князя Андрея Меньшого, его удел был переведен под управление наместником великого князя. Четвертого апреля 1482 г. верейский князь Михаил Андреевич заключил с Иваном договор, согласно которому после его смерти наместничеством великого князя становилось Белоозеро. Четвертого июня 1485 г., после смерти матери великого князя, княгини Марии (в иночестве Марфы), ее удел, в том числе половина Ростова, тоже стал наместничеством.
Серьезной проблемой оставались отношения с Тверью. Зажатое между Москвой и Литвой, тверское княжество переживало не лучшие времена. С 60-х годов XV века начинается переход тверской знати на московскую службу. Не улучшали отношений и многочисленные земельные споры москвичей-вотчинников, владевших землей в Тверском княжестве, и тверичей. В 1483 г. вражда перешла в вооруженное противостояние. Формальным поводом к нему стала попытка тверского князя Михаила укрепить свои связи с Литвой посредством династического брака и союзного договора. Москва отреагировала на это разрывом отношений и посылкой войск в тверские земли; тверской князь признал свое поражение и в октябре-декабре 1484 г. заключил с Иваном III мирный договор.
В 1485 году, использовав в качестве повода поимку гонца от Михаила Тверского к литовскому великому князю Казимиру, Москва вновь разорвала отношения с Тверским княжеством и начала боевые действия. В сентябре 1485 г. русские войска начали осаду Твери. Значительная часть тверских бояр и удельных князей перешла на московскую службу, а сам князь Михаил Борисович, захватив казну, бежал в Литву. 15 сентября 1485 г. Иван III вместе с наследником престола княжичем Иваном Молодым въехал в Тверь. Тверское княжество было передано в удел наследнику престола, сюда был назначен московский наместник.
Не пощадил Иван III и своих родных братьев: Бориса, князя волоцкого, и Андрея, князя угличского. В 1491 г. князь Андрей был арестован и брошен в тюрьму; попали в тюрьму и его дети, княжичи Иван и Дмитрий. Через два года князь Андрей умер, а сыновья его всю свою оставшуюся жизнь провели в заточении. Угличское княжество перешло в прямое подчинение к великому князю, туда был назначен наместник.
После ареста Андрея под подозрением оказался и другой брат князя Ивана – Борис, князь Волоцкий. Однако ему удалось оправдаться перед великим князем и остаться на свободе. После его смерти в 1494 году княжество было разделено между детьми Бориса: Иван получил Рузу, а Федор – Волоколамск; в 1503 г. князь Иван умер бездетным, его владения перешли в прямое подчинение Ивану III и управлялись наместниками.