В конце 1876 г. область посетил Кауфман, торжественно встреченный Скобелевым. Познакомившись с состоянием дел, он остался весьма довольным. Своему начальнику штаба генералу Троцкому, находившемуся в Петербурге, он писал: «17 ноября 1876 г. Вас интересует знать, какое впечатление на меня произвела поездка в Ферганскую область. Общее впечатление самое хорошее. Михаил Дмитриевич занимается серьезно своим делом, вникает во все, учится и трудится… Войска везде строились и во время моего объезда. Войска славные, с прекрасным духом». Население довольно. В общем, он спокоен за Фергану, добавлял Кауфман.
Летом 1876 г. Скобелев осуществил экспедицию к границам Кашгарии, к Тянь-Шаню, которая была решена год назад, но отложена из-за народного восстания против Худояра. В 70-х гг. прошлого века Кашгария (таково было название страны, Кашгар — река и стоящий на ней город, ныне Синцзян-Уйгурская автономная область КНР) представляла неизвестную, даже таинственную страну. Со времен Марко Поло проникнуть в нее удалось считанным иностранцам. Точно это известно лишь об иезуите Гаесе и о немецком географе Шлагинтвейте. Первый посетил Кашгарию еще в XVII в., второй был в ней в середине XIX в., но судьба его оказалась трагичной: за свою любознательность ему пришлось заплатить головой, которую отсек топор кашгарского палача. Лет за десять до экспедиции Скобелева путешествие в эту страну совершил Чокан Валиханов, первый европейски образованный казах, офицер русской службы, талантливый ученый и друг Ф.М.Достоевского. Он прибыл в составе купеческого каравана, сделав все, чтобы не возбуждать к себе внимания и подозрительности. Ему наверняка не поздоровилось бы, если бы узнали, что этот ничем с виду не примечательный путник в действительности — русский офицер. Первое, что увидел Валиханов в Кашгарии, были клетки с человеческими головами, выставленные на устрашение. Подвергаясь тем же опасностям, что и другие иностранцы, Валиханов все же сумел увидеть и записать многое, относящееся к истории, географии, хозяйству, языку и нравам страны. По возвращении он доложил результаты своих исследований в Петербурге, на специальном заседании Русского Географического общества.
Скобелев не имел цели вторгаться в Кашгарию, напротив, он хотел предупредить любые конфликты. Кашгария, конечно, интересовала его, но он не был намерен предпринимать что-либо большее, чем внешний осмотр страны, однако границу изучал детально. С этой точки зрения экспедиция представляла собой не более как рекогносцировку.
Экспедиция включала 8 рот, 4 сотни, 3 горных орудия, ракетную батарею. Кроме войск, в состав экспедиции входили специалисты для проведения физико-географических, естественно-научных, топографических и статистических исследований и работ. Отряд выступил 15 июля тремя колоннами, которые должны были соединиться в долине Алая в начале августа. Отряду пришлось совершить при жестоких морозах переход через перевалы Сары-Могул, Кары-Кызак, Арчат-Даван, по высоте значительно превосходящие альпийские и кавказские. Вот где Скобелеву пригодился испанский опыт, который был теперь приумножен несравненно более трудными условиями. Алайская царица Курман-Джан, узнав о движении русских, бежала в Кашгарию, но там ее ограбили, и она вернулась (ее земля исторически и формально была частью Кокандского ханства). Скобелев принял ее ласково, сделал богатые подарки, убеждал ее успокоить население и дал ей полную свободу. Курман-Джан сдержала слово. Население без сопротивления подчинилось русскому правлению, немногие непокорные были обложены небольшим штрафом и направлены на строительство Гульчинско-Алайской дороги, получившей название «скобелевского пути».
7 августа Скобелев выступил к кашгарской границе. Он внимательно изучал местность и население, наиболее удобный путь из Ферганы. Его «Письма с кашгарской границы» К.П.Кауфману — образец научного исследования и глубоких стратегических оценок. Он считал, что Ферганский Тянь-Шань, этот, по его определению, «снеговой бруствер», территориально и по населению тяготевший к Коканду и исторически составлявший его провинцию, должен быть в составе России. Он необходим как для отражения возможных набегов с юга и востока, так и для осуществления его идей борьбы с Англией, которые будут рассмотрены ниже. В результате экспедиции Скобелева граница была занята. Экспедиция имела и большое научное значение: открыты новые страны, впервые нанесены на карту 26 тыс. верст неизвестной местности, проведены естественно-научные исследования, собраны богатые коллекции. В сентябре Скобелев вернулся в Фергану, где все нашел в спокойствии и порядке.