Подлодку М-94 ввели в строй12 декабря 1939 года. В боевых действиях Зимней войны она не участвовала. Начало Великой Отечественной войны М-94 встретила в Таллине, в составе 2-й бригады ПЛ КБФ. Субмариной командовал старший лейтенант Дьяков Николай Васильевич (назначен в октябре 1940 года).
Вечером 23 июня 1941 года «М-94» вышла на позицию в районе Хельсинки. 27 июня у Порккалан-Калбода подлодку обнаружили и более 2 часов преследовали финские сторожевые катера. Оторвавшись от них, «М-94» ушла на юг и 28 июня обнаружила минное заграждение противника. 29 июня была отозвана в базу, и в этот же день прибыла в Таллин.
В свой последний поход «М-94» вышла в ночь с 20 на 21 июля. Командир подводной лодки М-94 получил приказ занять позицию у Абоских шхер. Подлодка шла проливом Соэла-Вяйн (пролив между островами Моонзкндского архипелага) следом за М-98, которой командовал капитан-лейтенант Беззубников. Три катера-»рыбинца» расчищали подлодкам проход от мин. Катера с тралами не могли дать хода больше трех узлов – слишком медленно для подлодок и «малюткам» пришлось перейти на электродвигатели. На рассвете, пройдя сложный фарватер, «рыбинцы» подняли тралы и, распрощавшись с подводниками, ушли в Триги. Хотя М-98 и М-94 должны были действовать самостоятельно, они некоторое время продолжали держаться на виду друг у друга. Дьяков приказал запустить дизель, чтобы зарядить подсевшие аккумуляторные батареи. Шел средним ходом, так как дизель еще не прогрелся. Впереди было много отмелей и чтобы обойти их, старший лейтенант выбрал короткий путь – фарватер у берега, на котором недавно была безуспешно атакована торпедой подводная лодка С-9.
Кроме командира, на мостике М-94 было еще три человека: штурман корабля – старший лейтенант Шпаковский, сигнальщик – старшина второй статьи Компаниец и поднявшийся снизу покурить старшина группы мотористов Лаптев. Над морем медленно разгорался рассвет.
Рвануло в корме. Взрывом Дьякова отбросило под козырек и потоком воды прижало к стенке. Ухватившись руками за край козырька, командир оттолкнулся ногами и выскочил из-под водопада.
Подлодка опускалась кормой на дно. Вода над нею кипела от выходящего из отсеков воздуха, вырывался из разорванных цистерн соляр. Первая мысль у спасшихся – «Подорвались на мине».
Раненый при взрыве штурман Шпаковский утонул. Дьяков и старшина Лаптев подхватили почти захлебнувшегося сигнальщика Компанийца и вскарабкались на выступающий из воды нос «малютки». Моряки принялись кулаками стучать по стальному корпусу. Из отсека никто не отвечал.
Вдали виднелась М-98. После взрыва подводная лодка М-98 из предосторожности приняла балласт – виднелась только рубка и тонкая кромка палубы. Подводники сорвали с себя мокрые тельняшки и Компаниец, взяв их в обе руки, просигналил Беззубникову, чтобы тот выслал шлюпку. На 98-й заметили бедственное положение подводников и стали надувать резиновую шлюпку. В это время Дьяков увидел невдалеке перископ третьей подлодки. Немецкая субмарина двигалась под водой в сторону М-98.
Компаниец вновь замахал тельняшками, как сигнальными флажками, и просемафорил: «На вас идет в атаку подводная лодка». На М-98 поняли его. Спустив шлюпку с матросом, они начали маневрировать. Выпущенная гитлеровцами торпеда проскочила мимо М-98 и взорвалась на отмели, подняв вверх столб воды, дыма и грязи.
Матрос с М-98 подплыл на резиновой шлюпке к пострадавшим и снял их с носа затонувшего корабля. Затем, прижимаясь к берегу, пошел навстречу баркасу, вышедшему с поста береговой обороны острова Эзель. А в затонувшей подлодке ещё оставались в живых восемь моряков.
В момент взрыва крышка верхнего рубочного люка М-94 захлопнулась сама, но не плотно: сквозь щели прорывалась вода и хлестала в центральный отсек. Старший рулевой Холоденко, стоявший на вахте, кинулся по трапу наверх. Он мог бы спастись через рубку, но, спасая оставшихся в отсеках товарищей, плотно задраил верхний люк и крикнул сменщику Шипунову:
– Прикрой вентиляцию!
Из соседнего отсека неожиданно хлынул соляр. Матросы задраили вход и закрыли глазок. Поступление воды и соляра прекратилось.
В носовой части корабля от удара погас свет, палуба накренилась. Все, что не было закреплено, скатилось к кормовым переборкам. Первым пришёл в себя командир отделения гидроакустиков Малышенко. Ему показалось, что в отсеке не хватает воздуха. Цепляясь за выступы, он подобрался к регулятору и дал в отсек противодавление. Воздуха стало поступать больше, чем нужно.