Буль был не только талантливым анатомом, но и одним из самых влиятельных французских палеоантропологов своего времени. Именно ему были переданы прекрасные скелеты неандертальцев из Ла-Шапель-о-Сен, Ла-Ферраси и других местностей Франции для описания и анализа. В то время как его британские коллеги превозносили «первого англичанина» из Пилтдауна как возможного прародителя человечества, Буль, к своей чести, не проявил подобного шовинизма в отношении новых французских находок. Жемчужиной коллекции местных палеоантропологов был поразительно полный скелет неандертальца из Ла-Шапели. Он был обнаружен в 1908 году археологом-любителем, который сообщил, что останки находились в неглубокой яме в подстилающей породе под несколькими слоями пещерных отложений. Ученые до сих пор спорят о том, был ли этот человек (достаточно старый, так как у него успели выпасть все зубы) специально похоронен в пещере. Кости млекопитающих, найденные в более поздних слоях над скелетом, принадлежали животным, водящимся в холодном климате. Соответственно, ла-шапельский человек застал последнее оледенение. Это подтверждает и недавно проведенная датировка зубов животных из Ла-Шапели, которая показала, что их возраст составляет примерно 50 тысяч лет.
В 1911-1913 годах Буль опубликовал влиятельную монографию из трех томов, посвященную ла-шапельской находке, в которой отрицал, что она может представлять собой останки предка современного человека. По мнению Буля, неандертальцы являлись тупиковой ветвью эволюции, но жили в одно время с нашими древними предшественниками. Эту теорию называют гипотезой пресапиенса. Буль отмечал, что существование мустьерской культуры прервалось внезапно и повсеместно и на смену ей пришли культуры кроманьонцев — такие сложно организованные, что, вполне вероятно, могли быть принесены из другого региона, где уже развивались некоторое время. Кроме того, исследовав скелет из Ла-Шапели, Буль пришел к выводу, что его владелец имел отставленные большие пальцы ног. Это указывало на то, что он мог совершать стопами хватательные движения, да и вес у ла-шапельского неандертальца распределялся на стопы таким образом, который скорее характерен для обезьян. Он ходил сгорбившись и согнув колени, у него была короткая толстая шея и выступающая вперед голова, а контуры его крупного мозга указывали на недоразвитость ума. Это существо казалось совершенным неудачником, особенно по сравнению с кроманьонцами, чьи «элегантные тела... более тонко вылепленные головы, крупные и высокие лбы... ловкость рук... изобретательность... художественные таланты и религиозное чувство дали им право первыми удостоиться славного имени Homo sapiens!».
Несмотря на то что многие анатомические наблюдения Буля были впоследствии подвергнуты сомнению, а также невзирая на восторженный тон его сочинений, некоторые элементы его описания Homo neanderthalensis представляли значительную ценность. Возможно, именно поэтому его работа имела такое большое влияние в свое время. Сложнее понять отношение Буля к предмету всеобщих споров — питекантропу. Для того чтобы поместить неандертальцев в исторический контекст, он потратил много времени на изучение окаменелых останков различных приматов, вплоть до таких малозначимых видов, как вымершие мадагаскарские лемуры. При этом кости с Явы он совершенно игнорировал, объявив их останками гигантского гиббона (вслед за запальчивым Рудольфом Вирховом, который выдвинул эту же гипотезу сразу же после того, как Дюбуа привез свои находки в Европу). Даже Homo heidelbergensis, старейшему из найденных в Европе древних людей, было отведено место в качестве предка неандертальцев. На тот момент главным кандидатом Буля на должность прародителя современного человечества был пилтдаунский «эоантроп», учитывая его огромное влияние на антропологию и толкование положения неандертальцев.