Вся дальнейшая жизнь отца Парфения была тесно связана со святителем Филаретом. Первое заочное их знакомство произошло еще в 1851 году, когда отец Парфений написал московскому митрополиту свое первое письмо с просьбой получить благословение и одобрение церковных властей на новое назначение. Дело в том, что в Бухарии и Кульдже, на окраине Китая, проживало в то время более двухсот русских семей – потомки пленных, сохранивших христианскую веру. Они имели церковные книги, но не имели ни храма, ни священника и не были крещены. Обо всем этом отец Парфений сообщил митрополиту Филарету и высказал свое желание посвятить оставшиеся дни жизни делу миссионерства. Владыка положительно и живо откликнулся на это доброе намерение, но, к сожалению их обоих, путешествию не суждено было осуществиться.
В 1854 году отец Парфений написал прошение митрополиту Филарету о принятии его в Гефсиманский скит, где в то время уже подвизались его бывшие сподвижники из Молдавии. Митрополит Филарет написал наместнику Свято-Троицкой Сергиевой Лавры архимандриту Антонию (Медведеву) и обер-прокурору Святейшего синода, после чего последовало положительное решение. После зачисления в насельники Гефсиманского скита отец Парфений практически нес послушание на Троицком Сухаревском подворье Лавры по вразумлению раскольников и обращению их к Православной Церкви. В январе 1855 года митрополит Филарет рукоположил его сначала во иеродиакона, а затем во иеромонаха.
В 1855 году отец Парфений был переведен в Николаевскую Берлюковскую пустынь, где с 1856 по 1860 год был строителем. При нем владыка Филарет освятил храм в честь Казанской иконы Божией Матери. Но уже в 1858 году был утвержден проект учреждения нового по своему значению Спасо-Преображенского Гуслицкого монастыря. На отца Парфения была возложена нелегкая миссия – возглавить эту обитель и понести все труды по ее становлению. Монастырь должен был послужить обращению и окормлению староверов. Владыка Филарет вместе с наместником Троице-Сергиевой Лавры архимандритом Антонием, имевшим большой опыт воспитания новоначальных иноков, принимал самое активное участие в этом важном деле.
Столкнувшись с большими трудностями в должности наместника монастыря, отец Парфений часто порывался оставить эту хлопотную обязанность и удалиться в возлюбленную им с юности пустыню. Неоднократно открывал он владыке Филарету свое желание уехать на Афон. Тот обыкновенно молчал, и только однажды, посетовав, со скорбью сказал: «Ну, бросим дело Божие, к которому мы призваны: вот и я, глядя на тебя, все оставлю, оставим Церковь Христову на расхищение врагам... Да разве ты чем оскорблен, что хочешь оставить меня, а мне одному что делать без вас?». Это было в 1861 году. А вскоре митрополит писал: «С участием сожаления узнаю, что вы внезапно потерпели повреждение слуха. Ho по сему случаю вы слишком далеко простираете ваши размышления... Закрытие уха никак не говорит вам: оставь по своей воле службу, в которую ты устроен Провидением Божиим, и иди туда, где неизвестно, сколько добра приобретешь для себя и где не будешь иметь, как здесь, случая служить спасению других. Напротив того, слово Божие повелевает вам говорить: не Богу ли повинется душа моя; от Того бо терпение мое. Слово человека Божия послало вас из Афона в Россию, и вы повиновались ко благу своему и других. Надобно остерегаться, чтобы не нарушить сего спасительного повиновения. Человек Божий не разрешал вам возвратиться из России, а приказал идти в Россию, и только. Размыслите о сем, и надеюсь, не оставите вашего поприща. He без трудностей путь ваш, но вы на пути Господнем». А когда на отца Парфения и обитель появились доносы, владыка Филарет написал ему: «Сколько прискорбно то, что на вас, на обитель вашу есть доносы, столько утешительно, что они ложные... Вы подвизаетесь ради Христа, за правую веру Его, за святость Православной Церкви Его... Обитель ваша требует продолжения вашего подвига для ее утверждения и для принесения ожидаемого от нее плода. Преемнику вашему нужно было бы много труда и времени, чтобы приобрести то значение, которое вы имеете и которое споспешествует дальнейшему вашему подвигу. Укрепитесь надеждою на Бога и благодушествуйте. Охраните себя и терпением. He много ли сказано, что ваша братия и богослужение образцовые по всей России? Дело, по которому вы дали ответы на вопросы, без сомнения, не будет иметь неприятных последствий ни для вас, ни для обители».
Из приведенных писем видно, какую действенную духовную помощь и заступление получал отец Парфений от великого святителя Московского.