По самым приблизительным подсчетам потери Выговского за все время боев составили около 4 тысяч человек, крымские татары потеряли от 3 до 6 тысяч человек.
Выйдя на рубежи Московского государства, Выговский не стал переходить границу, хотя на этом настаивали командиры его польских наемных хоругвей и хан Магомет Гирей. Свою позицию он объяснял тем, что не намерен развязывать войну с царем Алексеем Михайловичем и удовлетворен изгнанием царских воевод с малороссийской земли. Возможно, Иван Евстафьевич был вполне искренен, хотя многие считали, что он опасается восстания казаков у себя в тылу, если вторгнется в московские пределы. Но все же представляется, что Выговский, уже, как глава Великого Русского Княжества, входящего в состав Речи Посполитой, понимал, что царским правительством вторжение казаков на московские земли может быть расценено, как объявление Польшей войны Московскому государству. Поэтому гетман отошел к Гадячу, но в течение трех недель не мог его взять.
Князь Трубецкой предпринял новую попытку договориться с Выговским о мире, но тот не прерывая с ним переговоров, окончательного ответа не давал и возвратился в Чигирин. Отсюда он продолжал сноситься с Трубецким, вынашивая в то же время планы выступить против Шереметева и изгнать его из Киева. Одновременно он поддерживал контакты с Крымом, рассчитывая в будущем на поддержку хана.
После разгрома князей Пожарского и Львова под Конотопом и вынужденного отступления Трубецкого в Путивль, в Малороссии не осталось больше царских войск, за исключением ратников Шереметева в Киеве. Однако Шереметев каких-либо кардинальных действий против Выговского предпринять был не в силах и ограничился лишь тем, что выжег несколько сел и местечек вблизи Киева, не щадя ни старого, ни малого. К середине лета Выговский оказался полновластным хозяином Малороссии, не встретив нигде серьезного сопротивления за исключением одного Гадяча, который он так и не смог взять.
Внешнеполитическая ситуация также весьма благоприятствовала Выговскому: Москвы он мог не опасаться, пока его поддерживала мощь татарской орды, поляки окончательно стали его союзниками, а серьезных внутренних врагов у него практически не осталось. Однако гетман не учел того обстоятельства, что для малороссийского народа возвращение под власть польских панов было категорически не приемлемо. Не только весь посполитый народ и простые казаки, но и часть старшины не верили в долговечность гадячских статей, резонно полагая, что как только паны укрепятся на Украйне, они о них забудут. Эти опасения были вполне обоснованы, достаточно вспомнить речь Беневского на заседании сейма. Опора Выговского на генеральную старшину и значных казаков сослужила ему плохую службу. Народ в своей массе не разделял его идей и убеждений, предпочитая идти в русле московской политики, и считал гетмана изменником, предавшимся ляхам. Напрасно было искать в этих настроениях «руку Москвы» или объяснять их происками царских воевод — сам народ Малороссии отказал ему в доверии.
Не учел Выговский и того, что Запорожская Сечь за прошедший год пополнилась значительным количеством недовольных его деятельностью казаков. В 1658 году на Сечь ушел и Юрий Хмельницкий, которому все более не по душе становилась политика Выговского, направленная на конфронтацию с Москвой и тяготением к Речи Посполитой. Тогда же туда сбежали генеральный есаул Иван Ковалевский, генеральный судья Иван Беспалый и ряд старшин. В самом Запорожье в это время находился Иван Дмитриевич Серко, бывший полковник Богдана Хмельницкого, который в 1654 году отказался принести присягу московскому государю и удалился на Сечь, где стал одним из влиятельных атаманов. За последние годы его взгляды несколько изменились, и он все более тяготел к Москве. По предложению Серко и Юрия Хмельницкого, несмотря на молодость, также произвели в запорожские атаманы.
Воспользовавшись тем, что крымский хан Магомет Гирей с ордой ушел в Малороссию на помощь Выговскому, запорожцы во главе с Юрием Хмельницким весной 1659 года вторглись в его владения, захватив много пленных и разгромив четыре ногайских улуса. Когда находившийся в это время под Гадячем хан получил об этом известие, он впал в ярость и вместе с Выговским послал к Хмельницкому послов с требованием освободить пленных. Однако запорожцы и молодой Хмельницкий ответили, что пусть хан сам вначале отдаст свой прежний полон, а если вздумает двинуться в московские пределы, то они вновь нападут на крымские поселения.
От запорожцев не отставали и донские казаки. Во время отсутствия хана в Крыму они вышли в море и высадились под Кафой, Балаклавой, Керчью углубившись внутрь полуострова на полсотни верст. Там же они взяли в плен около 2000 татар, освободили 150 ранее захваченных татарами донцов, а затем переплыли на турецкую сторону, погромили Синоп и дошли почти до самого Константинополя.
Магомет Гирей не стал испытывать судьбу и, обвинив в происшедшем Выговского, увел орду в Крым, оставив все же гетману около 15 тысяч татар. Этих сил Выговскому явно было недостаточно, тем более, что король смог прислать ему в помощь только 1500 человек.
Не имея возможности продолжать военные действия на Левобережье, Выговский вынужден был возвратиться в Чигирин, откуда в последний раз попытался повести наступление на Киев. Однако, высланное им под командованием брата Данилы войско из татар и казаков было 22 августа наголову разбито выступившим ему навстречу Шереметевым.
Это послужило сигналом для всеобщего восстания против гетманской власти. С этого момента так ярко вспыхнувшая было звезда Выговского, стала стремительно гаснуть.
Командовавший в то время приданным Выговскому контингентом польских войск коронный обозный Анджей Потоцкий доносил королю Яну Казимиру: «Не изволь ваша королевская милость ожидать для себя ничего доброго от здешнего края! Все здешние жители (западной стороны, то есть Приднепровья-прим автора) скоро будут московскими, ибо перетянет их к себе Заднепровье, а они того и хотят и только ищут случая, чтоб благовиднее достичь желаемого. Они послали к Шереметеву копию привилегий вашей королевской милости, спрашивая: согласится ли царь заключить с ними такие же условия? Одно местечко воюет против другого, сын грабит отца, отец — сына. Благоразумнейшие из старшин козацких молят бога, чтоб кто-нибудь: ваша королевская милость или царь взял их в крепкие руки и не допускал грубую чернь до такого своеволия».
Но как раз эта «грубая чернь» и не желала, возвращаться под польское владычество и следовать за Выговским. Такого же мнения придерживалась и часть старшины. Одним из первых поднял восстание в Нежине пожалованный королем в дворяне «Рыцарь войска Запорожского» Василий Никифорович Золотаренко, он же «шляхтич Золотаревский» и брат Ганны, вдовы Богдана Хмельницкого. Вскоре после возвращения Выговского в Чигирин, в Переяславле Тимофей Цецура заявил, что он со своим полком выходит из подчинения Выговскому и переходит в московское подданство. Он перебил немногих гетманских сторонников и направил своих посланников в Путивль к Трубецкому. Его поддержал и шурин Богдана Хмельницкого по первой жене Яков Сомко, дядя Юрия Хмельницкого, возвратившийся с Дона. К ним примкнули казаки Черниговского, Киевского и Лубенского полков. Поднялась и Сечь, запорожцы выбрали кошевым атаманом Юрия Хмельницкого, который выступил из Запорожья в Заднепровье. В распоряжении гетмана оставались еще наемники из поляков, сербов, немцев, а также часть верных ему казаков. Командование над ними принял Юрий Немирич, однако при попытке выступить против восставших, собственные же подчиненные и убили его. Так бесславно закончил счеты с жизнь человек, посвятивший себя всего идее объединения славянских народов в единую федерацию.