Вообще забота о войсках составляет заветную мысль Пересветова, и он необыкновенно красноречиво ее высказывает: «Воина держати, как сокола чередити (кормить), и всегды ему сердце веселити, а ни в чем на него кручины не допустити… Который воинник лют будет против недруга Государева играти смертною игрою и крепко будет за веру християнскую стояти, ино таковым воинникам имяна възвышати и сердца им веселити, и жалования ис казны своей Государевы прибавливати; и иным воинником сердца возвращати, и к себе их припущати блиско, и во всем им верити, и жалоба их послушати во всем, и любите их, яко отцу детей своих, и быти до них щедру: щедрая рука николи же не оскудевает и славу царю сбирает».
Пересветов также советовал создать по западноевропейскому образцу постоянное войско, а не собираемое только в случае надобности, и с постоянными же начальниками, исключительно посвятившими себя военному делу.
При этом он говорил, что по отношению крымского хана следует ограничиться обороной и держать на южной границе 20 000 отлично обученных солдат, получающих жалование от казны. Эти 20 000 «юнаков храбрых со огненною стрельбою, гораздо учиненною», уверял Пересветов, будут лучше 100 000 обыкновенного войска, собираемого от земли. На Казань же он советовал вести самое решительное наступление с непременной целью совершенно покорить ее.
В общем, важнейшие мероприятия, предложенные Пересветовым в 1549 и 1550 годах, заключались в следующем: установить, чтобы в государстве делалось все по правде, причем царская власть должна быть неограниченна и грозна против боярского своеволия; отменить кормление; собирать все доходы в Государеву казну и из нее платить жалованье всем служилым людям. Учредить постоянное, отлично обученное и храброе войско из верных царских слуг, щедро награждать их и выдвигать только по личным достоинствам, а отнюдь не вследствие родовитости.
В таком войске и в военных людях, а не в вельможах и заключается, по мнению Пересветова, сила государства; оно обеспечит его внешнее могущество и будет способствовать внутреннему благосостоянию.
Как мы видели, в речи Иоанна перед открытием Земского собора 1550 года, многие из мыслей Пересветова прямо были высказаны молодым царем; очевидно, они вполне совпадали с его собственными; то же можно сказать по отношению и общего духа преобразований, предпринятых Иоанном.
Передавая исправленный Судебник на утверждение Стоглавому собору, государь сказал: «И по вашему благословению Судебник исправил и великие заповеди написал, чтобы то было прямо и брежно, суд был бы правилен и беспосульно во всяких делах».
Вместе с тем тогда же царем был предпринят и ряд важных мер об устройстве военного сословия, а в 1550 году был издан указ о самом крупном наделении служилых людей землею, какое только известно, а именно царь приказал им сразу раздать 1000 поместий в ближайших окрестностях Москвы, причем были выработаны правила о соответствующей раздаче имений в зависимости от заслуг, о вдовах военнослужащих и прочие.
Затем государь положил начало и постоянному войску: он создал стрельцов, собираемых из вольных людей; они получали земельные участки и жалованье и обязаны были служить пожизненно и наследственно. Стрельцы были пешие, и только незначительная часть из них имела лошадей, называясь стремянными (общее число стрельцов было невелико и к концу XVI века достигало 12 000 человек). Наконец, согласно с мыслями Пересветова, государь в 1550 году по приговору митрополита, братии и бояр ограничил случаи местничества в войсках, хотя уничтожить его вполне и не мог.
Все это, несомненно, показывает, что Иван Пересветов имел большое влияние на Иоанна, хотя в числе близких к нему лиц, в его избранной раде, он и не состоял.
Ввиду решимости, с какой взялся молодой царь править сам своим государством, боярское своеволие, конечно, прекратилось, и недовольство новыми порядками высказывалось только глухо; так, наряду с «книжками», и посланиями Ивана Пересветова, в это же время была в обращении и вымышленная «Беседа преподобных Сергия и Германа Валаамских Чудотворцев», написанная, несомненно, боярской рукой; в беседе этой, имея в виду митрополита Макария и Сильвестра, хотя они и не были названы, говорилось, что иноки не должны входить в дела управления государством, а царь должен править им с князьями и боярами, да с мирянами: «не с иноки Господь повелел Царство и гради и волости держати и власть имети, с князи и з боляры и с прочими миряны, а не с иноки».
Горячо отдавшись преобразованиям, Иоанн ревностно занимался и внешними делами.