Из Регенсбурга большинство австрийцев было отправлено в центр репатриации в Дармштадте. Там им предстояло сделать выбор — гражданами какой страны они хотят быть. Скорцени сделал свой выбор давно — Германия. В своих воспоминаниях он так мотивировал свой выбор: "…все наши злоключения не заканчивались американским пленом — нам еще предстояло пройти через жернова немецких денацификационных лагерей. Моя страна, которой я отдал лучшие годы, во имя которой я проливал кровь на всех фронтах Великой войны, собиралась судить меня. Слова национального гимна: "… Будь преданным в недобрый час…" — не были для меня пустым звуком. Я решил остаться в Германии и разделить горькую участь моих друзей. "Права она или нет, но это твоя Германия", — подумал я, сделав окончательный выбор".
Два дня Скорцени размышлял по дороге в Дармштадт, трясясь в вагоне. По приезде в Дармштадт выяснилось, что никто не сообщил о прибытии эшелона из Регенсбурга и, соответственно, никто австрийцев не ждал. Эшелон вернулся в Регенсбург. Освобождение откладывалось, и как мы скоро увидим — надолго.
Из Регенсбурга Отто Скорцени был вновь отправлен в Висбаден, а через неделю в лагерь в Оберурзеле. Здесь планировалось в очередной раз допросить и решить его судьбу. Однако допрос не состоялся, и Скорцени вернулся в Дахау. После пребывания в одиночке у него резко обострились боли в желудке. Оказалось, это уже не очередное обострение язвы, а проблема с желчным пузырем. Тюремный врач сообщил, что может перевести больного в военный госпиталь только при согласии на удаление желчного пузыря. Спустя несколько дней Скорцени согласился и был переведен в госпиталь. 6 декабря 1946 года диверсант был прооперирован и затем помещен в отдельную палату, в которой постоянно дежурил часовой. Восстановление после операции шло достаточно медленно, и лишь в феврале 1947 года Скорцени был выписан из госпиталя и вернулся в лагерь в Дахау.
Подсудимый Скорцени
Я был готов протянуть руку дружбы благородному противнику, лицом к лицу сходившемуся со мной в честном поединке, но никогда не будет от меня пощады трусливому врагу, наносящему удар в спину.
До начала прихода нацистов к власти небольшой баварский городок Дахау был мало известен в Европе. В годы войны эта ситуация изменилась благодаря печально известному концентрационному лагерю, в котором погибло значительное количество узников. После окончания войны лагерь использовался союзниками для содержания военнопленных и интернированных лиц.
Скорцени уже долго находился в лагере, когда весной 1947 года его вызвали для допроса. Офицер американской армии трижды подолгу беседовал с "человеком со шрамами". Все допросы строились вокруг Арденнского наступления и роли Скорцени в нем. Столь пристальное внимание к этой операции встревожило диверсанта и он задал вопрос дознавателю — в чем его подозревают?
— Скорцени, следствие не располагает какой-либо информацией, свидетельствующей против вас лично и против вашей бригады. Решение по этому поводу принимается на самом "верху", и примерно через месяц мы будем знать результаты, — ответил подполковник и удалился.
Прошло несколько месяцев, наступил июль, затем август. 18 августа 1947 года Скорцени вызвали к коменданту лагеря. Войдя в помещение, бывший штандартенфюрер СС увидел много незнакомых людей и репортеров. Спустя несколько минут в зал ввели сослуживцев Скорцени по 150-й танковой бригаде. Вместе с диверсантом № 1 на скамье подсудимых оказалось еще 9 военнослужащих немецкой армии: капитан Филипп фон Бер (ВМФ), Вальтер Шерф (армия), Ганс Хасс (армия), Вильгельм Маус (армия), лейтенант Деннис Манц (ВМФ), Гюнтер Фитце (ВМФ), Ральф Белиштедт (ВМФ), Вильгельм Кохершейдт (армия) и Аренд де Бруин (СС).
В состав трибунала вошло 8 американских офицеров — председателем назначен полковник Андрю Г. Гарднер, членами — полковник Джеймс Д. Браун, полковник Ярл Б. Даннинг, полковник Джон X. Китенг, полковник Кларенс М. Томлинсон, подполковник Харольд М. Милан, подполковник Жюль В. Симс, подполковник Оттомар В. Эйхман. По требованию защиты Гарднеру и Эйхману был заявлен отвод. Председателем стал полковник Холмс.
Назначенный обвинителем офицер американской армии начал чтение материалов обвинения. Позже Скорцени вспоминал: "После вводной части, в которой рассказывалось об "общем плане и организации преступного сговора", следовали слова: "…с нами плохо обращались, пытали и расстреляли не меньше 100 американских военнопленных, чьи личные номера и фамилии так и остались неизвестными…" Я едва ли был в состоянии воспринимать дальнейшую речь обвинителя. По ошеломленным лицам сидевших рядом немецких солдат было видно, что и они потрясены происходящим".