Эта жалоба, напомнившая, вероятно, жалобу новгородских пищальников. возбудила страшный гнев Иоанна; он приказал пытать прибывших псковичей и готов уже был отдать распоряжение о их казни, как из Москвы неожиданно пришла весть, что упал большой колокол-благовестник. Встревоженный этим недобрым знамением, царь поспешил в город, и псковичи избегли своей участи.
Вслед за тем 21 июля во время страшной бури вспыхнул новый, еще невиданный на Москве пожар; он начался на Арбате, но затем огонь быстро перекинулся в Кремль и Китай-город и с ужасной силой начал все пожирать. «Вся Москва, – говорит Н.М. Карамзин, – представляла зрелище огромного пылающего костра под тучами густого дыма. Деревянные здания исчезали, каменные распадались, железо рдело, как в горниле, медь текла. Рев бури, треск огня и вопль людей от времени до времени был заглушаем взрывами пороха, хранившегося в Кремле и в других частях города. Спасали единственно жизнь; богатство, праведное и неправедное, гибло. Царские палаты, казна, сокровища, оружие, иконы, древние грамоты, книги, даже мощи святых истлели. Митрополит молился в храме Успения, уже задыхаясь от дыма; силою вывели его оттуда и хотели спустить на веревке с тайника к Москве-реке; он упал, расшибся и едва живой был отвезен в Новоспасский монастырь». Из собора вынесли только образ Успенья Божией Матери, писанный святым митрополитом Петром, и Кормчую книгу; славная же Владимирская икона оставалась на месте; к счастью, огонь не проник во внутренность церкви. Пожар утих в три часа ночи, обратив почти весь город в пепел и развалины. Сгорело 1700 человек, не считая младенцев.
Во время пожара Иоанн удалился с супругой за Москву-реку в село Воробьеве На следующей день он навестил едва не сгоревшего и сильно расшибленного митрополита Макария в Новоспасском монастыре. Здесь князь Феодор Скопин-Шуйский, Иван Челяднин, некоторые другие бояре и царский духовник, протопоп Благовещенского собора Феодор Бармин стали говорить, что Москва сгорела волшебством; какой-то чародей вынимал человеческие сердца, мочил их в воде и затем кропил ею город, после чего и поднялся пожар. Царь придал этому веру и приказал произвести розыск. Розыск был произведен через два дня следующим образом: бояре приехали в Кремль на площадь и спросили окружавшую их толпу: «Кто сжег Москву?» Тогда из толпы послышались голоса: «Глинские! Глинские! Мать их княгиня Анна вынимала сердца из мертвых, клала в воду и кропила ею все улицы, ездя по Москве. Вот отчего мы сгорели».
Нет сомнения, разумеется, что весь рассказ об этих вынутых сердцах и ответы из толпы были подстроены боярской партией, недовольной господством Глинских. Сама княгиня Анна, бабка государя, с сыном Михаилом находилась в отъезде в своем поместье, но другой ее сын Юрий был на площади, слышал это нелепое обвинение и ужаснулся, увидя ярость черни. Он кинулся, чтобы спастись, в Успенский собор, но освирепевший народ бросился за ним, и родной дядя государя был убит тут же, в храме Божьем. Затем чернь начала грабить двор Глинского, причем было убито множество его слуг и других людей; бояре же, видя эти неистовства, ничего не предпринимали, как будто в Москве не было в это время никакой власти. Мало того, они, очевидно, решили, что надо непременно освободиться и от всех остальных Глинских, так как на третий день после описанных убийств, вероятно, по их наущению, огромная толпа народа двинулась к селу Воробьеву, остановилась перед царским дворцом и стала требовать выдачи ей бабки государевой, княгини Анны Глинской, и ее сына князя Михаила, спрятанных будто бы в царских покоях.
Молодой Иоанн, однако, не потерялся. Он приказал схватить несколько главных крикунов и тут же казнить их, после чего мятеж тотчас же утих, и толпа отхлынула в Москву.
Узнав об этом происшествии, Михаил Глинский, бывший с матерью в деревне, хотел бежать в Литву, но был по дороге захвачен и затем заключен под стражу; его скоро простили; однако после описанных происшествий господство Глинских окончилось. Вместе с тем окончилось и своеволие бояр.
Последний пожар московский, убиение князя Юрия Глинского и вид мятежной толпы у самого дворца государева, требовавшей выдачи его бабки и дяди, сильно подействовали на впечатлительного Иоанна. Он решил править своим государством самостоятельно, как подобает самодержавному царю. Конечно, в этом решении он нашел полную поддержку как со стороны нежно любящей жены, так и в маститом старце митрополите Макарии, бывшем ему истинным отцом.