Заботясь о сохранении древних памятников, Д. А. Клеменц вывез из степи в Минусинский музей два каменных изваяния (одно изображало женщину с распущенными волосами, второе — рогатое трехглазое существо с человеческим лицом), изучал быт местного населения, много времени отдавал географическим и топографическим экспедициям. Не обошлось без неприятностей. Его дважды пытались ограбить проводники сойоты и тувинцы. В 1886 г. «дело решилось рукопашной схваткой», а в следующем году он чуть не погиб. Желая воспользоваться его имуществом, проводники завели путешественника в непроходимую местность и скрылись в надежде, что он заблудится и погибнет. Клеменц, однако, не растерялся. Лошадей он потерял, по собственноручно сделал плот из семи бревен и выплыл на нем по порожистой реке, фарватер который совершенно не был известен. Эти происшествия отнюдь не охладили пыл неутомимого исследователя. В письме к И. С. Уваровой он замечает: «Мне всегда становится досадно, глядя на роскошную флору нашей, тайги, что ей так мало пользуются и как будто не признают необыкновенных красот. Говорю это как человек лично знакомый с лучшими местностями побережья Средиземного и Адриатического морей… Может быть лучшие часы своей жизни провел я среди той обстановки, где на границе вечных снегов, на голых каменных россыпях растет и цветет во всей красе сибирский рододендрон»{24}.
13 октябре 1886 г. с Д. А. Клеменца был снят надзор полиции. Срок ссылки кончился. Несколько ранее, 18 августа, он женился на начальнице женской гимназии Минусинска Елизавете Николаевне Зверевой. Осенью 1887 г. молодая семья переехала в Томск. На новом месте жилось неуютно, остро ощущалось отсутствие друзей, особенно таких, как П. М. Мартьянов. Дмитрий Александрович скучал по Минусинску и в последующие три года использовал любую возможность навестить близких себе людей и поработать в музее. Даже вернувшись в 1904 г. в Петербург, он ездил вновь в Минусинск, чтобы повидать своего неизлечимо больного учителя. Тогда же, только переехав в Томск, Клеменц писал своему минусинскому другу: «Скучно знаете ли мне как-то без Вас и работа идет вяло. Я так уже привык делиться с Вамп всякой всячиной, что испытываю теперь большое лишение в недостаточности обмена мыслей. Эх, какое будет удовольствие повидаться со всеми Вамп, господа Мипусипцы, да еще весной»{25}. Живя в Томске, Клеменц вынужден был постоянно искать заработок. Он сотрудничал в «Сибирской газете», давал уроки политической экономии, посылал статьи в разные журналы, ибо «за уплатой долгов мало остается на прожиток, а денег нужно, — не голодом же морить молодую жену, а она когда еще найдет себе занятие». В Томске он познакомился и быстро подружился с Г. Н. Потаниным, которого просил похлопотать о получении места в Восточном отделении Сибирского географического общества в Иркутске. По отъезд туда задержался, так как в 1888 г. Клеменц получил право и деньги на раскопки в Енисейской губерний. Разрешение на раскопки имело вид официального документа под названием «Открытый лист на 1888 г.» В нем говорилось: «Выдан этот лист г. Дмитрию Александровичу Клеменцу Императорской Археологической комиссией на право производства археологических раскопок в течение 1888 года на землях казенных, общественных и принадлежащих разным установлениям в пределах Минусинского и других округов Енисейской губернии с обязательством доставить в Комиссию отчет или дневник по произведенным работам, а также при особой описи всех находок наиболее ценные и интересные из найденных предметов…» В паши дни документ, разрешающий вести раскопки тому либо иному лицу, сохранил название «Открытый лист». Он выдается ежегодно Институтом археологии АН СССР. Раскопки без наличия «Открытого листа» считаются незаконными.
Получив возможность самому проводить археологические исследования, Д. А. Клеменц с конца мая и весь июнь 1888 г. работал в окрестностях села Чебаки на реке Черный Июс, где раскопал шесть курганов. А в июле он объехал всю систему Черного и Белого Июсов, составляя подробное описание найденных курганов, пещер, средневековых крепостей в горах, писаниц. Осенью до снега и морозов археолог раскапывал большой курган под Ачинском. В тот же год с помощью жены он раскопал по поручению Московского общества еще шесть курганов близ Минусинска. В его письме, посланном в июле из села Чебаки к П. М. Мартьянову, по этому поводу говорилось: «У меня вот какой план есть. Археологи мне дали право копать курганы по всей Сибири, если в Ачинске на это присланы деньги Уваровой, я из Красноярска отправлю к Вам Лизу. Пусть она копает курганы около Минусинска. Она раскопала два кургана самостоятельно, а при Вашем содействии дела не испортит. Аккуратная. Я ей дам доверенность, как своему помощнику начать дело, а после приезда засвидетельствую результаты. Все это говорю к тому, чтобы с официальной стороны не было придирок. Я ей даю поручение раскопать 5 могил под моим контролом и ответственностью»{26}. По мнению Д. Л. Клеменца, близ Чебаков добыто много интересного, а раскопки под Минусинском «были несчастными», поэтому «делать какие-либо заключения на основании одних пробных раскопок, к тому же настолько неудачных… было бы дерзостью неизвинительной»{27}. Курган, представляющий «интерес совершенной новизны», находился в четырех верстах от села Назарово на левом берегу Чулыма. Его показал археологу одни из назаровских крестьян. Это был земляной холм высотой до 2 м и диаметром около 40 м. Под насыпью на глубине 3 м Д. А. Клеменц обнаружил грунтовую яму площадью 42 м2, крытую бревнами и берестой. В ней были похоронены не менее 100 человек, в том числе 20 детей. Трупы были положены ярусами, большинство ориентировано головой к северу. Кости залегали сплошной массой. В могиле находились глиняные и бронзовые сосуды, бронзовые кинжалы, чеканы, ножи, шилья, зеркала. Большинство предметов имело необычные размеры — миниатюрные, они были сделаны специально для погребения.