В 16.00 генерал Фридрих Ольбрихт, заместитель командующего Резервной армией и видный заговорщик, отдал приказ начать мобилизацию согласно плану "Валькирия". Командующий Резервной армией генерал-полковник Фридрих Фромм уклонился от присоединения к мятежу и был арестован. Официально о покушении на Гитлера было объявлено лишь после 17.00:
"Сегодня совершено покушение на фюрера. Тяжело ранены генерал пехоты Шмундт, полковник Брандт и служащий Бергер. Легко ранены генерал-полковник Йодль, генералы Кортен, Буле, Боденшац, Хойзингер и Шерфф, адмиралы Фосс и фон Путткамер, командор Ассман и подполковник Борман. Фюрер получил только ожог и легкую контузию. Он немедленно приступил к выполнению своих обязанностей и, в соответствии с программой, имел долгую беседу с дуче. В скором времени после покушения к фюреру направился маршал Третьего рейха Геринг".
В это время ряд частей по требованию генералов-заговорщиков уже покинул свои казармы и начал занимать важные объекты и блокировать части СС.
А где же был Скорцени в эти судьбоносные часы? В 18.00 он вместе с Радлем должен был отправиться в Вену с Ангальтского вокзала в Берлине. Уже усевшись в вагон, офицеры услышали крики с перрона:
— Майор Скорцени! Майор Скорцени!
— Господин майор, вам следует немедленно вернуться! Приказ сверху! Покушение на фюрера вызвало путч.
Немного подумав, Скорцени решил не уезжать и велел Радлю ехать для подготовки операции против Тито. С вокзала Скорцени и прибывший за ним офицер отправились в Главное оперативное управление СС. Там их встретил Вальтер Шелленберг, рассказавший о последних событиях в Берлине. К этому времени стало известно, что покушение осуществил Штауффенберг, а центр заговора находился в штабе Резервной армии на Бендлерштрассе.
Скорцени немедленно связался с Фриденталем и приказал фон Фолькерсаму:
— Немедленно объявите в батальоне тревогу. Гауптштурмфюрер СС Фукер примет командование и будет действовать в соответствии с приказами, полученными от меня лично. Первую роту немедленно направить в Главное управление СС, где я сейчас и нахожусь. Вы вместе с обер-юнкером СС Остафелем, который нужен мне в качестве адъютанта, садитесь в бронеавтомобиль и на полной скорости мчитесь сюда.
В ходе передвижений по Берлину Скорцени заметил танки на улицах города — ситуация могла выйти из-под контроля. Вспомнив о своих знакомых в штабе бронетанковых войск, Отто Скорцени отправился на Фербеллинер-Плац. Ему повело, и он застал на месте своего многолетнего знакомого — начальника штаба инспектората бронетанковых войск полковника Эрнста Больбринкера. В разговоре с ним выяснилось, что Больбринкер получил сообщение из штаба Резервной армии о том, что Гитлер убит, а войска СС начали путч. Скорцени удалось убедить полковника в том, что эта информация является ложью. Больбринкер запретил дальнейшее передвижение бронетанковых войск по городу до получения особого приказа от инспектора бронетанковых войск генерал-полковника Гейнца Гудериана.
Затем Скорцени отправился в казармы запасного батальона 1-й танковой дивизии СС "Лейбштандарт Адольф Гитлер", расположенные в Берлине-Лихтерфельде, — месте, где начиналось его служба в войсках СС. Там он застал подготовку к обороне казарм — расставлялись пулеметы и противотанковые орудия, натягивалась колючая проволока. Скорцени сразу отправился к старшему офицеру "Лейбштан-дарта" в казармах — штандартенфюреру СС Вильгельму Монке. Оказалось, что окло 19 часов с ним связался Геббельс и сообщил о путче, предупредив, что возможны нападения на войска СС. Визит Скорцени оказался более чем кстати. "Человек со шрамами" убедил Монке соблюдать выдержку и ни в коем случае не открывать ответный огонь по армейским частям в случае провокаций.
В Лихтерфельде, неподалеку от казарм, находился дом генерал-полковника Курта Штудента, командующего 1-й парашютной армией и знакомца Скорцени по освобождению Муссолини. Скорцени решил заехать к нему и узнать о планах руководства люфтваффе. Оказалось, Штудент и не подозревал о происходящем в Берлине! После недолгого разговора он привел парашютные части в Берлине в боевую готовность и приказал исполнять приказы, получаемые от него лично.