Новый 1858 год застал Уоллеса за сбором образцов на острове Тернате в южной части Молуккских островов. К этому моменту он уже собрал достаточно доказательств для подтверждения теории трансмутации, но все еще не понимал механизма ее работы. Осознание пришло к нему внезапно. Во время очередного приступа лихорадки, от которой он страдал на Востоке, все встало для него на свои места: эволюция путем естественного отбора! Когда к Уоллесу вернулись силы, он незамедлительно написал статью с провокационным заголовком «О тенденции вариететов неограниченно отклоняться от исходного типа». Не понимая важности этого послания, Уоллес направил свою работу дорогому другу по переписке Дарвину с просьбой показать ее Лайелю, если тот найдет его заметки «достаточно важными».
Достаточно важными? Дарвин был в отчаянии. Вскоре после получения статьи он написал Лайелю: «Я никогда не видел более невероятного совпадения. Если бы Уоллес прочел мой очерк 1842 года... он не смог бы резюмировать его лучше. Даже термины, которые он использует, можно делать заголовками моих глав». За этими строками идет настоящий крик души: «Вся оригинальность моей работы, какой бы она ни была, уничтожена». Однако страхам Дарвина не суждено было сбыться. Лайель и группа его коллег организовали презентацию его трудов в лондонском Линнеевском обществе совместно с работой Уоллеса.
После этого Дарвин лихорадочно принялся за работу и, опираясь на свое эссе 1844 года, вскоре написал пухлый том под названием «Происхождение видов путем естественного отбора». Его шедевр был завершен и опубликован к концу 1859 года и, как и опасался Дарвин, стал настоящей скандальной сенсацией. Широко известно восклицание одной светской дамы: «Произошли от обезьян? Мой дорогой, будем надеяться, что это не так, а если так — это не станет широко известно». Тем не менее удивительно, как быстро строгое викторианское общество свыклось с мыслью о происхождении всего живого путем наследования признаков от прошлых поколений.
Зная, как много шумихи могут наделать его идеи, замкнутый Дарвин сознательно избегал экстраполяции своих идей на человека, чтобы не ухудшить ситуацию. В «Происхождении видов» он ограничился загадочной фразой: «Много света будет пролито на происхождение человека и на его историю». Перед этой фразой идет еще одно заявление, которое в дарвиновские времена игнорировалось многими читателями, а сегодня рассматривается эволюционными психологами как своего рода предсказание: «В будущем психология будет прочно основана на новом фундаменте, а именно на необходимости приобретения каждого умственного качества и способности постепенным путем».
Несмотря на осторожность в формулировках, Дарвин все же вызвал гнев публики, который снова загнал его в рамки «смещенного поведения». Хотя он и понимал, что когда-нибудь ему придется взять быка за рога, но в течение более чем 10 лет после публикации «Происхождения видов» Дарвин занимался написанием огромных томов об орхидеях и одомашнивании растений и животных. Лишь в 1871 году, когда волна возмущения спала, он опубликовал свой опус «Происхождение человека и половой отбор».
Заголовок не совсем точно отражал суть этого огромного двухтомника. Большая часть первой книги представляла собой опровержение полигенистической теории — представления о том, что человеческие расы, проживающие в разных регионах мира, были сотворены раздельно или, следуя эволюционной теории Дарвина, произошли от разных видов обезьян. Эту теорию активно поддерживали сторонники рабовладения, Дарвин же происходил из семьи с аболиционистскими взглядами, а во время плавания на «Бигле» пришел в ужас от страдания бразильских рабов. «Происхождение человека» почти наверняка писалось не как логическое продолжение идей, высказанных в «Происхождении видов», но как опровержение полигенизма и протест против рабства. Однако, судя по всему, в процессе написания книга начала жить собственной жизнью и в итоге превратилась в рассуждения о половом отборе.
Концепция полового отбора гласит, что выбор партнера имеет большое значение для эволюционного процесса. Классическая иллюстрация этой идеи — огромные хвосты павлинов, которые нужны самцам только для того, чтобы привлекать самок. Вероятно, переход к половому отбору был неизбежен, так как для подтверждения теории моногенности, то есть происхождения всего человечества от единого предка, Дарвину требовалось описать и механизм ее действия. Так как адаптивные различия между расами казались Дарвину незначительными, половой отбор, то есть наличие разных стандартов красоты, был выбран им в качестве объяснения «различия между расами и отличия человека от животного».