В тот самый день, когда Улу-Магомет отпускал от себя Василия, 1 октября 1445 года, в Москве произошло весьма сильное землетрясение, необычное для северных стран: колебались Кремль и посады, дома и церкви. Все считали это предзнаменованием каких-либо ужасных событий, поэтому когда пришла весть, что великий князь отпущен из плена, то жителей Москвы охватила необычайная радость и он был встречен ими еще радушнее и торжественнее, чем при возвращении своем из Коломны.
Однако Шемяка продолжал свои козни. Он вступил в тайную связь с князьями Иваном Можайским и Борисом Тверским, а также с некоторыми московскими изменниками, во главе которых стоял боярин Старков, и усердно распускал слух, что Василий выпущен из плена на условии, что Улу-Магомет сам сядет на царство в Москве и на всех городах, а Василию в удел отдана будет Тверь. Этой выдумкой Шемяка хотел уверить всех остальных владетельных князей, что они лишатся своих отчин, а потому и должны подняться на Василия Московского.
Между тем последний, ничего не ведая об этом заговоре, отправился на богомолье в Троице-Сергиеву обитель в начале февраля 1446 года. Пользуясь его отсутствием в Москве, в ночь на 12 февраля Шемяка неожиданно овладел стольным городом, причем захватил мать и жену Василия Васильевича, оковал верных ему бояр, ограбил казну и в ту же ночь послал князя Можайского с большою толпою людей к Троице-Сергиевскому монастырю, чтобы пленить и великого князя.
Василий стоял у обедни, когда его приближенные сообщили, что Шемяка и можайский князь идут на него с ратью. Он не поверил и с негодованием заявил, что это гнусная клевета на Шемяку. Но ему скоро пришлось воочию убедиться в печальной новости при виде скачущих к монастырю во всю прыть неприятелей. Василий кинулся к конюшне, но здесь не было ни одной оседланной лошади, а все люди его оторопели от страха. Тогда он заперся в Троицкой церкви. К ней не замедлили подскакать его враги и, несмотря на то что великий князь встретил их с иконой с гроба преподобного Сергия и с горячей молитвой на устах, они грубо взяли его за плечи, связали и, посадив в сани, повезли в Москву.
Злодеи перехватали также великокняжеских бояр, но о двух малых сыновьях Василия, Иоанне и Юрии, они впопыхах забыли. Эти двое детей убежали следующей ночью с верным слугою к князю Ивану Ряполовскому в его село, откуда он, взявши всех людей и своих братьев, Семена и Димитрия, ушел в Муром, где заперся.
Между тем пленного великого князя ослепили в Москве и сослали в Углич с женою; мать же, Софью Витовтовну, отослали в Чухлому.
Брат жены великого князя – князь Василий Ярославович Серпуховский – вместе с князем Семеном Оболенским бежали в Литву, где их приняли с честью и дали богатые волости для кормления. Часть бояр Василия убежала в Тверь, другая же присягнула Шемяке, но один из них, доблестный Феодор Басенок, смело объявил, что не будет служить варвару и хищнику, вокняжившемуся в Москве. Шемяка велел его заковать в железо, но Басенок сумел бежать в Литву и соединиться с Василием Ярославовичем Серпуховским и Семеном Оболенским.
Скоро Шемяка должен был убедиться, что все благомыслящее население против него. Опасаясь всеобщего негодования, он не дерзнул послать войска против 6-летнего сына Василия Иоанна и его младшего брата Юрия, находившихся в Муроме с Ряполовскими, а хотел заманить их в свои руки путем коварства. Для этого он призвал всеми уважаемого рязанского епископа Иону и сказал ему: «Поезжай в Муром, свою епископию, и возьми на свою епитрахиль детей великого князя Василия, а я с радостью их пожалую, отца выпущу и вотчину дам достаточную». Владыка поверил этому и отправился в Муром. Здесь князья Ряполовские после краткой думы решили исполнить волю Шемяки, так как они опасались, что иначе он возьмет город приступом. Тогда Иона пошел в церковь, отслужил молебен Богородице, взял детей и привез их Шемяке. Но Шемяка его обманул. Он ласково принял малюток, угостил их обедом, а затем отправил в Углич в заточение вместе с отцом.
Однако у Василия Васильевича осталось, несмотря на свое ослепление и заточение, много верных и преданных слуг. Во главе с доблестным Ряполовским и князем Иваном Стригою-Оболенским они составили заговор, в котором участвовало много детей боярских, причем сговорились сойтись в Угличе в Петров день, чтобы освободить своего природного государя. Хотя освобождение это не удалось, так как Шемяка заблаговременно проведал про их замыслы, но вместе с тем последний испугался этого всеобщего движения в пользу заточенного им Василия и стал думать, что ему делать с ним дальше.