Группа Паабо преподнесла еще один большой сюрприз в 2010 и 2013 годах, когда были извлечены митохондриальный и ядерный геномы из не идентифицируемой другим способом кости пальца гоминида, найденного в пещере Денисова в Южной Сибири. Обладатель кости, видимо, проживал в период 30-50 тысяч лет назад, в то же время, когда в этом регионе обитали неандертальцы. Более того, в это же время через данный регион на восток могли продвигаться и племена ранних Homo sapiens. Анализ генома показал, что таинственная кость принадлежала самке, которая, несмотря на связь с неандертальцами, обладала отличительными особенностями как в митохондриальной, так и в ядерной ДНК. Исследователи назвали племя денисовскими людьми и обнаружили, что его представители разделяют более недавнего предка с неандертальцами, а не с современными людьми. О том же говорит и ДНК, извлеченная из странного отдельного зуба, найденного в той же пещере Денисова; и хотя исследователи отказались заявить, что денисовский человек принадлежит к отличному от неандертальцев виду, дискуссия наводит на мысль, что они верят, что это может быть правдой. Но и это было не все. Они также выяснили, что представители этого племени (вероятно, распространившегося по всей Азии в определенный момент времени в плейстоцене) обменялись генами — на низком уровне — с современными людьми, когда последние покинули Африку и расселились по Азии. Даже казалось, что они перемешались — опять-таки с небольшой частотой — с другим, неизвестным видом гоминидов (не неандертальцами и не современными людьми). Интересно, что гены денисовского человека оказались непропорционально часто представлены у современных меланезийцев, что позволяет предположить немного более высокую частоту скрещивания «денисовцев» и древних меланезийцев на пути последних к конечной островной точке их путешествия.
История того, что произошло, когда ранние Homo sapiens вышли из Африки и встретили гоминидов, живущих в других местах, остается удивительно запутанной, несмотря на то что у нас уже есть немало древних геномов. Но сейчас данные геномов говорят нам, что случаи низкочастотного смешения между племенами гоминидов были обычным делом, когда наши предки быстро расселялись по всему обитаемому Старому Свету. Так как все участники процесса были тесно связаны, это мало кого удивляет. Но результаты этого смешения — каким бы образом оно ни произошло — были тривиальными с биологической точки зрения (хотя недавно обсуждалось, что найденные у тибетцев аллели, которые помогают им справляться с жизнью на больших высотах, могут происходить от денисовского человека). Это вызывает интерес, однако, кроме приобретения пары лишних генов, такое смешение не повлияло на будущее ни одного из участников. Все известные актеры в этой драме, видимо, к моменту смешения были уже достаточно отличными друг от друга и шли по своим независимым эволюционным траекториям. В поддержку вывода стоит отметить, что архаичные генетические элементы рассеяны по всей структуре ДНК современных людей, а не сконцентрированы в тех частях генома, которые могли бы внести существенные изменения в процесс развития.