Ответ Иоанна, изложенный весьма пространно, вызвал новое письмо Курбского, озаглавленное им: «Краткое отвещание князя Андрея Курбского на зело широкую эпистолию (письмо) великого князя Московского». Умышленно не называя государя царем, Курбский начинает свой ответ словами: «Широковещательное и многошумящее твое писание принял и понял, что оно отрыгнуто от неукротимого гнева с ядовитыми словами, что недостойно не только Царя, но и простого убогого воина… воистину яко бы неистовых баб басни…».
Конечно, такое возмутительное отношение к себе со стороны изменника-боярина довело Иоанна до крайнего раздражения, особенно когда он узнал, что Курбский убедил слабого Сигизмунда-Августа действовать решительнее против Москвы, причем сам Курбский во главе 70-тысячной рати предпринял в 1564 году движение к Полоцку, а Девлет-Гирей Крымский, подкупленный поляками, неожиданно напал на Рязань, в которой не было ни одного воина. Оба нападения окончились неудачей: Курбский во главе с литовцами был с позором отражен от Полоцка, после чего ограничил свои подвиги разорением сел и монастырей; Девлет же Гирей был разбит под Рязанью доблестным воеводой боярином Алексеем Басмановым с сыном Феодором, которые вместе с епископом Филофеем одушевили жителей редким мужеством и отразили все приступы татар с огромным уроном.
Крайнее недовольство государя против Курбского перенеслось на всех сторонников последнего, то есть на всех бояр, думавших совершенно одинаково с ним о своих правах и отношениях к престолу.
Ф. Солнцев. Вид фасада дворца в селе Коломенском с восточной стороны
В это тяжелое для Иоанна время не было уже никого из прежних близких ему лиц, кто бы мог смягчить его раздражение своим умиротворяющим влиянием: последний человек, которому государь безусловно верил, великий старец митрополит Макарий, преставился в декабре 1563 года, а несколько месяцев спустя сошел в могилу и слабоумный брат Иоанна Юрий, не оставя после себя потомства.
Царя и царицу Марию Темрюковну окружали теперь уже совершенно новые люди и советники; это были, по словам англичанина Горсея, его «доверенные капитаны», по большей части незнатного происхождения, выдвинувшиеся своими воинскими подвигами и щедро награжденные Иоанном; по-видимому, они были ему всецело преданы и вполне разделяли его ненависть к боярству.
3 декабря 1564 года государь совершенно неожиданно выехал из Москвы, причем выезд этот не был похож на обыкновенные: он как бы навсегда покидал столицу, взяв с собой все свои иконы и драгоценности и приказав также людям своего двора выезжать с семьями и имуществом. Иоанн остановился в селе Коломенском, затем побыл в Троице-Сергиевой лавре, наконец прибыл в глухую Александровскую слободу (ныне город Александров Владимирской губернии). Вся Москва во главе с новым митрополитом Афанасием и боярами была в полном недоумении относительно столь неожиданного и необычного царского отъезда.
Недоумение это разрешилось через месяц, 3 января 1565 года; в этот день митрополит получил от государя грамоту, в которой он перечислял все измены бояр, воевод и приказных людей за все время своего управления. При этом государь объявлял, что кладет гнев свой как на них, так и на все духовенство за то, что бояре и воеводы земли его государские разобрали и раздали лучшие вотчины друзьям своим и родственникам, не желая радеть о нем, о государстве и о всем православном христианстве и оборонять от недругов, а стали удаляться от службы, чиня при этом притеснения христианству (простому народу), а на духовенство – за то, что оно, сложась с боярами и придворными людьми, своим постоянным заступничеством покрывает их и мешает государю наказывать. Поэтому царь, от великой жалости сердца не могши их многих низменных дел терпеть, оставил свое государство и поехал где-нибудь поселиться, где его Бог наставит.
Вместе с тем Иоанн прислал также грамоту к гостям, купцам и ко всему православному христианству города Москвы; он говорил в ней, чтобы они себе никакого сомнения не держали, так как гнева его на них и никакой опалы нет.
Обе грамоты были прочитаны и произвели сильнейшее впечатление как на бояр и духовенство, так и на народ и вызвали общий ужас и смятение. Все кинулись к митрополиту, прося его отправиться к Иоанну и умилостивить царя, упросить остаться владеть государством, а лиходеев и изменников, как ему будет угодно, казнить. Простой народ подтвердил то же самое, «чтобы государь государства не оставлял и их на расхищение волкам не отдавал, особенно избавлял бы их от рук сильных людей; а за государских лиходеев и изменников они не стоят и сами их истребят».