Устранив князя Ивана Телепнева, Василий Шуйский, может быть, причастный и к отравлению Елены Васильевны, пожелал, чтобы забрать возможно более власти в свои руки, породниться с государем; для этого, он, несмотря на то, что перешел уже 60-летний возраст, вступил в брак с юной двоюродной сестрой великого князя – Анастасией, дочерью крещеного татарского царевича Петра и сестры Василия III – Евдокии. Затем Василий Шуйский поспешил освободить из темницы заключенных Еленой Васильевной: родственника своего, князя Андрея Михайловича Шуйского и князя Ивана Вельского, брата известного нам изменника князя Семена. Скоро, однако, Иван Вельский, негодуя на самовластие Василия Шуйского, стал обнаруживать к нему вражду и собирать вокруг себя недовольных; тогда Шуйский со своими приспешниками решили опять засадить Вельского в тюрьму, причем его сторонников разослали по деревням, а одному – дьяку Феодору Мишурину, любимцу Василия III, – отрубили голову.
После этих дел Василий Шуйский жил недолго и умер, может быть, тоже от отравы. Высшая же власть в государстве перешла в руки его брата – князя Ивана Шуйского, который сейчас же поспешил насильно свести с митрополичьего престола Дионисия, сторонника Ивана Вельского, и сослать его в Волоколамский монастырь; вместо него митрополитом был поставлен собором епископов Иосаф, игумен Троицкой лавры.
Безурядица, наступившая после смерти Елены, начала сейчас же сказываться во всей жизни Московского государства. Известный зодчий Петр Фрязин, видя это, бежал на родину и так объяснял свой поступок: «великого князя и великой княгини не стало; Государь нынешний мал остался, а бояре живут в своей воле, и от них великое насилие, управы в Земле никому нет, между боярами самими вражда, и уехал я от великого мятежа и безгосударства».
Сам Иван Шуйский был совершенно неспособен к ведению государственных дел, но отличался большой спесью, грубостью и крайней алчностью. «По смерти матери нашей Елены, – вспоминал впоследствии Иоанн в переписке своей с князем Курбским, – остались мы с братом Юрием круглыми сиротами; подданные наши хотение свое улучили, нашли Царство без правителя: об нас, Государях своих, заботиться не стали, начали хлопотать только о приобретении богатства и славы, начали враждовать друг с другом. И сколько зла они наделали! Сколько бояр и воевод, доброхотов отца нашего умертвили! Дворы, села и именья дядей наших взяли себе и водворились в них! Казну матери нашей перенесли в большую казну, причем неистово ногами пихали ее вещи и спицами кололи; иное и себе побрали… Нас с братом Георгием начали воспитывать как иностранцев или нищих. Какой нужде не натерпелись мы в одежде и в пище: ни в чем нам воли не было, ни в чем не поступали с нами так, как следует поступать с детьми. Одно припомню: бывало, мы играем, а князь Иван Васильевич Шуйский сидит на лавке, локтем опершись о постель нашего отца, ногу на нее положив. Что сказать о казне родительской? Все расхитили лукавым умыслом, будто детям боярским на жалованье, а между тем все себе взяли; и детей боярских жаловали не за дело… Из казны отца нашего и деда наковали себе сосудов золотых и серебряных и написали на них имена своих родителей, как будто это было наследственное добро; а всем людям ведомо: при матери нашей у князя Ивана Шуйского шуба была мухояровая, зеленая на куницах, да и те ветхи: так если бы у них было отцовское богатство, то чем посуду ковать, лучше бы шубу переменить. Потом на города и на села наскочили и без милости пограбили жителей, а какие напасти от них были соседям, исчислить нельзя… везде были только неправды и нестроения, мзду безмерную отовсюду брали, все говорили и делали по мзде».
Эти воспоминания Иоанна вполне соответствуют действительности. Угодники Ивана Шуйского, назначенные им наместниками в городах, «свирепствовали, как львы», по словам летописца, и самым бессовестным образом грабили и утесняли жителей.
Вместе с тем «мы были, – говорит Н.М. Карамзин, – жертвой и посмешищем неверных: хан Крымский давал нам законы, царь Казанский нас обманывал и грабил. Саип-Гирей задержал гонца, направленного из Москвы к Молдавскому государю, и писал Иоанну: ".. У меня больше ста тысяч рати: если возьму в твоей Земле по одной голове, то сколько твоей Земле убытка будет, а сколько моей казне прибытка? Вот я иду; ты будь готов: я украдкой не иду. Твою Землю возьму; а ты захочешь мне зло сделать – в моей Земле не будешь". На это дерзкое письмо из Москвы было отправлено к Саип-Гирею большое посольство с богатыми дарами и согласием не вмешиваться в дела Казани, откуда Сафа-Гирей не переставал производить разбойнические нападения в областях Нижнего, Балахны, Мурома, Владимира, Костромы, Галича, Устюга, Вологды, Вятки и Перми, производя опустошения хуже, чем Батый во время своего нашествия».