Туши-хан умер в 1655 г. После этого монголами-хошутами в Кукуноре и Центральном Тибете правили его дети. Отношения тибетских ханов с цинским императором рассматриваются как отношения номинального вассалитета.{146} Однако высшая власть принадлежала Далай-ламе. Хошутские феодалы разделились на две линии — кукунорскую и тибетскую, но полного разделения не произошло: тибетские хошуты продолжали рассчитывать при необходимости на военную поддержку кукунорских. Хошуты, связанные отношениями «наставник — покровитель» с тибетскими иерархами, вмешивались в тибетские дела. Но их власть постепенно слабела. В то же время усиливались централизация и власть Далай-ламы. К нему прислал своего посланника даже правитель далекой Бенгалии Шах-Шоджах. Тибет посылал войска в Бутан, вмешиваясь в междоусобицы. В 1659 г. Далай-лама послал своего представителя в Монголию, чтобы попросить князей прекратить междоусобицы и сохранить единство страны.{147} В ответ монгольские князья прислали ему клятвенные письма, заверенные своими печатями. Далай-лама неоднократно урегулировал конфликты между монголами и маньчжурами.
Между тем маньчжуры завершали присоединение Китая к своей империи. В 1658—1659гг. китайский генерал У Саньгуй, один из инициаторов приглашения маньчжуров в государство Мин, занял территории современных провинций Сычуань и Юньнань, где все еще правили императоры рода Чжу. В 1662г. У Саньгуй казнил последнего минского императора вместе с сыном. В том же году умер Фулинь. Маньчжурским императором стал Сюанье (девиз правления — Кан-си). Его бабушка происходила из рода Чингис-хана.{148} В 1673 г. он издал указ о роспуске войск, подчинявшихся трем наместникам южных провинций. Тогда У Саньгуй поднял восстание. В 1678 г. в г. Ханчжоу он провозгласил себя императором под девизом Чжао-у, восстановив тем самым независимое Китайское государство. Во время своего правления он поддерживал связь с Далай-ламой. Тот написал Сюанье, что в случае упорства У Саньгуя просит цинского монарха оставить за ним земли и заключить мир.{149} При этом тибетские войска заняли два небольших города в Юньнани, которые раньше были тибетскими и управлялись последователями Карма-Кагью. Сюанье предложил тибетцам принять участие в подавлении мятежа, но получил мягкий отказ под предлогом того, что для тибетцев и монголов жаркий климат Юньнани непривычен, а народ и лошади голодают. Сюанье не мог приказать Тибету: последний находился вне его управления и даже интересов.
В 1663 г. император Сюанье пригласил в Пекин духовного главу Амдо и даровал ему титул Чжанчжа-хутухта.{150} Впоследствии маньчжурские, а затем китайские власти старались заручиться его поддержкой для того, чтобы установить свое господство над кукунорскими монголами.
В 1680 г. возник конфликт между Тибетом и Ладаком. Ладак решил помочь Бутану, которому угрожал Тибет. Тогда тибето-монгольские войска захватили Ладак и западно-тибетские владения Туге, Пуран и Руток. В 1684 г. Тибет и Ладак заключили договор, по которому эти три территории отошли к Тибету. В 1681 г. маньчжуры захватили Туйчжоу и Юньнань, разгромив войска У Шифаня, сына У Саньгуя, который возглавил борьбу против маньчжуров после смерти отца и объявил девиз правления Хун-хуа.{151} Последние очаги сопротивления китайцев были подавлены в 1683 г. Итак, отдельное Китайское государство просуществовало 10 лет.
В 1682 г. в возрасте 68 лет скончался Далай-лама V, за свои деяния прозванный «Великим Пятым». Глава тибетского правительства Сангье Гьяцо скрыл его смерть и объявил, что иерарх удалился в затвор для глубокого созерцания на неопределенный срок. Для тех, кто не мог не встретиться с Далай-ламой, он подобрал двойника, который вел все беседы, надев большую шапку, закрывавшую почти все лицо. Предполагают, что Сангье Гьяцо стремился властвовать единолично. Но более правдоподобно другое объяснение, которое позже он дал Панчен-ламе: был приказ самого Великого Пятого, который боялся, что дело его жизни погибнет. Причиной могла быть молодость Сангье Гьяцо (ему тогда было 30 лет), разногласия при поисках нового перерожденца, неясность, в чьи руки попадет последний, малолетство Панчен-ламы, разброд в монгольском мире, недовольство Сюанье тем, что Тибет не усмирил мятежного китайского генерала.{152} Вероятно, однако, что маньчжурский император тоже знал о смерти Далай-ламы V, но молчал. Секретность ему была нужна для того, чтобы ссылаться на авторитет иерарха в отношениях с монголами.