Смерть любимого героя, трагический конец поэмы не устраивали слушателей. Сказание должно было иметь продолжение, тем более что для этого оставался повод: главный соперник Манаса коварный зачинщик всех кровавых столкновений Конурбай спасся в «Великом походе» бегством.
Начало поэмы «Семетей» трагично. Власть узурпируется завистливыми родичами Абыке и Кёбёш, которые уничтожают все, что напоминает о Манасе, заботятся лишь о своем благополучии, грабят народ. Вызывает жалость участь оставшихся в живых героев первой части трилогии: мудрец Бакай превращен в раба, бабушка Чыйырды — мать Манаса и Каныкей, переодетые в нищих, бегут к родителям Каныкей, спасая жизнь Семетея. Детство его проходит у родного брата матери в царстве Темир-хана в неведении о родителях и родине. Детские годы Семетея менее богаты подвигами, чем детские годы Манаса, но он достаточно силен, познает искусство сражаться и побеждать. В четырнадцатилетнем возрасте будущий герой узнает о родителях и родном народе, страдающем под игом узурпаторов.
Вернувшись в Талас, Семетей с помощью народа расправляется со своими противниками и забирает власть. Он вновь сплачивает разрозненные племена и устанавливает мир. Наступает небольшая передышка.
Завистники Семетея: его дальний родич Чинкожо и его друг Толтой — решили напасть на столицу Ахун-хана, чтобы овладеть его дочерью красавицей Айчурек, до рождения которой отец и Манас объявили себя сватами. Враги осадили город, Ахун-хан вынужден просить двухмесячный срок на сборы невесты. Тем временем Айчурек, превратившись в белого лебедя, облетает все страны света в поисках достойного жениха, который наказал бы насильников, принесших страдания жителям ее города. С высоты небес она рассматривает прославленных богатырей всех народов и земель, с женской наблюдательностью оценивая каждого. Но краше и сильнее Семетея нет богатыря, живописнее Таласа нет места на земле. Чтобы увлечь возлюбленного, она похищает его любимого белого кречета Акшумкар.
Описание встречи невесты и жениха пестрит этнографическими подробностями. Сцены молодежных игр полны шуток, задора и юмора. Однако, чтобы стать супругами, одной любви недостаточно: надо победить насильника, требующего руки Айчурек.
Длительная и упорная борьба с несметным войском противника заканчивается победой Семетея. Снова перед слушателями устраиваются пиры, игры, свадебные церемонии.
Семетей добился руки прелестной Айчурек. Началась тихая мирная жизнь. Но этические нормы времени требуют от нового поколения богатырей отмщения тому, кто повинен в несправедливой гибели их отцов.
Поход Семетея на Бейджин и борьба с коварным Конурбаем, также готовившимся к выступлению против кыргызов, во многом напоминает не только по фабуле, но и в подробностях «Великий поход» из первой части трилогии. Ни сказочная физическая сила, которой обладает Семетей и его ближайший сподвижник Кюльчоро, ни волшебство — ничего не могло одолеть неуязвимого Конурбая. В конце концов китайский богатырь был побежден, поддавшись на хитрость Кюльчоро.
После возвращения в Талас сам Семетей в борьбе с завистником Кыяз-ханом становится жертвой измены со стороны затаившего на него злобу Канчоро. Изменники становятся правителями. Айчурек насильно увезена Кыяз-ханом: закованы в кандалы и делят участь рабов Каныкей, Бакай, Кюльчоро.
Такой печальный финал поэмы «Семетей» не отвечал народному духу, и со временем создается третий генеалогический цикл — поэма о Сейтеке, внуке Манаса. Её главной темой является борьба героев против внутренних врагов — предателей и деспотов, нечестным путем захвативших власть и безжалостно угнетающих народ.
В Таласе кыргызы изнывают под игом изменника Канчоро и жаждут освобождения, а в другом царстве, в стране Кыяз-хана, рождается Сейтек — будущий герой поэмы. Умной Айчурек удается хитростью спасти ребенка от попыток Кыяз-хана умертвить его. Выросший среди пастухов Сейтек узнает о своей родословной, о родине, судьбах родителей и верных друзьях. Сейтеку удается вылечить парализованного богатыря Кюльчоро. С ним он совершает поход в Талас и при поддержке народа ниспровергает Канчоро. Итак, изменник и деспот наказан, народу возвращена свобода, справедливость восторжествовала.
Казалось бы, на этом должна быть закончена эпопея. Однако она имеет различное продолжение у разных сказителей.
У С. Каралаева, от которого записаны все три части эпоса, на кыргызов нападает сын Джельмогуза.
У сказителя Ш. Рысмендеева, также продиктовавшего все три части эпоса на Талас совершает поход не мифологический Сары-бай, а вполне реальная фигура — сын знаменитого Конурбая по имени Куялы. Изложенная выше фабульная схема каждого цикла характерна для всех известных вариантов эпоса и составляет его основной сюжет. Однако, сопоставляя варианты, записанные со слов разных сказителей, нетрудно заметить некоторые тематические и сюжетные расхождения.
Так, походы Манаса на Север и Запад есть только у сказителя Сагымбая Орозбакова, паломничество Чубака в Мекку только у Саякбая Каралаева. Иногда общеизвестный мотив объединения кыргызских племен заменяется мотивом объединения тюркских племен.
В эпосе «Манас» прослеживаются следы древнего тенгрианского верования кыргызов. Так, главные герои перед походами клянутся, поклоняясь небу и земле.
Иногда предметом поклонения является боевое оружие или огонь:
Конечно, ислам также нашел свое отражение, хотя исламизация эпоса имеет, надо сказать, поверхностный характер, заметна больше всего в мотивировках действий. Так, одной из главных причин ухода Алмамбета из Китая послужило принятие им мусульманства.
Безусловно, исламские мотивы введены в эпос «Манас» сказителями позднейших веков.
В любом варианте положительные персонажи: Манас, Алмамбет, Бакай, Каныкей, Сыргак, Чубак, Семетей, Сейтек, Кюльчоро — наделены чертами настоящих героев — беспредельной преданностью своему народу, стойкостью, выдержкой, мужеством, находчивостью, готовностью пожертвовать жизнью в интересах родины. Эти бессмертные качества патриота проявляются героями не на словах, а в поступках и действиях в различных ситуациях, при самых трагических обстоятельствах.
Героический эпос «Манас» дорог еще и тем, что описываемые в нем события имеют реальную основу. Они отражают историю формирования кыргызского народа из родов и племен, о чем свидетельствуют передаваемые устами Манаса строки:
События, которые решали судьбу кыргызского народа, нашли в эпосе яркое отражение. Встречающиеся в нем загадочные имена людей, названия городов, стран, народов отражают те или иные события различных этапов истории народа. Центральный батальный эпизод «Великий поход» на Бейджин напоминает победу кыргызов в IX в. над уйгурами с захватом их городов, в том числе и Бейтин (или Бейчжен), возвращенных обратно только в конце X в.