Сегодня, как и во времена Линнея, базовой единицей категоризации живого является вид. Уже в XVII веке английский натуралист Джон Рей пришел к выводу, что (изредка нарушаемые) границы вида определяются его репродуктивной общностью. Говоря современным языком, для организмов, размножающихся половым путем, вид — это крупнейшая популяция, в рамках которой может происходить скрещивание. Разумеется, в большинстве случаев даже самые близкородственные виды имеют внешние различия. Однако особи, принадлежащие к одному виду, порой также могут ощутимо отличаться друг от друга. Разница в том, что во втором случае они все еще могут скрещиваться между собой и готовы делать это при первой возможности. Соответственно, ключевым показателем принадлежности к виду является репродуктивная преемственность — заинтересованность членов группы спариваться между собой и возможность успешно это делать. Иными словами, живые существа не принадлежат к одному виду потому, что выглядят одинаково. Они выглядят одинаково потому, что принадлежат к одному виду.
Так как человек является неотъемлемой частью живого мира, для понимания того, какое именно место мы занимаем в биоте, от нас требуется не только интроспективное изучение самих себя, но и знания о том, что такое вид, чем он характеризуется и как изменяется или не изменяется с течением времени. Какой бы организм мы ни рассматривали, если у него не имеется надежного генеалогического древа, связывающего его с ближайшими родственниками и остальными элементами живого, то и сказать о нем что-либо будет трудно. То же касается и наших представлений о том, как вид изменялся со временем, ведь для того, чтобы эволюционная модель оказалась верна, она должна основываться на исторических фактах. Так как научные знания о мире постоянно меняются, то и наши приобретенные представления требуют постоянного пересмотра.
Представление о стабильной и неизменной Вселенной, в которой за каждым видом было закреплено свое место, — единственное, что объединяло теологов с Реем и Линнеем. Однако к началу XIX века у некоторых ученых начали возникать сомнения. Первые геологические и палеонтологические находки наводили на мысль, что и ландшафты Земли, и живые существа на ней когда-то сильно отличались от существующих. Осадочные породы наслаиваются друг на друга, как коржи в торте, но если их последовательность в определенной местности определить достаточно нетрудно, то соотнести породы в нескольких разных регионах — гораздо более сложная задача, так как состав слоя не гарантирует его возраст. Столкнувшись с этой проблемой, первые геологи очень быстро поняли, что окаменелости, находимые в осадочных породах (кости и зубы позвоночных или раковины моллюсков и других морских обитателей), можно использовать для хронологической классификации слоев. Это возможно потому, что для разных геологических эпох была характерна разная фауна — как мы знаем сегодня, благодаря эволюционным изменениям.
Еще до возникновения теории эволюции было очевидно, что наша планета имеет долгую историю и на протяжении этой истории ее облик менялся. В самом начале для объяснения различий между современной и древней фауной без значительного отклонения от религиозных догматов использовалась гипотеза катастроф. События, подобные библейскому Всемирному потопу, якобы стирали с лица Земли все живое. Скудная, но постоянно пополнявшаяся палеонтологическая летопись действительно указывала на то, что фауна планеты переживала значительные перемены. Геологи и антропологи обнаруживали свидетельства массовых вымираний и исчезновения значительного количества видов. Для христианского мира (включавшего в себя, во всяком случае номинально, всю Европу) такое объяснение было вполне приемлемым. Однако к началу XIX века стали возникать новые идеи относительно изменения животного мира с течением времени.