Между тем Саип-Гирей быстро двигался, но не смог взять Зарайска благодаря храброй защите воеводы Нестора Глебова; хан подошел к Оке 30 июля 1541 года и, готовясь к переправе, открыл огонь из пищалей и пушек. Встретя, однако, сильный отпор и видя огромное количество русских, он со стыдом побежал назад, выразив свой гнев Семену Вельскому, обещавшему ему легкий успех, и оставив в наших руках часть турецких пушек. Это были первые взятые нами турецкие орудия, которые в последующих столетиях русские доблестные войска брали в огромном количестве.
После отступления татары подошли к городу Пронску; Саип-Гирей обступил его и хотел непременно взять. Но в Пронске начальствовал храбрый Василий Жулебин. Он с презрением отверг предложение сдаться, а для защиты города вооружил всех граждан и женщин.
Видя непреклонную решимость Жулебина защищаться и узнав о приближении высланных для преследования татар князей Микулинского и Серебряного, Саип побежал дальше.
Конечно, вся Москва радостно встретила весть о поспешном бегстве крымцев, и малолетний великий князь щедрой рукой сыпал милости воеводам и ратным людям.
Светлые дни, наступившие после перехода власти в руки Ивана Вельского и митрополита Иосафа, продолжались недолго. Скоро против них составился заговор во главе с Иваном Шуйским, которому Вельский не только оставил свободу, но даже дал воеводство во Владимире. Здесь Шуйский вступил в сношения со многими боярскими детьми и со своими сторонниками, которых особенно много было среди новгородцев, так как в Новгороде в последние дни его вольности сидел приглашенный его жителями князь Шуйский-Гребенка, почему потомки этих вольных новгородцев и сохранили особую преданность роду Шуйских. И вот, собрав 300 надежных всадников, Иван Шуйский поручил их своему сыну Петру, который ночью 3 января 1542 года внезапно появился в Кремле, произведя там ужасную тревогу; заговорщики схватили Ивана Вельского и посадили его в тюрьму, а также и верных его друзей Хабарова и князя Щенятева, взятого в самой палате государя. Митрополит Иосаф был разбужен камнями, которые стали кидать в его келью; он бежал во дворец и хотел спрятаться в спальне великого князя; но наглые заговорщики ворвались и сюда, приведя в ужас Иоанна, после чего Иосаф был увезен в Троицкое подворье, где его чуть не убили новгородцы; затем он был сослан в Кирилло-Белозерский монастырь. Вельский был тоже сослан на Белоозеро и через 3 месяца умерщвлен по приказанию Шуйского; на место же Иосафа был поставлен Новгородский владыка, уже знакомый нам архиепископ Макарий.
Иван Шуйский, вернувшись вторично ко власти, недолго пользовался ею, так как скоро сильно заболел; важнейшим из дел, совершенных за это время, было заключение нового перемирия с Литвой на семь лет, с 1542 по 1549 год.
Власть от заболевшего Ивана Шуйского перешла к трем его родственникам, князьям Ивану и Андрею Михайловичам Шуйским и Феод ору Ивановичу Скопину-Шуйскому, людям корыстным и властолюбивым, причем особой властностью отличался князь Андрей Шуйский.
Этим новым временщикам, конечно, должны были быть крайне неприятны все люди, к которым имел склонность подрастающий государь; и вот 9 сентября 1543 года они вместе с другими своими приспешниками стали нападать в думе в присутствии великого князя и митрополита на любимца Иоаннова Феодора Семеновича Воронцова, обвиняя его во многих преступлениях; затем они вскочили, как неистовые, силою вытащили его в другую комнату, стали там мучить и хотели тут же убить. Взволнованный государь просил митрополита спасти несчастного, и только благодаря настоянию святителя и бояр Морозовых Шуйские, как бы из милости к Иоанну, обещали оставить Воронцову жизнь, но били его, а затем заключили в тюрьму. Иоанн просил их вторично, если нельзя оставить его любимца в Москве, то хоть послать на службу в Коломну, но государя не послушали, и Воронцов был сослан в Кострому; эти переговоры за Воронцова вел от имени великого князя митрополит Макарий, причем ему пришлось вынести от Шуйских немало оскорблений; один из их сторонников, Фома Головин, споря с Макарием, в знак презрения даже наступил ему на мантию и изодрал ее ногами.
Торжество Шуйских продолжалось после этого возмутительного насилия над Воронцовым, совершенного с полным пренебрежением к личности государя, до 29 декабря 1543 года. В этот день Иоанн, еще не достигший 14-летнего возраста, встал во время заседания думы и, неожиданно для всех, твердым и властным голосом начал перечислять вины и беззакония временщиков, захвативших власть, а затем приказал схватить главнейшего из виновных – князя Андрея Шуйского – и передать его в руки псарям, чтобы отвести в тюрьму. Но псари переусердствовали и по дороге убили Шуйского. Его же сообщников, Феодора Скопина, Фому Головина и других, разослали по разным местам.