Когда умер Алтан-хан, Сонам Тьяцо в 1582 г. вновь поехал в ставку хана монголов. Назад в Лхасу он отправился лишь через шесть лет, но по дороге умер. Он переродился в Монголии в правнука Алтан-хана. Так монгол стал Далай-ламой IV под именем Йонтен Тьяцо (1589—1617). Тибетской делегации родители отказались отдать мальчика, пока он не подрастет. Поэтому тибетские монахи обучали его первое время в Монголии.{120} В 1601 г. в сопровождении монголов его привезли в Лхасу, где он был возведен на трон, жил и получил образование. Обучался он в Дрепунге. Его учителем был Лобсанг Чойгьен (сокращение от Лобсанг Чокьи Тьелцен) из монастыря Ташилунпо. Йонтен Тьяцо пожаловал своему учителю титул Панчен-лама — «Мудрый наставник». В китайской традиции, заимствованной из монастыря Ташилунпо, Лобсанг Чойгьен стал считаться Панчен-ламой IV, потому что его перерожденцы-предшественники как бы получили этот титул посмертно. Однако остальные тибетцы считают его Панчен-ламой I, отсюда разногласие в нумерации Панчен-лам в китайских и в большинстве тибетских источников.
В 1615 г. китайский император Чжу Ицзюнь (девиз правления — Вань-ли) прислал посланника к Далай-ламе, приглашая его для освящения буддийского храма в г. Нанкин. Далай-лама отказался, но согласился благословить храм, находясь в своем монастыре, что и сделал, обратившись в сторону Китая, прочитав молитвы и бросая на ветер зерна.{121} В 1617 г. Далай-лама IV умер в Дрепунге в возрасте 28 лет. Его тело кремировали, половину праха положили в ступу в Тибете, а половину отвезли в Монголию, где разделили между его отцом и светским покровителем — князем, носившим титул Тумэт-тайджи.
Его новое перерождение нашли в Центральном Тибете в 1619 г., но некоторое время скрывали по следующим причинам. Правитель области Цанг — Пунцог Намгьял, последователь школы Карма-Кагью, был недоволен тем, что в свое время ему было отказано в аудиенции у Далай-ламы IV приближенными последнего.{122} В 1618 г. он со своими сторонниками напал на монголов и захватил Лхасу. Было перебито много мирян и монахов Дрепунга и Сэра. Ряд монастырей Тэлуг превратили в монастыри Карма-Кагью. На Тэлуг были наложены местные ограничения. На следующий год в Тибет прибыл отряд монголов. Возвратились те, кто сопровождал и охранял Далай-ламу IV. Монголы напали на Цанг, но победу не одержала ни одна из сторон. Монголы встали лагерем у Лхасы. Панчен-лама выступил посредником на мирных переговорах. Договорились о том, что Лхаса не достанется никому, а захваченные монастыри будут возвращены школе Гэлуг.{123} После смерти в 1621 г. Пунцог Намгьяла борьба сторонников Карма-Кагью и Гэлуг перешла в латентную фазу. В 1635 г. союз ойратских племен провозгласил создание Джунгарского ханства в Западной Монголии. В 1634—1635 гг. в Кукуноре появился князь халха-монголов Цогту-тайджи, сторонник Карма-Кагью.
Вместе с сыном он решил уничтожить школу Гэлуг. Учитывая войны халха-монголов с ойратами, или джунгарами, посланцы Гэлуг отправились к последним искать поддержки. В результате в Тибет отправился экспедиционный корпус ойратов племени хошут во главе с Гуши-ханом и Батур-хунтайджи. Но раньше них в Тибет вступил 10-тысячный корпус во главе с Арсланом, сыном Цогту-тайджи. Гуши-хан и Арслан провели переговоры. В результате последний пришел в Цанг только с личной охраной, оставив войско у оз. Тэнгри-нур. Видя это, Кармапа бежал из Лхасы. Арслан пришел в Лхасу как паломник, встретился с Далай-ламой V Лобсангом Гьяцо, совершил преклонение перед ним, потом направился в Дрепунг, выслушал учения Гэлуг и, вопреки приказам отца, дал слово не перечить ей. Тогда правитель Цанга известил Цогту-тайджи об «измене» Арслана, а сам с войсками пошел на Лхасу. Далай-лама сумел примирить противников. Но позже Арслана убили за неповиновение отцу.
Гуши-хан тоже приехал в Лхасу как паломник. Там он встретился с Далай-ламой Уи Панчен-ламой IV. Они разработали план, по которому его войско должно было вначале идти в Кукунор, разгромить Цогту-тайджи, затем идти в Кам, чтобы изгнать из Бери правителя Донье Дордже (приверженца бон, который преследовал всех буддистов), затем войти в У-Цанг. Претворяя этот план в жизнь, джунгары разгромили и убили Цогту-тайджи. После этого Батур-хунтайджи вернулся в Джунгарию, а Гуши-хан, став правителем Кукунора, пошел в Тибет.