Командуя посыльным судном «Кречет», Янкович принял участие в «Ледовом» походе кораблей Балтийского флота из Гельсингфорса в Кронштадт. В ноябре 1918 г. он сдал командование «Кречетом» и продолжил службу в должности главного интенданта Балтийского флота. В 1919 г. принимал участие в снабжении отрядов моряков Балтийского флота, воевавших на сухопутном фронте. Этот период службы Янковича член РВС Балтийского флота и член комитета обороны Петрограда В.И. Зоф охарактеризовал следующим образом: «…а знаете, товарищ Янкович, если бы белым хоть на короткий период удалось занять Петроград, они бы вас повесили». Эти слова Владимир Николаевич, также как и цитату из книги Г.К. Графа, с гордостью приводил в автобиографиях советского периода.
В апреле 1920 г. Янкович был назначен начальником снабжения личного состава Балтийского флота (одновременно—начальником снабжения Балтийского морского транспорта). В сентябре 1920 г. он занял должность начальника Управления тыла Балтийского флота. В феврале 1921 г. за упразднением Управления тыла зачислен в распоряжение Штаба Балтийского флота. 16 мая 1921 г. назначен флагманским интендантом Штаба Морских сил Республики. В ноябре того же года зачислен в резерв штаба. 25 февраля 1922 г. назначен помощником начальника Хозяйственного управления Главного морского техническо-хозяйственного управления. 1 февраля 1923 г. зачислен в резерв Морского штаба Республики, а в ноябре того же года уволен с военно-морской службы. Далее, как писал сам Янкович в одной из автобиографий, «…с ноября 1923 года, ввиду осуждения за преступление по службе и отбывания наказания, был уволен с морской службы. По освобождении от отбывания наказания в августе 1924 г. служил в Днепрострое (временно)…»
Далее для Янковича, как и для многих других «бывших» на некоторое время наступили «смутные дни». Офицер флота был вынужден работать в Управлении Днепростроя в Москве и в агентуре распространения издательства Ассоциации художников революции России (в 1924 г.). В октябре следующего года он поступил на должность члена Постоянной межведомственной калькуляционной комиссии при Управлении помощника начальника Морских сил Республики по технической хозяйственной части. Однако новая служба продолжалась недолго, и уже через месяц Янкович был отчислен от должности, в связи с неутверждением назначения начальником Морских сил. С 9 ноября 1925 г. по апрель 1928 г. Янкович вновь работал в издательстве Ассоциации художников революции России, заведуя экспедицией. С этой должности он был уволен «по рационализации аппарата и изменению штата».
В 1928 г. Янковичу удалось вернуться на флот. На сей раз — торговый. С этого момента начинается новая страница его биографии, связанная с Арктикой. С июня 1928 г. по январь 1933 г. он работал в «Комсевморпути», занимая различные должности, связанные как с эксплуатацией флота, так и в аппарате организации. Комитет Северного морского пути (изначально созданный в 1919 г. при Всероссийском правительстве А.В. Колчака) в Советской России начал функционировать при Сибирском революционном комитете под председательством Ф.И. Локацкова с 12 апреля 1920 г. Его основными задачами были научные изыскания по всестороннему изучению Северного морского пути в целях превращения его в артерию постоянной практической связи с Европой, Америкой и Японией, техническую организацию и осуществление товарообмена с зарубежными странами, транспортировку грузов этим путем. Постановлением Совета Народных комиссаров от 12 июня 1928 г. и Совета Труда и Обороны от 15 июня 1928 г. «Комсевморпуть» перешел в ведение Наркомата торговли (Союзнаркомторга). При этом на акционерное общество были возложены следующие задачи: решение проблемы «максимального развития вывоза из местностей, тяготеющих к Северному Морскому Пути, тех видов экспорта, которые не находят выхода на внешние рынки другими путями или удорожаются при вывозе другим путем; развертывания промышленной деятельности по использованию экспортных ресурсов вышеназванных местностей, в частности — лесообрабатывающей промышленности, зверобойного промысла, эксплуатации недр и рыбоконсервного дела; всестороннего изучения и оборудования Северного морского пути». В 1933 г. «Комсевморпуть» был передан в ведение Главного управления Северного морского пути.