Мысль Скорцени понравилась командованию люфтваффе — при его участии началась работа над доработкой беспилотных образцов. Неофициально Скорцеии возглавил это своеобразное конструкторское бюро. Он постоянно подгонял инженеров и добился у фельдмаршала Мильха разрешения на экспериментальные вылеты. Спустя две недели на аэродроме в Гатове состоялся первый вылет двух пилотируемых образцов. Отобранные пилоты не справились с управлением, и оба самолета рухнули на землю. Мильх распорядился создать особую комиссию по расследованию инцидента. "Человек со шрамами" упал духом, но тут на помощь ему пришла известная немецкая летчица-испытатель Ханна Райч.
Без разрешения командования люфтваффе Скорцени и Райч организовали новый вылет. Райч, имевшая большой опыт управления скоростными самолетами, справилась с машиной и в очередной раз подтвердила свой профессионализм. Летом 1944 года Скорцени и Райч готовили один проект за другим по использованию Фау в войне, но время и ограниченные материальные ресурсы не дали им проявить себя в использовании "чудо-оружия".
В целом использование "чудо-оружия" уже не могло преломить ситуацию. Скорцени оказался прав: "Что касается разработки нового оружия, напрашивается один вывод: оказалось мало не идей, а времени".
В военной карьере "человека со шрамами" было несколько громких операций, отложенных в последний момент или оставшихся только планами. Поговорим о самых интересных из них.
Пока союзники ждали Скорцени в Тегеране, он появился во Франции. В конце ноября 1943 года Скорцени получил приказ отправиться со своими людьми в Виши. Командировка во Францию была вызвана событиями, произошедшими в Северной Африке. Там генерал Шарль де Голль стал единоличным лидером Французского комитета национального освобождения. Устранение генерала Генри Жиро привело к появлению в окружении де Голля французских коммунистов. Все это вызвало активизацию во Франции антинемецких настроений и возможности повторения итальянских событий — свержения маршала Анри Петена. Кроме того, немцы получили информацию, что в ближайшем окружении маршала зреет заговор и есть опасность высадки союзнического парашютного десанта.
Скорцени прибыл в Виши и начал осматриваться. В его распоряжении находился батальон "Фриденталь", батальон из 9-й танковой дивизии СС "Гогенштауфен" и 6 рот полиции порядка, всего около 2000 человек. "Человек со шрамами" расположил свои силы на окраинах Виши, в окрестные лесные массивы были направлены патрули. Однако диверсанты союзников все не появлялись. Скорцени отправился в Париж за инструкциями, но был отправлен обратно с приказанием ждать сигнала "Волк воет". Сразу по получению приказа Скорцени должен был захватить старого маршала и его личного врача и обеспечить их безопасность. До конца декабря 1943 года "человек со шрамами" находился в Оверни, ожидая обещанного сигнала, но он так и не был подан. На Рождество операция "Волк воет" была отменена.
В январе 1944 года Скорцени и отдел 4/VI С начали подготовку операции "Теодор" по захвату Тито. Ответственными за операцию были назначены гауптштурмфюреры СС Мандль и Штуве. В качестве основных исполнителей планировалось привлечь военнослужащих союзной немцам хорватской армии. Использование не немецких частей существенно осложнило подготовку операции, а также привело к утечке информации и отказу от ее проведения. В дальнейшем Скорцени старался избегать в своих операциях войск стран-союзниц Германии.
В ожидании высадки в Нормандии Скорцени предложил разместить часть истребительных команд на побережье и после высадки производить террористические акты против представителей союзного командования.
Из штаба Верховного командующего на Западе пришел ответ: "Принимая во внимание то, что данные приготовления могли бы посеять в наших подразделениях сомнения относительно надежности "Атлантического вала", необходимо отказаться от вашего плана полностью…"
В сентябре 1944 года немецкие части оказывали упорное сопротивление наступающим союзникам. В Верховном командовании вермахта даже стали опасаться, что союзники, разгневанные стойкой обороной немцев, нарушат нейтралитет Швейцарии и через ее территорию вторгнуться в Германию. По этой причине Скорцени получил задание подготовить уничтожение крупного моста через Рейн у Базеля. Однако союзники так и не рискнули вступить в Швейцарию.