Вслед за созданием излюбленных старост, для собирания доходов государству от рыбных и соляных промыслов, питейного дела, таможенных сборов и прочих, земские общества обязаны были выбирать из своей среды или ставить по назначению правительства верных или присяжных голов и целовальников, которым вверялись сборы с этих доходов, причем за исправность их отвечали не только они сами, но и все общество.
Разумеется, все губные и излюбленные старосты и верные головы были под строгим надзором высшего правительства – Московских приказов, которые по существу своей деятельности делились на два больших отдела: а) приказы общегосударственные: Посольский, Разрядный, или Военный, Разбойничий, Холопий, Поместный, Большого прихода (ведавший государевыми доходами) и прочие и б) местные: Новгородский, Тверской и другие.
Приступив к крупным преобразованиям в гражданском быту, Иоанн решил также подвергнуть обсуждению и многие дела церковные.
Еще в 1547 и 1549 годах были созваны церковные соборы, провозгласившие 39 новых русских святых, которые до сих пор почитались только местно или же оставались даже совсем не прославленными.
На Стоглавом соборе, собранном в 1551 году, Иоанн, открывая его, отдал святителям длинный список беспорядков в церковной жизни и требовал от них содействия для их исправления, почему постановления этого собора и были направлены к поднятию нравственности духовенства, а также просвещения и благочиния среди прихожан.
По важному для тогдашней Московской Руси вопросу о правильном писании святых икон собор постановил: «Подобает быти живописцу смиренну, кротку, благоговейну, не празднословцу и не смехотворцу, не сварливу, не завистливу, не пьянице, не грабежнику, не убийце… Наипаче же хранить чистоту душевную и телесную, не могущим же до конца тако пребыти по закону браком сочетаться, и приходить к отцам духовным часто на исповедание, и во всем с ними совещаться, и по их наставлению жить, пребывая в посте и молитве, удаляясь всякого задора и бесчинства. И с превеликим тщанием писать на иконах и досках образ Господа нашего Иисуса Христа и Пречистой Его Матери, Святых Небесных Сил, Пророков и Апостолов, Мучеников, Святителей и Преподобных и всех Святых по образу и по подобию и по существу, смотря на образ древних живописцев… А которые иконники по сие время писали не учась, самовольством, и не по образу, и те иконы променивали дешево простым людям, поселянам, невеждам, тем запрещение положить, чтобы учились у добрых мастеров. Которому даст Бог, учнет писать по образу и по подобию, тот бы писал, а которому Бог не даст, тому впредь от такого дела престати, да не похуляется имя Божие от такого письма. Если же ослушники будут говорить, «тем-де питаются», то от Бога даровано много других рукоделий, которыми может человек питаться и жить, кроме иконного письма».
По вопросу, поставленному царем о выкупе пленных из рук басурманов, собор определил: «Которых окупят Царские послы в Ордах, в Цареграде, в Крыму, в Казани, или Астрахани, или в Кафе, или сами откупятся, тех всех пленных окупать из Царской казны. А которых пленных Православных христиан окупят Греки, Турки, Армяне или другие гости и приведут в Москву, а из Москвы захотят их опять с собой повести, то этого им не позволять, за то стоять крепко и пленных окупать из Царской же казны, и сколько этого окупа из Царской казны разойдется, и то раскинуть на сохи по всей Земле, чей кто ни будь – всем равно, потому что такое искупление общею милостынею называется». Когда статьи соборного определения были посланы в Троицкую лавру к бывшему митрополиту Иосафу и другим святителям, проживавшим там на покое, а также ко всем соборным старцам лавры, то они, утвердя все статьи, о выкупе пленных написали: «Окуп брать не с сох, а с архиереев и монастырей. Крестьянам, Царь Государь, и так много тягости; в своих податях, Государь, положи им милость».
О призрении больных и бедных собор постановил: «Да повелит благочестивый Царь всех больных и престарелых описать по всем городам. и в каждом городе устроить богадельни мужские и женские, где больных, престарелых и неимущих, куда голову преклонить, довольствовать пищей и одеждою, а боголюбцы пусть милостыню и все потребное им приносят… Священники должны приходить к ним в богадельню, поучать их страху Божию, чтобы жили в чистоте и покаянии, и совершать все требы».
Наконец Стоглавый собор обратил внимание на разные бесчинства и суеверия и запретил заниматься злыми ересями и волхвованием, а также уже знакомые нам: Рафли, Шестокрыл, Аристотелевы Врата и другие отреченные книги.