Фотий Крылов передал список курсантов, преподавателей и опись вывезенного из Выборга имущества. Во главе этого отряда он предложил поставить опытного водолазного специалиста, выпускника ВМУ им. М.В. Фрунзе И.В.Прохватилова – личность монументальную во всех отношениях. Пётр Капица так описывает командира РОНа: «Вид командира отряда меня поразил. Это был морячина сказочного калибра: ростом около двух метров, плечистый, с крепкой загорелой шеей и мощным торсом. Он один, казалось, заполнил добрую половину бывшей учительской. Протянув широкую ладонь, похожую на ковш экскаватора, он представился:
– Капитан-лейтенант Прохватилов... Иван Васильевич!»
В Прохватилове было 198 см росту, и 128 кг весу, главный советский водолаз-разведчик разговаривал на суржике с изрядной долей украинских слов. Бойцы РОНа звали своего командира просто: Батя.
11 августа 1941 года нарком ВМФ подписал приказ №72 (походный), в котором говорилось:
1. Сформировать при разведотделе штаба КБФ роту особого назначения в составе 146 штатных единиц, укомплектовав её командирами и краснофлотцами-водолазами, прошедшими специальную подготовку в Военно-морской медицинской академии и Управлении ЭПРОНа.
2. Командиром Роты особого назначения назначить лейтенанта Прохватилова Ивана Васильевича, комиссаром роты – политрука Мащенко Анатолия Федоровича.
3. Для руководства и консультаций по водолазному делу выделить военврача 1 ранга Савичева Илью Ильича.
4. Штат ввести в действие с 15.08. 41 г., формирование роты закончить 25.08.41.
7 сентября 1941 года роту особого назначения передали разведотделу КБФ с непосредственным подчинением заместителю начальника разведотдела по агентурной разведке капитану 3-го ранга Л.К. Бекреневу.
Следует отметить, что в осаждённом Ленинграде к тому времени было создано не менее семи разведывательных спецподразделений. Эпизодически разведка проводилась с применением легководолазного снаряжения. Но регулярные операции водолазов-разведичиков проводило только подразделение Прохватилова.
С момента создания РОН до июня 1944 года штатная численность роты составляла 146 человек, из них водолазов-разведчиков (водолазов-автоматчиков по штату, командиров отделений и помощников командиров взвода) – 111 человек. Фактически в РОН в этот период, было всегда не более 119 человек. В штате роты числились четыре автомашины, мотоцикл и три легких сторожевых катера типа «КМ-Ш». Фактически количество автомашин не превышало трех, а катер имелся один – рейдовый типа «К-ЗИС-12». Организационно до января 1943 года РОН состояла из шести взводов – пяти боевых и одного учебного. Позже она состояла из трех взводов: двух боевых и одного хозяйственного. Уже в сентябре свежеиспечённое подразделение провело первую спецоперацию – высадку десанта под Выборгом.
Современному читателю может показаться странным, что от создания спецподразделения до его первой успешно операции прошло так мало времени. Тем более, что основу спецподразделения составили представители сугубо мирной профессии – водолазы. Но на самом деле, никакого противоречия здесь нет. ЭПРОН, из которого вышли бойцы Прохватилова, был создан в 1923 г. Особым отделом ОГПУ и действовал как в интересах торгового флота так и в интересах ВМФ. Сам Ф. И. Крылов в 1941 г. носил звание контр-адмирала. Курсанты водолазных школ ЭПРОНа осваивали работу с легководолазным снаряжением, взрывотехнику – то, что необходимо как гражданскому водолазу, так и водолазу-разведчику. Курсантов обучали тактике, стрельбе из винтовок и пулемётов, штыковому бою. Учёба в водолазных школах ЭПРОНа приравнивалась к военной службе. Была отлично налажена идеологическая подготовка курсантов. Сейчас к идеологии принято относиться с усмешкой, а зря. Лев Гумилёв заметил: «Армейское подразделение, желающее выжить в качестве боевой единицы, должно состоять из солдат, готовых умереть». Кстати, конкурс в водолазный техникум в 20-30 гг. доходил до 50 человек на место – сейчас такого нет даже в МГУ! Из вышесказанного можно сделать вывод: Костяк подразделения Прохватилова составили не просто хорошо подготовленные бойцы, но лучшие из лучших. Хорошая подготовка разведчиков сказалась на уровне потерь. Они были несравненно ниже, чем в обычной стрелковой роте: в 1943 году РОН потерял безвозвратно семь человек, в 1944 году – только одного. Кроме ЭПРОНовцев и курсантов водолазной школы, в РОН включали добровольцев, которые не имели опыта работы под водой и даже не проходили медицинскую комиссию. Поэтому в августе 1941 года из роты пришлось отчислить более 80 человек. Оставшиеся показали себя с лучшей стороны, но разговор о них впереди.